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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_012566
当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 14720317-14723562 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2154 bp · LXL04_012566|LXL04_012566|OH1004|cDNA

ATGGGGAGTAAATGGAGGAAAGTGAAGATGGCTTTGGCTTCTAATTTGTGTGTTTATGTGCCCACGGTTGATGCAGACGATTCTCCACCGCAGTCCGATGGATTTTCCGATGCAGCCTTGTTATCTCCCTCTCCGGCGGGTTGGAGCATGGGCGGCTCCGCTACTCGTCCGGCGTCACCCAGTTTACGATTGTCTAAAAGCTTCAACAGATCTTCCAAGAAAACATGTACGATATGTTTAGCGTCGATGAAAAGGGGAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2154 bp · LXL04_012566|LXL04_012566|OH1004|CDS

ATGGGGAGTAAATGGAGGAAAGTGAAGATGGCTTTGGCTTCTAATTTGTGTGTTTATGTGCCCACGGTTGATGCAGACGATTCTCCACCGCAGTCCGATGGATTTTCCGATGCAGCCTTGTTATCTCCCTCTCCGGCGGGTTGGAGCATGGGCGGCTCCGCTACTCGTCCGGCGTCACCCAGTTTACGATTGTCTAAAAGCTTCAACAGATCTTCCAAGAAAACATGTACGATATGTTTAGCGTCGATGAAAAGGGGAGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

717 aa · LXL04_012566|LXL04_012566|OH1004|PROTEIN

MGSKWRKVKMALASNLCVYVPTVDADDSPPQSDGFSDAALLSPSPAGWSMGGSATRPASPSLRLSKSFNRSSKKTCTICLASMKRGEGQAIFTAECSHSFHFHCIASNVKHGNQICPVCRAKWKEVPLQGPTNSNSPLGRTRINPVNWSNDNPVMTLLRPIPPRPNSPRHVTTPIFPGPEPPVFNDDEPLNLKLSTKIPSDNNSNLKKVSVKCYTEVPAVPRLTEVDDFTVLIHLKAPASVSGVKLNQGGPTFSQVNQTP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_012566
TK1151 IDTkA02G552960
OH-1004 IDLXL04_012566
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)98.200
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.320 / OH-1004 61.088
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_012566
位置Chr03:14720317-14723562 (-)
描述Similar to WAV3: E3 ubiquitin-protein ligase WAV3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g49665 E3 泛素蛋白连接酶参与根生长的调节。
The wavy growth 3 E3 ligase family controls the gravitropic response in Arabidopsis roots.2012 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04870.x
At2g22680 E3 泛素蛋白连接酶参与根生长的调节。
The wavy growth 3 E3 ligase family controls the gravitropic response in Arabidopsis roots.2012 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04870.x
At5g65683 可能的 E3 泛素蛋白连接酶参与根生长的调节。
The wavy growth 3 E3 ligase family controls the gravitropic response in Arabidopsis roots.2012 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04870.x
At4g37890 可能的E3泛素蛋白连接酶，参与雌配子体发育。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012566 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009630 gravitropism 生物过程
GO:0010197 polar nucleus fusion 生物过程
GO:0010274 hydrotropism 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0048364 root development 生物过程
GO:0005576 extracellular region 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0009506 plasmodesma 细胞组分
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G22680
ath:AT4G37890
ath:AT5G49665
ath:AT5G65683
syn:sll0103
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.306
排名 1 · LXL04_012566 · OH-1004
细胞质0.305
排名 2 · LXL04_012566 · OH-1004
细胞膜0.288
排名 3 · LXL04_012566 · OH-1004
质体0.121
排名 4 · LXL04_012566 · OH-1004
内质网0.074
排名 5 · LXL04_012566 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12678.14zf-rbx173-120 aa
PF13639.13zf-RING_275-120 aa
PF17123.12zf-RING_1176-105 aa
PF00097.32zf-C3HC476-119 aa
PF05762.21VWA_CoxE246-379 aa
PF00092.35VWA265-446 aa
PF13768.13VWA_3265-436 aa
PF13519.13VWA_2266-372 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_012566PF12678.14zf-rbx1731201.3e-0732.5
LXL04_012566PF13639.13zf-RING_2751201.4e-0835.5
LXL04_012566PF17123.12zf-RING_11761052.3e-0937.5
LXL04_012566PF00097.32zf-C3HC4761191.7e-0628.5
LXL04_012566PF05762.21VWA_CoxE2463791.4e-1041.8
LXL04_012566PF00092.35VWA2654464.1e-2383.2
LXL04_012566PF13768.13VWA_32654366e-2072.6
LXL04_012566PF13519.13VWA_22663722.2e-2074.0
LXL04_012566PF14624.12Vwaint6196914.2e-2175.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LTA6拟南芥E3 ubiquitin-protein ligase WAV333.816%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9ZQ46拟南芥E3 ubiquitin-protein ligase WAVH127.467%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q0WQX9拟南芥Probable E3 ubiquitin-protein ligase WAVH228.595%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
F4JSV3拟南芥Probable E3 ubiquitin-protein ligase EDA4029.173%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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