LXL04_012813 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_012813

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 19206670-19207449 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

780 bp · LXL04_012813|LXL04_012813|OH1004|cDNA

ATGGGGAAGAACATGAATATCATCCCTTCTCTGTTGTTACTCAACAAGCACAGAGAAATATGGCTATGGCCTTCCTGCAAGCATCCAAAAACCCTCTCTTTCCGAGCCACCACAGATGATTCAGGGTTCATAAGTCCCAAGGAGTCGTTGGCTGATGCAGAACTCGAGCTGACAACGACGCTTGGCTCCTACTTCACCAACTCATCGTCAGAATCTGCCAGCATGTCGACGGATCCGGAGTCCGAAAACTACATTAACGA...

CDS

下载 CDS FASTA

780 bp · LXL04_012813|LXL04_012813|OH1004|CDS

ATGGGGAAGAACATGAATATCATCCCTTCTCTGTTGTTACTCAACAAGCACAGAGAAATATGGCTATGGCCTTCCTGCAAGCATCCAAAAACCCTCTCTTTCCGAGCCACCACAGATGATTCAGGGTTCATAAGTCCCAAGGAGTCGTTGGCTGATGCAGAACTCGAGCTGACAACGACGCTTGGCTCCTACTTCACCAACTCATCGTCAGAATCTGCCAGCATGTCGACGGATCCGGAGTCCGAAAACTACATTAACGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

259 aa · LXL04_012813|LXL04_012813|OH1004|PROTEIN

MGKNMNIIPSLLLLNKHREIWLWPSCKHPKTLSFRATTDDSGFISPKESLADAELELTTTLGSYFTNSSSESASMSTDPESENYINDNNDQCSSMEMIARGVRSERLFFEPETTSSILETQGSGRQCTPVDIGEGSDHGGVLPYKQSVAMVMESDNPYGDFKKSMEEMVESHELKDWDCLEELLGWYLRTNGKNNHAFIVGAFVDLLAGINCGDINGASCSDDSIVSFTSAVSTFSSPISSPSLYQEKMIQREGKMVTK

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_012813`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_012813

位置 Chr03:19206670-19207449 (+)

描述 Similar to OFP13: Transcription repressor OFP13

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g04820`	转录阻遏蛋白，通过调节 BEL1-LIKE (BLH) 和 KNOX TALE (KNAT) 同源域转录因子来调节植物生长和发育的多个方面。	暂无已核实直接文献
`At2g36050`	转录阻遏蛋白，通过调节 BEL1-LIKE (BLH) 和 KNOX TALE (KNAT) 同源域转录因子来调节植物生长和发育的多个方面。	Arabidopsis ovate family proteins, a novel transcriptional repressor family, control multiple aspects of plant growth and development.2011 · DOI: 10.1371/journal.pone.0023896
`At3g52540`	转录阻遏蛋白，通过调节 BEL1-LIKE (BLH) 和 KNOX TALE (KNAT) 同源域转录因子来调节植物生长和发育的多个方面。	暂无已核实直接文献
`At1g79960`	转录抑制因子，可能通过调控 BEL1-LIKE (BLH) 和 KNOX TALE (KNAT) 同源结构域转录因子，影响植物生长和发育的多个方面。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0864000`	可能的转录抑制因子，部分通过油菜素甾醇（BR）信号通路调控植物生长发育的多个方面。	OVATE Family Protein 8 Positively Mediates Brassinosteroid Signaling through Interacting with the GSK3-like Kinase in Rice.2016 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1006118

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012813 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:1900457 regulation of brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G79960

ath:AT2G36050

ath:AT3G52540

ath:AT5G04820

dosa:Os01g0864000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.396

排名 1 · LXL04_012813 · OH-1004

细胞质0.364

排名 2 · LXL04_012813 · OH-1004

细胞膜0.346

排名 3 · LXL04_012813 · OH-1004

内质网0.081

排名 4 · LXL04_012813 · OH-1004

质体0.056

排名 5 · LXL04_012813 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04844.19Ovate154-208 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_012813	`PF04844.19`	Ovate	154	208	1.4e-23	83.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FMC8`	拟南芥	Transcription repressor OFP13	42.800%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SJ45`	拟南芥	Transcription repressor OFP15	34.466%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SVD5`	拟南芥	Transcription repressor OFP18	40.141%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9S7T5`	拟南芥	Transcription repressor OFP14	44.156%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q94CV1`	水稻	Transcription repressor OFP8	45.161%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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