LXL04_012550 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_012550

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 14396120-14399215 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1797 bp · LXL04_012550|LXL04_012550|OH1004|cDNA

ATGTACAAACTCTCGAATAAAATTCACAAATCTACGACACTTTCTTGTGCTTCTCTCTGTGTTTTCAAGGTCTCAACGGCTACAATGGCTGCAACGAGATCACTACTTCTTTCTTTATCTATTATACTTCTACTTTGCTTCAACTCTTCTTGCAAAGATACCCACgatcttgatgaagaagatCTTAGTTTCCTAGAGGAAGACGAGCACGCCGCCGATTCATCCCATCACGGTTACGAGGACCATGATTTCGAGAACTA...

CDS

下载 CDS FASTA

1797 bp · LXL04_012550|LXL04_012550|OH1004|CDS

ATGTACAAACTCTCGAATAAAATTCACAAATCTACGACACTTTCTTGTGCTTCTCTCTGTGTTTTCAAGGTCTCAACGGCTACAATGGCTGCAACGAGATCACTACTTCTTTCTTTATCTATTATACTTCTACTTTGCTTCAACTCTTCTTGCAAAGATACCCACGATCTTGATGAAGAAGATCTTAGTTTCCTAGAGGAAGACGAGCACGCCGCCGATTCATCCCATCACGGTTACGAGGACCATGATTTCGAGAACTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

598 aa · LXL04_012550|LXL04_012550|OH1004|PROTEIN

MYKLSNKIHKSTTLSCASLCVFKVSTATMAATRSLLLSLSIILLLCFNSSCKDTHDLDEEDLSFLEEDEHAADSSHHGYEDHDFENYDDLDDFGDGEGEYPDSESAPEAEVDESDVVVVNVSNFSDFLEKNRYAMVEFYVPWCGHCQALKPEYAAAATELKTDQVVLAKIDAGEENELAQLYNVEGYPTVFFFIDGVHKPYNGARNKDSIVTWVKKKIGPGLQNLTTTDETETILTSESPVVVAFVENLAGQDSEELAAA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_012550`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_012550

位置 Chr03:14396120-14399215 (-)

描述 Similar to PDIL1-4: Protein disulfide isomerase-like 1-4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g60640`	作为蛋白质折叠催化剂，与新生多肽相互作用，催化二硫键的形成、异构化以及还原或氧化。	Protein disulfide isomerase-2 of Arabidopsis mediates protein folding and localizes to both the secretory pathway and nucleus, where it interacts with maternal effect embryo arrest factor.2011 · DOI: 10.1007/s10059-011-0150-3
`At3g54960`	作为蛋白质折叠催化剂，与新生多肽相互作用，催化二硫键的形成、异构化以及还原或氧化。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0100100`	作为蛋白质折叠催化剂，与新生多肽相互作用，催化二硫键的形成、异构化以及还原或氧化。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012550 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006457 protein folding 生物过程

GO:0034976 response to endoplasmic reticulum stress 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005788 endoplasmic reticulum lumen 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0009897 external side of plasma membrane 细胞组分

GO:0099503 secretory vesicle 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G54960

ath:AT5G60640

dosa:Os02g0100100

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.816

排名 1 · LXL04_012550 · OH-1004

细胞质0.154

排名 2 · LXL04_012550 · OH-1004

高尔基体0.095

排名 3 · LXL04_012550 · OH-1004

细胞核0.087

排名 4 · LXL04_012550 · OH-1004

细胞外0.071

排名 5 · LXL04_012550 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00085.27Thioredoxin116-216 aa

PF13098.14Thioredoxin_2126-214 aa

PF13899.13Thioredoxin_7130-193 aa

PF13848.13Thioredoxin_6257-428 aa

PF00085.27Thioredoxin454-539 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_012550	`PF00085.27`	Thioredoxin	116	216	2.1e-52	176.2
LXL04_012550	`PF13098.14`	Thioredoxin_2	126	214	7.2e-09	36.7
LXL04_012550	`PF13899.13`	Thioredoxin_7	130	193	3.8e-12	46.9
LXL04_012550	`PF13848.13`	Thioredoxin_6	257	428	1.2e-27	97.6
LXL04_012550	`PF00085.27`	Thioredoxin	454	539	2.1e-52	176.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FF55`	拟南芥	Protein disulfide isomerase-like 1-4	64.231%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8VX13`	拟南芥	Protein disulfide isomerase-like 1-3	59.478%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q67IX6`	水稻	Protein disulfide isomerase-like 1-4	60.606%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情