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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_012831
当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 19502936-19504536 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

816 bp · LXL04_012831|LXL04_012831|OH1004|cDNA

ATGAGTTCAGGTAAGTTCTTTCAATGCGAAGGTTTGGCGAAGACCAATTGGACGAGGGATGAAGAGATGGAATTTGTGAACGCTTTGATTACTGTTCCGGAGGAGATGGAGGGGAGCTGGCAATTGATCGCAAATGCAGTTCCGGGGAAGACGGCGGAGGAAGTGATGATTCGCCCTCGTGAGTTATTAAACGATTTGGACTTGATTGAATTGAGACAGATGGAGTTGCCTAAAGATCCATTCGATTCTGATGGAATTAT...

CDS

下载 CDS FASTA

816 bp · LXL04_012831|LXL04_012831|OH1004|CDS

ATGAGTTCAGGTAAGTTCTTTCAATGCGAAGGTTTGGCGAAGACCAATTGGACGAGGGATGAAGAGATGGAATTTGTGAACGCTTTGATTACTGTTCCGGAGGAGATGGAGGGGAGCTGGCAATTGATCGCAAATGCAGTTCCGGGGAAGACGGCGGAGGAAGTGATGATTCGCCCTCGTGAGTTATTAAACGATTTGGACTTGATTGAATTGAGACAGATGGAGTTGCCTAAAGATCCATTCGATTCTGATGGAATTAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

271 aa · LXL04_012831|LXL04_012831|OH1004|PROTEIN

MSSGKFFQCEGLAKTNWTRDEEMEFVNALITVPEEMEGSWQLIANAVPGKTAEEVMIRPRELLNDLDLIELRQMELPKDPFDSDGIIVIPSSAPDQSTPRKGVKKKGIPWTEEEHRKFLEGLAAYGKGDWRSISRISVVTRSPAQVASHAQKYFLRQSAQKKDKKRASIHDITTAEPLPLTNIGSHQVGGGGGGGRGAPPPPPLPQSRQGCGDSGGGGGGGGGRGAPPQPPQSRQGGGGGGGGGRGRGAPPPPPPQNEYG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_012831
TK1151 IDTkA02G536080
OH-1004 IDLXL04_012831
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)80.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_012831
位置Chr03:19502936-19504536 (-)
描述Similar to DIVARICATA: Transcription factor DIVARICATA
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g08520 通过结合特定启动子基序5′-(A/T)AACCAT-3′，协调脱落酸（ABA）生物合成及信号相关基因的转录激活因子。
Salt-Related MYB1 Coordinates Abscisic Acid Biosynthesis and Signaling during Salt Stress in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1104/pp.15.00962

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os01g0524500 与基因启动子中的 5'-TATCCA-3' 元件结合的转录激活剂。
Three novel MYB proteins with one DNA binding repeat mediate sugar and hormone regulation of alpha-amylase gene expression.2002 · DOI: 10.1105/tpc.001735
Convergent starvation signals and hormone crosstalk in regulating nutrient mobilization upon germination in cereals.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.097741
UniProt: B8A9B2 与基因启动子中的 5'-TATCCA-3' 元件结合的转录激活剂。 暂无已核实直接文献
Os10g0561400 与基因启动子中的 5'-TATCCA-3' 元件结合的转录阻遏蛋白。
Three novel MYB proteins with one DNA binding repeat mediate sugar and hormone regulation of alpha-amylase gene expression.2002 · DOI: 10.1105/tpc.001735
A novel MYBS3-dependent pathway confers cold tolerance in rice.2010 · DOI: 10.1104/pp.110.153015
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012831 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0009414 response to water deprivation 生物过程
GO:0009646 response to absence of light 生物过程
GO:0009651 response to salt stress 生物过程
GO:0009723 response to ethylene 生物过程
GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程
GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009739 response to gibberellin 生物过程
GO:0009744 response to sucrose 生物过程
GO:0009751 response to salicylic acid 生物过程
GO:0009787 regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT5G08520
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.810
排名 1 · LXL04_012831 · OH-1004
细胞质0.263
排名 2 · LXL04_012831 · OH-1004
细胞膜0.037
排名 3 · LXL04_012831 · OH-1004
内质网0.023
排名 4 · LXL04_012831 · OH-1004
线粒体0.020
排名 5 · LXL04_012831 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00249.38Myb_DNA-binding14-58 aa
PF00249.38Myb_DNA-binding109-154 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_012831PF00249.38Myb_DNA-binding14581.2e-1970.8
LXL04_012831PF00249.38Myb_DNA-binding1091541.2e-1970.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FNN6拟南芥Transcription factor SRM141.899%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q8LH59水稻Transcription factor MYBS136.126%Swiss-Prot中等数据库同源证据
B8A9B2水稻Transcription factor MYBS136.126%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q7XC57水稻Transcription factor MYBS361.039%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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