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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_012481
当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 12884144-12887449 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1593 bp · LXL04_012481|LXL04_012481|OH1004|cDNA

ATGGAGCTAATATTATCAGCCATGACGATTTCGGTTGTGATCTCATATGTTGTTTTTTTGCTAGCCAAGTTACTATTCATGGGTGGCAAAACATGCTATATACTCGACTACGAATGCTTCAAGGGAAAGAAGGAGATGATGCTGGACACCCAACAGTGTGCGAAGGTTGTCGCGCGTAACAAGAATCTGCGTATCCAGGATTACAGGTTTCTTATTAAAACCATGGTTAATTCAGGCCTTGGTGAAGATACTTATGGTCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1593 bp · LXL04_012481|LXL04_012481|OH1004|CDS

ATGGAGCTAATATTATCAGCCATGACGATTTCGGTTGTGATCTCATATGTTGTTTTTTTGCTAGCCAAGTTACTATTCATGGGTGGCAAAACATGCTATATACTCGACTACGAATGCTTCAAGGGAAAGAAGGAGATGATGCTGGACACCCAACAGTGTGCGAAGGTTGTCGCGCGTAACAAGAATCTGCGTATCCAGGATTACAGGTTTCTTATTAAAACCATGGTTAATTCAGGCCTTGGTGAAGATACTTATGGTCC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

530 aa · LXL04_012481|LXL04_012481|OH1004|PROTEIN

MELILSAMTISVVISYVVFLLAKLLFMGGKTCYILDYECFKGKKEMMLDTQQCAKVVARNKNLRIQDYRFLIKTMVNSGLGEDTYGPKSIVLGEEEHPKLADSISELDAVFFETLDALFARSKITPSQIDILVVTVSLLSTVPSLASRIINRYNMRSDIKAFNIAGMGCSASLVGIDMVQHMFNTQKNKIAIVVSTESMSSHWYCGTEKSMMLSNCIFREGGGSILLTNDNARKNQAILKLKSMVRTHLGSEDDAYKSCF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_012481
TK1151 IDTkA02G558570
OH-1004 IDLXL04_012481
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)99.500
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 75.660
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_012481
位置Chr03:12884144-12887449 (+)
描述Similar to KCS19: 3-ketoacyl-CoA synthase 19
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g04530 3-酮酰辅酶A合酶 19。 暂无已核实直接文献
At2g28630 3-酮酰辅酶A合酶12。 暂无已核实直接文献
At1g07720 3-酮酰辅酶A合酶3。 暂无已核实直接文献
At1g01120 有助于角质层蜡和木栓质的生物合成。
KCS1 encodes a fatty acid elongase 3-ketoacyl-CoA synthase affecting wax biosynthesis in Arabidopsis thaliana.1999 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.1999.00352.x
Specific and differential inhibition of very-long-chain fatty acid elongases from Arabidopsis thaliana by different herbicides.2004 · DOI: 10.1073/pnas.0404600101
Substrate specificity of Arabidopsis 3-ketoacyl-CoA synthases.2006 · DOI: 10.1016/j.bbrc.2006.05.162
At4g34510 对 C22 以下的饱和酰基 CoAs 具有活性。
Substrate specificity of Arabidopsis 3-ketoacyl-CoA synthases.2006 · DOI: 10.1016/j.bbrc.2006.05.162

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012481 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000038 very long-chain fatty acid metabolic process 生物过程
GO:0006633 fatty acid biosynthetic process 生物过程
GO:0009409 response to cold 生物过程
GO:0009416 response to light stimulus 生物过程
GO:0010025 wax biosynthetic process 生物过程
GO:0030497 fatty acid elongation 生物过程
GO:0042761 very long-chain fatty acid biosynthetic process 生物过程
GO:0070417 cellular response to cold 生物过程
GO:0160062 cutin-based cuticle development 生物过程
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分
GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G01120
ath:AT1G07720
ath:AT2G28630
ath:AT4G34510
ath:AT5G04530
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.729
排名 1 · LXL04_012481 · OH-1004
细胞膜0.094
排名 2 · LXL04_012481 · OH-1004
细胞质0.079
排名 3 · LXL04_012481 · OH-1004
线粒体0.061
排名 4 · LXL04_012481 · OH-1004
高尔基体0.058
排名 5 · LXL04_012481 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08392.19FAE1_CUT1_RppA30-310 aa
PF08541.17ACP_syn_III_C320-403 aa
PF02797.22Chal_sti_synt_C325-396 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_012481PF08392.19FAE1_CUT1_RppA303108.6e-105350.9
LXL04_012481PF08541.17ACP_syn_III_C3204039.5e-1142.4
LXL04_012481PF02797.22Chal_sti_synt_C3253963.5e-1040.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LZ72拟南芥3-ketoacyl-CoA synthase 1956.696%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9SIB2拟南芥3-ketoacyl-CoA synthase 1250.682%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9LQP8拟南芥3-ketoacyl-CoA synthase 350.342%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9MAM3拟南芥3-ketoacyl-CoA synthase 139.953%Swiss-Prot中等数据库同源证据
O65677拟南芥3-ketoacyl-CoA synthase 1739.030%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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