LXL04_012787 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_012787

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 18745783-18752335 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3606 bp · LXL04_012787|LXL04_012787|OH1004|cDNA

ATGGTTAGTACCTGAAGTAGACAAAATATGCGAGAATAAATTAATTTGCTGAAATTCATAAATTGTAAATGTCCTTTATAGTCTGTGTATATCATGGATCCCGATAGTACCCTCCCTTGTTTCTAAACCCAGCCAAGACCCCCTTttacatttttattttttttatcgGTCCACGTTTTCTACAGAGCACCCTCAAAATTTCCTCCACCTCTCACCGCCGATTCGCTCACCAATTTCGACCACCAATCTCCGCCGATGAC...

CDS

下载 CDS FASTA

3351 bp · LXL04_012787|LXL04_012787|OH1004|CDS

ATGACTCTGATGACTCCTCCTCCCATGGATGCAGAAGAGGACGAGATGTTAGTACCACATTCTGATTTCGCTGCCACAGAAGGGCCTCAACCAATGGAAGTTGCACCAGCAGAAGCTGCCAATGCTGTCGATGCACCAACTGTTGATGATCCACCATCAGCACGGTTCACATGGACCATAGATAATTTTTCGAGGTTGAGTGCCAAAAAGTTGTACTCTGATGTTTTCTTTGTTGGAGGCTATAAATGGCGAGTGCTCAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1116 aa · LXL04_012787|LXL04_012787|OH1004|PROTEIN

MTLMTPPPMDAEEDEMLVPHSDFAATEGPQPMEVAPAEAANAVDAPTVDDPPSARFTWTIDNFSRLSAKKLYSDVFFVGGYKWRVLIFPKGNNVDHLSMYLDVADSSTLPYGWSRYAQFNLGVVNQAHNKLTIRKDTQHQFNSRESDWGFTSFMPLSELYDPSRGYLLNDKCIVEADVAVRKVVDYWSHDSKKETGYVGLKNQGATCYMNSLLQTLYHIPYFRKAVYHMPTTENDMPSGSIPLALQSLFYKLQYSDTSVA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_012787`
TK1151 ID	TkA02G539140
OH-1004 ID	LXL04_012787
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_012787

位置 Chr03:18745783-18752335 (-)

描述 Similar to UBP12: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 12

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g06600`	识别并水解泛素 C 末端 Gly 的肽键。	暂无已核实直接文献
`At3g11910`	识别并水解泛素 C 末端 Gly 的肽键。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012787 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000045 autophagosome assembly 生物过程

GO:0006283 transcription-coupled nucleotide-excision repair 生物过程

GO:0006307 DNA alkylation repair 生物过程

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0009867 jasmonic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010078 maintenance of root meristem identity 生物过程

GO:0010507 negative regulation of autophagy 生物过程

GO:0010508 positive regulation of autophagy 生物过程

GO:0010803 regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0016579 protein deubiquitination 生物过程

GO:0031647 regulation of protein stability 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G11910

ath:AT5G06600

hsa:7874

mmu:252870

rno:360471

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.550

排名 1 · LXL04_012787 · OH-1004

细胞质0.500

排名 2 · LXL04_012787 · OH-1004

细胞膜0.066

排名 3 · LXL04_012787 · OH-1004

线粒体0.056

排名 4 · LXL04_012787 · OH-1004

内质网0.049

排名 5 · LXL04_012787 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF22486.3MATH_255-178 aa

PF00917.33MATH60-180 aa

PF00443.36UCH198-519 aa

PF13423.13UCH_1198-473 aa

PF12436.15USP7_ICP0_bdg623-875 aa

PF14533.13USP7_C2885-1095 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_012787	`PF22486.3`	MATH_2	55	178	4.3e-39	134.6
LXL04_012787	`PF00917.33`	MATH	60	180	3.3e-17	63.5
LXL04_012787	`PF00443.36`	UCH	198	519	7.2e-59	200.2
LXL04_012787	`PF13423.13`	UCH_1	198	473	1.2e-15	58.7
LXL04_012787	`PF12436.15`	USP7_ICP0_bdg	623	875	2.5e-78	263.5
LXL04_012787	`PF14533.13`	USP7_C2	885	1095	1.9e-58	198.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FPT1`	拟南芥	Ubiquitin C-terminal hydrolase 12	82.857%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q84WU2`	拟南芥	Ubiquitin C-terminal hydrolase 13	82.111%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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