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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_012396
当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 11561536-11565095 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3231 bp · LXL04_012396|LXL04_012396|OH1004|cDNA

ATGATTACTGCCACCATGTCAACCGAGTCCGATTATTGGGCACTTTTGTCGTTCAAATCAATGGTCACCAGCGATCCACATGGAGCTCTAAGCTCATGGAACACTTCCTTTCATTTTTGTGATTGGAGTGGTGTTTCATGTGGGAAGCGCCACAGAAGAGTCACTGCTCTACGGCTCAAGTCGCAAGGCCTGCAAGGCTTGTTGTCTCCTCATGTAGGAAATCTTAGCTTCCTTGGTGTGTTTTCTCTCTCAAACAACAG...

CDS

下载 CDS FASTA

3231 bp · LXL04_012396|LXL04_012396|OH1004|CDS

ATGATTACTGCCACCATGTCAACCGAGTCCGATTATTGGGCACTTTTGTCGTTCAAATCAATGGTCACCAGCGATCCACATGGAGCTCTAAGCTCATGGAACACTTCCTTTCATTTTTGTGATTGGAGTGGTGTTTCATGTGGGAAGCGCCACAGAAGAGTCACTGCTCTACGGCTCAAGTCGCAAGGCCTGCAAGGCTTGTTGTCTCCTCATGTAGGAAATCTTAGCTTCCTTGGTGTGTTTTCTCTCTCAAACAACAG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1076 aa · LXL04_012396|LXL04_012396|OH1004|PROTEIN

MITATMSTESDYWALLSFKSMVTSDPHGALSSWNTSFHFCDWSGVSCGKRHRRVTALRLKSQGLQGLLSPHVGNLSFLGVFSLSNNSFHGTIPHELNRLSRLRILDLCRNHFNGVIPTNLSRYSNIEVISLCHNKLVGSIPKEFGFLSKLAFILVHGNKLTGGIPPVLGNITSMKVFSAAGNPLGGSIPDTLGNWKSLTDFGAGECNLHGTIPHSIYNLSLLSNFSMTENQLSGSLPSAIGAMLPHLEFLQLRGNQLIGD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_012396
TK1151 IDTkA02G567530
OH-1004 IDLXL04_012396
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)65.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 97.806 / OH-1004 78.903
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_012396
位置Chr03:11561536-11565095 (+)
描述Similar to At3g47570: Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g47570 可能的LRR受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At3g47570。 暂无已核实直接文献
At5g20480 构成了模式识别受体（PPR），决定对延伸因子Tu（EF-Tu）的特异性感知，EF-Tu 是一种强效的病原相关分子模式（PAMPs）防御反应诱导物；在诱导后磷酸化BIK1，以调控免疫反应，例如防御激素的表达（如茉莉酸（JA）和水杨酸（SA））。 暂无已核实直接文献
At3g47110 推测的类受体蛋白激酶 At3g47110。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os11g0569733 受体激酶，可检测稻瘟病菌 X.oryzae pv. oryzae 的蛋白 Ax21 以促进先天免疫。
Cleavage and nuclear localization of the rice XA21 immune receptor.2012 · DOI: 10.1038/ncomms1932
UniProt: Q1MX30 受体激酶，可检测稻瘟病菌 X.oryzae pv. oryzae 的蛋白 Ax21 以促进先天免疫。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012396 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0002237 response to molecule of bacterial origin 生物过程
GO:0002764 immune response-regulating signaling pathway 生物过程
GO:0006952 defense response 生物过程
GO:0009617 response to bacterium 生物过程
GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程
GO:0009755 hormone-mediated signaling pathway 生物过程
GO:0016045 detection of bacterium 生物过程
GO:0031349 positive regulation of defense response 生物过程
GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程
GO:0140426 pathogen-associated molecular pattern receptor signaling pathway 生物过程
GO:1900426 positive regulation of defense response to bacterium 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G47110
ath:AT3G47570
ath:AT5G20480
osa:107276510
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.857
排名 1 · LXL04_012396 · OH-1004
内质网0.080
排名 2 · LXL04_012396 · OH-1004
细胞质0.067
排名 3 · LXL04_012396 · OH-1004
细胞核0.051
排名 4 · LXL04_012396 · OH-1004
溶酶体／液泡0.023
排名 5 · LXL04_012396 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08263.18LRRNT_210-47 aa
PF23598.2LRR_1470-179 aa
PF13855.13LRR_8100-160 aa
PF13855.13LRR_8245-303 aa
PF23598.2LRR_14318-452 aa
PF13855.13LRR_8474-529 aa
PF12799.14LRR_4495-528 aa
PF13855.13LRR_8518-576 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_012396PF08263.18LRRNT_210472.6e-1041.1
LXL04_012396PF23598.2LRR_14701795.6e-2691.8
LXL04_012396PF13855.13LRR_81001601e-2796.4
LXL04_012396PF13855.13LRR_82453031e-2796.4
LXL04_012396PF23598.2LRR_143184525.6e-2691.8
LXL04_012396PF13855.13LRR_84745291e-2796.4
LXL04_012396PF12799.14LRR_44955287.2e-2277.6
LXL04_012396PF13855.13LRR_85185761e-2796.4
LXL04_012396PF00069.32Pkinase6788995e-38131.7
LXL04_012396PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr6808981e-37130.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
C0LGP4拟南芥Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g4757042.785%Swiss-Prot中等数据库同源证据
C0LGT6拟南芥LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase EFR41.847%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9SD62拟南芥Putative receptor-like protein kinase At3g4711044.064%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q2R2D5水稻Receptor kinase-like protein Xa2145.965%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q1MX30水稻Receptor kinase-like protein Xa2146.329%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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