LXL04_012406 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_012406

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 11690763-11698617 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1704 bp · LXL04_012406|LXL04_012406|OH1004|cDNA

ATGTCATTTCAAGTGGAGGAGACCCAGCAAAACAAAAGAGTTGGAGGTGACAAAGAAATGGAGTGGGTTCGTGATTCATCTTTGGATCATAAAGGGAGACTTCCTCTTCGATCCTCCACAGGAACTTGGAGAGCCTCATTCTTCATCATCGCGATCGAGTTCACTGAAAGACTTAGCTACTTTGCCATAGCAACAAATCTCATCACCTACCTCACAAAAGTGATGCATCAAGACCTCACAACTGCTGCCAAAAATGTCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1704 bp · LXL04_012406|LXL04_012406|OH1004|CDS

ATGTCATTTCAAGTGGAGGAGACCCAGCAAAACAAAAGAGTTGGAGGTGACAAAGAAATGGAGTGGGTTCGTGATTCATCTTTGGATCATAAAGGGAGACTTCCTCTTCGATCCTCCACAGGAACTTGGAGAGCCTCATTCTTCATCATCGCGATCGAGTTCACTGAAAGACTTAGCTACTTTGCCATAGCAACAAATCTCATCACCTACCTCACAAAAGTGATGCATCAAGACCTCACAACTGCTGCCAAAAATGTCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

567 aa · LXL04_012406|LXL04_012406|OH1004|PROTEIN

MSFQVEETQQNKRVGGDKEMEWVRDSSLDHKGRLPLRSSTGTWRASFFIIAIEFTERLSYFAIATNLITYLTKVMHQDLTTAAKNVNNWAGVTTITPLLGAFIADAYTGRFLMILLSSSIYLMGLGILTMSEFIPSIKPSKGKVHELVFFTGIYLLSLGSGGIKPSLESFGADQFDDDNLKERKGKMSFFNWWNTALCSGLLLAVTVLVYLQDNVNWGFANIVLTVTMAITIIIFYFGRKFYRYRVPKGSPFTPILQVLV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_012406`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_012406

位置 Chr03:11690763-11698617 (+)

描述 Similar to NPF5.6: Protein NRT1/ PTR FAMILY 5.6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g37900`	蛋白 NRT1/PTR 家族 5.6。	暂无已核实直接文献
`At3g53960`	蛋白 NRT1/PTR 家族 5.7。	暂无已核实直接文献
`At3g54140`	肽转运蛋白。	AtPTR1, a plasma membrane peptide transporter expressed during seed germination and in vascular tissue of Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2004.02224.x AtPTR1 and AtPTR5 transport dipeptides in planta.2008 · DOI: 10.1104/pp.108.123844
`At5g01180`	肽转运蛋白。	AtPTR1 and AtPTR5 transport dipeptides in planta.2008 · DOI: 10.1104/pp.108.123844
`At1g62200`	蛋白质NRT1/PTR家族8.5。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012406 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006857 oligopeptide transport 生物过程

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0042938 dipeptide transport 生物过程

GO:0042939 tripeptide transport 生物过程

GO:0055085 transmembrane transport 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009705 plant-type vacuole membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G62200

ath:AT2G37900

ath:AT3G53960

ath:AT3G54140

ath:AT5G01180

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.798

排名 1 · LXL04_012406 · OH-1004

内质网0.080

排名 2 · LXL04_012406 · OH-1004

细胞质0.068

排名 3 · LXL04_012406 · OH-1004

溶酶体／液泡0.054

排名 4 · LXL04_012406 · OH-1004

线粒体0.028

排名 5 · LXL04_012406 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07690.22MFS_160-504 aa

PF00854.28PTR2112-516 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_012406	`PF07690.22`	MFS_1	60	504	6.1e-11	42.6
LXL04_012406	`PF00854.28`	PTR2	112	516	8.9e-87	292.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P0CI03`	拟南芥	Protein NRT1/ PTR FAMILY 5.6	57.812%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9M331`	拟南芥	Protein NRT1/ PTR FAMILY 5.7	56.738%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9M390`	拟南芥	Protein NRT1/ PTR FAMILY 8.1	41.071%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LFB8`	拟南芥	Protein NRT1/ PTR FAMILY 8.2	42.246%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q93Z20`	拟南芥	Protein NRT1/ PTR FAMILY 8.5	40.206%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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