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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_012648
当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 16230965-16234371 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2490 bp · LXL04_012648|LXL04_012648|OH1004|cDNA

ATGAGAAGCACCACCACTCTTCTCATGCTTGGCTCCTCCGTTTCCACCACTCCTCCACCTCTTCCCAAGCACACTATCCCTTCTACTAACCCTAAGCAATCTTCCAAACAATCAAAACCCCCTCCACTACCGccatcctcctcctcctcctcgtcttcttcttctcagtCTCACCGTCCTCCTCTTCTATCTACTGTCAGGTGGGGCGAAAATCGTCAGAGCCACAATCGGATCAACTACTATGCCGAACTAGCTTCGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2490 bp · LXL04_012648|LXL04_012648|OH1004|CDS

ATGAGAAGCACCACCACTCTTCTCATGCTTGGCTCCTCCGTTTCCACCACTCCTCCACCTCTTCCCAAGCACACTATCCCTTCTACTAACCCTAAGCAATCTTCCAAACAATCAAAACCCCCTCCACTACCGCCATCCTCCTCCTCCTCCTCGTCTTCTTCTTCTCAGTCTCACCGTCCTCCTCTTCTATCTACTGTCAGGTGGGGCGAAAATCGTCAGAGCCACAATCGGATCAACTACTATGCCGAACTAGCTTCGAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

829 aa · LXL04_012648|LXL04_012648|OH1004|PROTEIN

MRSTTTLLMLGSSVSTTPPPLPKHTIPSTNPKQSSKQSKPPPLPPSSSSSSSSSSQSHRPPLLSTVRWGENRQSHNRINYYAELASKLAEDARFEEFFMIVETVTAGGGSSSLKAVEFAALLNSELVAKGILSVIESDESMGSLITVLTGFQKLGISSALKVFLSDRSVVEAIGRILKCGGVDEVLDLMETLSGFGVSVENVVEPTEVIKNCVNKRNPHAAIRYSGFCTRSDEIFCSSILEFGKRGDMVSALTVFEASKH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_012648
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_012648
位置Chr03:16230965-16234371 (-)
描述Similar to At5g02830: Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g02830, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g02830 含五重复肽的蛋白 At5g02830，叶绿体定位。 暂无已核实直接文献
At4g31850 在稳定编码细胞色素 b6-f 复合物亚基的 petL 操纵子的初级多顺反子转录本中发挥作用。
PPR motifs of the nucleus-encoded factor, PGR3, function in the selective and distinct steps of chloroplast gene expression in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2004.02035.x
At2g31400 通过逆行的质体到细胞核信号参与核基因表达。
Signals from chloroplasts converge to regulate nuclear gene expression.2007 · PMID: 17395793
Plastid signals that affect photomorphogenesis in Arabidopsis thaliana are dependent on GENOMES UNCOUPLED 1 and cryptochrome 1.2009 · DOI: 10.1111/j.1469-8137.2008.02729.x
The Arabidopsis plastid-signalling mutant gun1 (genomes uncoupled1) shows altered sensitivity to sucrose and abscisic acid and alterations in early seedling development.2010 · DOI: 10.1093/jxb/erq186
Timing the switch to phototrophic growth: a possible role of GUN1.2011 · DOI: 10.4161/psb.6.4.14900
At5g02860 含五肽重复的蛋白 At5g02860。 暂无已核实直接文献
At1g62680 含五肽重复序列的蛋白 At1g62680，线粒体。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012648 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0006412 translation 生物过程
GO:0032544 plastid translation 生物过程
GO:0043489 RNA stabilization 生物过程
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT4G31850
ath:AT5G02830
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.571
排名 1 · LXL04_012648 · OH-1004
线粒体0.284
排名 2 · LXL04_012648 · OH-1004
细胞核0.087
排名 3 · LXL04_012648 · OH-1004
细胞质0.036
排名 4 · LXL04_012648 · OH-1004
细胞膜0.013
排名 5 · LXL04_012648 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17177.11PPR_long243-365 aa
PF13812.13PPR_3288-349 aa
PF12854.14PPR_1334-364 aa
PF17177.11PPR_long347-469 aa
PF23276.3TPR_24352-473 aa
PF13812.13PPR_3374-424 aa
PF13041.13PPR_2377-425 aa
PF01535.27PPR379-409 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_012648PF17177.11PPR_long2433658.2e-33114.3
LXL04_012648PF13812.13PPR_32883493.4e-47159.1
LXL04_012648PF12854.14PPR_13343649.8e-42141.1
LXL04_012648PF17177.11PPR_long3474698.2e-33114.3
LXL04_012648PF23276.3TPR_243524737e-1762.3
LXL04_012648PF13812.13PPR_33744243.4e-47159.1
LXL04_012648PF13041.13PPR_23774253e-59197.6
LXL04_012648PF01535.27PPR3794094.4e-37124.5
LXL04_012648PF12854.14PPR_14084399.8e-42141.1
LXL04_012648PF13041.13PPR_24114603e-59197.6
LXL04_012648PF01535.27PPR4144444.4e-37124.5
LXL04_012648PF13041.13PPR_25045473e-59197.6
LXL04_012648PF17177.11PPR_long5186538.2e-33114.3
LXL04_012648PF13812.13PPR_35265863.4e-47159.1
LXL04_012648PF23276.3TPR_245316377e-1762.3
LXL04_012648PF12854.14PPR_15345669.8e-42141.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8GYL7拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g02830, chloroplastic48.148%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9SZ52拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g31850, chloroplastic25.277%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9SIC9拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein GUN1, chloroplastic25.231%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9LYZ9拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g0286022.422%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q3ECK2拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62680, mitochondrial25.980%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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