LXL04_012389 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_012389

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 11510646-11513383 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2022 bp · LXL04_012389|LXL04_012389|OH1004|cDNA

ATGCTAACAAAGATGAAGGGATTTGGTTCGTTAAAATCGCCGATTTTGGTGAAAACTGCTGGTTTTGCCTTCGTCGCGCTAGCTTTTTTCTACTTAGGTAAGCATTGGTCCGATGATACATATCAGCAAATGATATTTTTCAGTTCGAACTCCAATCCAAATGCAAAAACCCCTTCGATTTCGATTTCACCAAATTATAACAAAAGCTTCGATATCAAGTCTCTAATTAACGACACAAAAGAAGTAGATACAGTAGTAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2022 bp · LXL04_012389|LXL04_012389|OH1004|CDS

ATGCTAACAAAGATGAAGGGATTTGGTTCGTTAAAATCGCCGATTTTGGTGAAAACTGCTGGTTTTGCCTTCGTCGCGCTAGCTTTTTTCTACTTAGGTAAGCATTGGTCCGATGATACATATCAGCAAATGATATTTTTCAGTTCGAACTCCAATCCAAATGCAAAAACCCCTTCGATTTCGATTTCACCAAATTATAACAAAAGCTTCGATATCAAGTCTCTAATTAACGACACAAAAGAAGTAGATACAGTAGTAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

673 aa · LXL04_012389|LXL04_012389|OH1004|PROTEIN

MLTKMKGFGSLKSPILVKTAGFAFVALAFFYLGKHWSDDTYQQMIFFSSNSNPNAKTPSISISPNYNKSFDIKSLINDTKEVDTVVDQTLPAIPPEPSLSPPPPPPPAVQRLGVVDENGVMRDEFEVGEYDPDVVENRNNETEVVQDVNAVVRVQKFETCPVTMREYIPCLDNEQAIKELKSTEKGEKFERHCPEKEKALNCLVPPPKGYKAPIPWPTSRDEVWYSNVPHAQLAEYKGGQNWITVDKDKFKFPGGGTQFI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_012389`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_012389

位置 Chr03:11510646-11513383 (-)

描述 Similar to At2g39750: Probable methyltransferase PMT11

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g39750`	可能的甲基转移酶 PMT11。	暂无已核实直接文献
`At5g06050`	可能的甲基转移酶 PMT12。	暂无已核实直接文献
`At1g77260`	可能的甲基转移酶 PMT10。	暂无已核实直接文献
`At2g34300`	可能的甲基转移酶 PMT25。	暂无已核实直接文献
`At1g29470`	可能的甲基转移酶 PMT24。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012389 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0032259 methylation 生物过程

GO:0000138 Golgi trans cisterna 细胞组分

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005797 Golgi medial cisterna 细胞组分

GO:0005802 trans-Golgi network 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G29470

ath:AT1G77260

ath:AT2G34300

ath:AT2G39750

ath:AT5G06050

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.812

排名 1 · LXL04_012389 · OH-1004

内质网0.076

排名 2 · LXL04_012389 · OH-1004

细胞膜0.064

排名 3 · LXL04_012389 · OH-1004

细胞外0.051

排名 4 · LXL04_012389 · OH-1004

细胞质0.041

排名 5 · LXL04_012389 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03141.23Methyltransf_29166-669 aa

PF08241.19Methyltransf_11287-381 aa

PF13649.13Methyltransf_25287-378 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_012389	`PF03141.23`	Methyltransf_29	166	669	1.5e-232	773.4
LXL04_012389	`PF08241.19`	Methyltransf_11	287	381	8e-10	40.0
LXL04_012389	`PF13649.13`	Methyltransf_25	287	378	1.1e-07	33.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O22285`	拟南芥	Probable methyltransferase PMT11	68.175%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FG39`	拟南芥	Probable methyltransferase PMT12	64.371%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q94KE1`	拟南芥	Probable methyltransferase PMT10	62.593%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q0WT31`	拟南芥	Probable methyltransferase PMT25	49.533%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q6NPR7`	拟南芥	Probable methyltransferase PMT24	48.799%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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