LXL04_012853 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_012853

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 19818342-19820219 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

603 bp · LXL04_012853|LXL04_012853|OH1004|cDNA

ATGTCTCCTGGGATTAATTTGGTGATGACTGTAATCGGATTCACGGTTAGTACTATGTTCATCGTCTTCGTGTGTACAAGACTCATCTGTGCTCGTATTCATTACATATCTTCAAGACGATCATTTCGTATGTCTTCTAGATCTGATCTCAACGTTTTAGAGCGTGGCATACGTGGTGCTGAACCTTTTGTTGCAGCGAGCTTCCCTACAAAGAAGTACAGTGATCCATTCTTTTCGTGCGCAAAAGATGCTCAATGCAT...

CDS

下载 CDS FASTA

603 bp · LXL04_012853|LXL04_012853|OH1004|CDS

ATGTCTCCTGGGATTAATTTGGTGATGACTGTAATCGGATTCACGGTTAGTACTATGTTCATCGTCTTCGTGTGTACAAGACTCATCTGTGCTCGTATTCATTACATATCTTCAAGACGATCATTTCGTATGTCTTCTAGATCTGATCTCAACGTTTTAGAGCGTGGCATACGTGGTGCTGAACCTTTTGTTGCAGCGAGCTTCCCTACAAAGAAGTACAGTGATCCATTCTTTTCGTGCGCAAAAGATGCTCAATGCAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

200 aa · LXL04_012853|LXL04_012853|OH1004|PROTEIN

MSPGINLVMTVIGFTVSTMFIVFVCTRLICARIHYISSRRSFRMSSRSDLNVLERGIRGAEPFVAASFPTKKYSDPFFSCAKDAQCIVCLSEYHADDTLRILPFCGHFFHSSCIDIWLQQHCTCPVCRVSLREMCDRRYAMQPLSSSAIRFSSRDDDNRRIDITTDGQLRSNVHEEETEPSNSNMNENSGNKQSGSRSDV

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_012853`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_012853

位置 Chr03:19818342-19820219 (+)

描述 Similar to ATL10: RING-H2 finger protein ATL10

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g05200`	E3 泛素蛋白连接酶，能够与泛素结合酶 E2 UBC8 在体外催化多泛素化反应。	暂无已核实直接文献
`At1g49220`	RING-H2指蛋白ATL10。	暂无已核实直接文献
`At4g40070`	RING-H2指蛋白ATL32。	暂无已核实直接文献
`At1g49200`	RING-H2指蛋白ATL75。	暂无已核实直接文献
`At4g10160`	E3泛素蛋白连接酶，能够在体外通过与泛素结合酶 E2 UBC8、UBC10、UBC11 和 UBC34 的作用催化多泛素化。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012853 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0098542 defense response to other organism 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G49200

ath:AT1G49220

ath:AT3G05200

ath:AT4G10160

ath:AT4G40070

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.295

排名 1 · LXL04_012853 · OH-1004

细胞质0.291

排名 2 · LXL04_012853 · OH-1004

内质网0.225

排名 3 · LXL04_012853 · OH-1004

高尔基体0.203

排名 4 · LXL04_012853 · OH-1004

细胞膜0.202

排名 5 · LXL04_012853 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12678.14zf-rbx184-128 aa

PF13639.13zf-RING_285-128 aa

PF17123.12zf-RING_1185-114 aa

PF13923.13zf-C3HC4_285-127 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_012853	`PF12678.14`	zf-rbx1	84	128	1.7e-06	28.9
LXL04_012853	`PF13639.13`	zf-RING_2	85	128	8.2e-14	52.3
LXL04_012853	`PF17123.12`	zf-RING_11	85	114	1.1e-07	32.1
LXL04_012853	`PF13923.13`	zf-C3HC4_2	85	127	7.3e-06	26.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8RXX9`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase ATL6	41.000%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`P0C034`	拟南芥	RING-H2 finger protein ATL10	36.434%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8W571`	拟南芥	RING-H2 finger protein ATL32	40.476%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q94BY6`	拟南芥	RING-H2 finger protein ATL75	30.435%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SN27`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase ATL59	37.607%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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