LXL04_012833 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_012833

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 19521245-19522967 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1026 bp · LXL04_012833|LXL04_012833|OH1004|cDNA

ATGAGCGTCCTTCACGGCGCGTGCGCATCGACATTCCTTACCTCCACATTCACGCGCCAATTAAGACTCTTCAGCGGAAGTAAACGGCAGCCGTCGCAGCGACTTAAAAGAGGAGCTATTAGTGCCATGGGTTCTATGTCAGTTACGACAGCGGATGACCAGCGGTTGAAGAAAGGAATAGCAGAGTTCTACGACGAATCATCGGGAGTTTGGGAGAATATATGGGGAGAACACATGCATCACGGATTTTACGACCCTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1026 bp · LXL04_012833|LXL04_012833|OH1004|CDS

ATGAGCGTCCTTCACGGCGCGTGCGCATCGACATTCCTTACCTCCACATTCACGCGCCAATTAAGACTCTTCAGCGGAAGTAAACGGCAGCCGTCGCAGCGACTTAAAAGAGGAGCTATTAGTGCCATGGGTTCTATGTCAGTTACGACAGCGGATGACCAGCGGTTGAAGAAAGGAATAGCAGAGTTCTACGACGAATCATCGGGAGTTTGGGAGAATATATGGGGAGAACACATGCATCACGGATTTTACGACCCTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

341 aa · LXL04_012833|LXL04_012833|OH1004|PROTEIN

MSVLHGACASTFLTSTFTRQLRLFSGSKRQPSQRLKRGAISAMGSMSVTTADDQRLKKGIAEFYDESSGVWENIWGEHMHHGFYDPDAVVQISDHRSAQIRMIEQALVFASVPEESEKKPRSIVDVGCGIGGSSRYLSRKYGAVCVGITLSPVQAQRANALAAAQGLANKVSFEVADALNQPFPDGKFDLVWSMESGEHMPDKLKFVSELDRVASPGGTIIIVTWCHRDLSPGEESLLPEEKKLLDKICDAFYLPAWCST...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_012833`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_012833

位置 Chr03:19521245-19522967 (+)

描述 Similar to VTE4: Probable tocopherol O-methyltransferase, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g64970`	参与生育酚的合成。	Characterization of an Arabidopsis mutant deficient in gamma-tocopherol methyltransferase.2003 · DOI: 10.1023/b:plan.0000004307.62398.91

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0701600`	参与生育酚（维生素E）的合成。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012833 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009820 alkaloid metabolic process 生物过程

GO:0009821 alkaloid biosynthetic process 生物过程

GO:0010189 vitamin E biosynthetic process 生物过程

GO:0032259 methylation 生物过程

GO:1900985 vindoline biosynthetic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009705 plant-type vacuole membrane 细胞组分

GO:0009706 chloroplast inner membrane 细胞组分

GO:0008168 methyltransferase activity 分子功能

GO:0008170 N-methyltransferase activity 分子功能

GO:0008757 S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G64970

dosa:Os02g0701600

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.722

排名 1 · LXL04_012833 · OH-1004

线粒体0.286

排名 2 · LXL04_012833 · OH-1004

细胞质0.071

排名 3 · LXL04_012833 · OH-1004

过氧化物酶体0.035

排名 4 · LXL04_012833 · OH-1004

细胞核0.032

排名 5 · LXL04_012833 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13489.13Methyltransf_23115-239 aa

PF01209.25Ubie_methyltran116-227 aa

PF02353.27CMAS120-225 aa

PF13847.13Methyltransf_31121-251 aa

PF13649.13Methyltransf_25123-218 aa

PF08241.19Methyltransf_11124-222 aa

PF08242.19Methyltransf_12124-220 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_012833	`PF13489.13`	Methyltransf_23	115	239	4.2e-14	53.3
LXL04_012833	`PF01209.25`	Ubie_methyltran	116	227	4.2e-06	27.0
LXL04_012833	`PF02353.27`	CMAS	120	225	4e-11	43.5
LXL04_012833	`PF13847.13`	Methyltransf_31	121	251	8.9e-15	55.5
LXL04_012833	`PF13649.13`	Methyltransf_25	123	218	2.5e-19	70.4
LXL04_012833	`PF08241.19`	Methyltransf_11	124	222	1.7e-21	77.4
LXL04_012833	`PF08242.19`	Methyltransf_12	124	220	4.1e-11	44.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZSK1`	拟南芥	Tocopherol O-methyltransferase, chloroplastic	74.483%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6ZIK0`	水稻	Probable tocopherol O-methyltransferase, chloroplastic	77.273%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情