LXL04_012421 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_012421

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 12104498-12104989 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

492 bp · LXL04_012421|LXL04_012421|OH1004|cDNA

ATGGAAGACAACTCAGTGACACTCAAATTGATCTCCCTTTTGGTCATCGTTTCATTCGTAGCCATCTTAGTCGCCATCTACCACTTTGTCACTGTTAGTTGGTGCTATCGTCGGCGAAATAATTTCCCACCACACCATGTGCACCAACAAAATCATCATCTGGATCATACCGACTACAGTCTGGAGAATTCAGTGGTGTTGCTCATCCCGGCCCACAAGCACCAAAAAGGGTCGAAAGTAGGTACAAAAGAATGCGATGA...

CDS

下载 CDS FASTA

492 bp · LXL04_012421|LXL04_012421|OH1004|CDS

ATGGAAGACAACTCAGTGACACTCAAATTGATCTCCCTTTTGGTCATCGTTTCATTCGTAGCCATCTTAGTCGCCATCTACCACTTTGTCACTGTTAGTTGGTGCTATCGTCGGCGAAATAATTTCCCACCACACCATGTGCACCAACAAAATCATCATCTGGATCATACCGACTACAGTCTGGAGAATTCAGTGGTGTTGCTCATCCCGGCCCACAAGCACCAAAAAGGGTCGAAAGTAGGTACAAAAGAATGCGATGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

163 aa · LXL04_012421|LXL04_012421|OH1004|PROTEIN

MEDNSVTLKLISLLVIVSFVAILVAIYHFVTVSWCYRRRNNFPPHHVHQQNHHLDHTDYSLENSVVLLIPAHKHQKGSKVGTKECDDDAMCSICLCEFEENEELRTLPECSHSFHVPCIDMWLFSHSTCPVCRADAVPSSQILFQFLDSDSDIEIRQEVLNIV

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_012421`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_012421

位置 Chr03:12104498-12104989 (-)

描述 Similar to ATL51: RING-H2 finger protein ATL51

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g03550`	RING-H2 指蛋白 ATL51。	暂无已核实直接文献
`At5g17600`	RING-H2 指蛋白 ATL52。	暂无已核实直接文献
`At1g23980`	RING-H2指蛋白ATL47。	暂无已核实直接文献
`At4g40070`	RING-H2指蛋白ATL32。	暂无已核实直接文献
`At4g17905`	推定的RING-H2指蛋白ATL53。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012421 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G23980

ath:AT3G03550

ath:AT4G17905

ath:AT4G40070

ath:AT5G17600

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.336

排名 1 · LXL04_012421 · OH-1004

细胞质0.248

排名 2 · LXL04_012421 · OH-1004

细胞膜0.247

排名 3 · LXL04_012421 · OH-1004

内质网0.214

排名 4 · LXL04_012421 · OH-1004

细胞核0.155

排名 5 · LXL04_012421 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12678.14zf-rbx188-133 aa

PF13639.13zf-RING_290-133 aa

PF13923.13zf-C3HC4_290-132 aa

PF17123.12zf-RING_1191-119 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_012421	`PF12678.14`	zf-rbx1	88	133	3.4e-07	31.1
LXL04_012421	`PF13639.13`	zf-RING_2	90	133	1.7e-13	51.3
LXL04_012421	`PF13923.13`	zf-C3HC4_2	90	132	6.9e-06	26.5
LXL04_012421	`PF17123.12`	zf-RING_11	91	119	2.6e-10	40.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SRQ8`	拟南芥	RING-H2 finger protein ATL51	37.107%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LF64`	拟南芥	RING-H2 finger protein ATL52	36.090%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8GW38`	拟南芥	RING-H2 finger protein ATL47	31.293%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8W571`	拟南芥	RING-H2 finger protein ATL32	35.075%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`P0C041`	拟南芥	Putative RING-H2 finger protein ATL53	34.545%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情