LXL04_012391 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_012391

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 11528321-11530254 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1860 bp · LXL04_012391|LXL04_012391|OH1004|cDNA

ATGCTGATAATTATGGCGGTTTTACTGGTCGGCGCCGCTAGGGCGGCGGCCATCCCCTGCCCAGATTGCGGGAAAATTCCAGTCCTGTATCCACTCAGTACAACACCAACGTGTGGCCATCAATCATACAAGATTCGGTGCGATAGGGGTGTGTTGAAATTCGATTCCATCAATAACACTTACCCGATCATCTCAATCTCCCCCAAAAATCAACGCATGGTAATCGGTCAATCGCATCTATTACCAAACACCTGCGTCAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1860 bp · LXL04_012391|LXL04_012391|OH1004|CDS

ATGCTGATAATTATGGCGGTTTTACTGGTCGGCGCCGCTAGGGCGGCGGCCATCCCCTGCCCAGATTGCGGGAAAATTCCAGTCCTGTATCCACTCAGTACAACACCAACGTGTGGCCATCAATCATACAAGATTCGGTGCGATAGGGGTGTGTTGAAATTCGATTCCATCAATAACACTTACCCGATCATCTCAATCTCCCCCAAAAATCAACGCATGGTAATCGGTCAATCGCATCTATTACCAAACACCTGCGTCAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

619 aa · LXL04_012391|LXL04_012391|OH1004|PROTEIN

MLIIMAVLLVGAARAAAIPCPDCGKIPVLYPLSTTPTCGHQSYKIRCDRGVLKFDSINNTYPIISISPKNQRMVIGQSHLLPNTCVMADFVTMGIQLDNSLPFTIAPTNTVFFFNCTDTMGAVILDCTPENVCQAYQNASPEMSMCRRAPASTCCSFKKGSSTSLFSIPLNMEKCRAYSSFVNLNISLPISKWPDPGVELIWAPPPEPPCTSQGHCDSTSTCRDDHDGTRRCFCNPKFRWDANTGHCAKDLKKARAKRKS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_012391`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_012391

位置 Chr03:11528321-11530254 (+)

描述 Similar to WAKL20: Wall-associated receptor kinase-like 20

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g02070`	丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶，可能充当细胞外基质成分的信号传导受体。	暂无已核实直接文献
`At3g53840`	推定的丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶，可能作为细胞外基质组分的信号受体。	暂无已核实直接文献
`At1g69730`	丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶，可能充当细胞外基质成分的信号传导受体。	暂无已核实直接文献
`At5g66790`	丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶，可能充当细胞外基质成分的信号传导受体。	暂无已核实直接文献
`At1g79680`	丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶，可能充当细胞外基质成分的信号传导受体。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012391 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0007166 cell surface receptor signaling pathway 生物过程

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0009620 response to fungus 生物过程

GO:0009751 response to salicylic acid 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0004383 guanylate cyclase activity 分子功能

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0005509 calcium ion binding 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G69730

ath:AT1G79680

ath:AT3G53840

ath:AT5G02070

ath:AT5G66790

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.879

排名 1 · LXL04_012391 · OH-1004

细胞质0.081

排名 2 · LXL04_012391 · OH-1004

内质网0.068

排名 3 · LXL04_012391 · OH-1004

细胞核0.051

排名 4 · LXL04_012391 · OH-1004

溶酶体／液泡0.022

排名 5 · LXL04_012391 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13947.12GUB_WAK_bind20-75 aa

PF00069.32Pkinase332-598 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr334-600 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_012391	`PF13947.12`	GUB_WAK_bind	20	75	1.6e-07	32.3
LXL04_012391	`PF00069.32`	Pkinase	332	598	2.4e-43	149.1
LXL04_012391	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	334	600	4.4e-47	161.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LZM4`	拟南芥	Wall-associated receptor kinase-like 20	47.267%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9M342`	拟南芥	Wall-associated receptor kinase-like 15	48.697%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9C9L5`	拟南芥	Wall-associated receptor kinase-like 9	44.142%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8GYF5`	拟南芥	Wall-associated receptor kinase-like 21	43.411%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8VYA3`	拟南芥	Wall-associated receptor kinase-like 10	43.220%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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