LXL04_012377 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_012377

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 11357754-11358971 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1218 bp · LXL04_012377|LXL04_012377|OH1004|cDNA

ATGTCAACGGTTGGGTCTTCATCATCGTCACACTGGTGCTACAGATGCAATCGATTTATTAGGGTTCGAATCAATCAAGAAGATTCATCTTTATCTTGTCCCGATTGCAACGGAGGTTTCATAGAGGAGATAGATAGCCCCAATAGATTAAATGGGTCGGTGATCTCGGACTTTCACCGAAGTCGGTCTCCTGCTGCGGCCATGTACATGGTCGGAAACGGCCAACAAAGCCCCGTGCCGAGCCCTAGCCCGCCGTTACT...

CDS

下载 CDS FASTA

1218 bp · LXL04_012377|LXL04_012377|OH1004|CDS

ATGTCAACGGTTGGGTCTTCATCATCGTCACACTGGTGCTACAGATGCAATCGATTTATTAGGGTTCGAATCAATCAAGAAGATTCATCTTTATCTTGTCCCGATTGCAACGGAGGTTTCATAGAGGAGATAGATAGCCCCAATAGATTAAATGGGTCGGTGATCTCGGACTTTCACCGAAGTCGGTCTCCTGCTGCGGCCATGTACATGGTCGGAAACGGCCAACAAAGCCCCGTGCCGAGCCCTAGCCCGCCGTTACT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

405 aa · LXL04_012377|LXL04_012377|OH1004|PROTEIN

MSTVGSSSSSHWCYRCNRFIRVRINQEDSSLSCPDCNGGFIEEIDSPNRLNGSVISDFHRSRSPAAAMYMVGNGQQSPVPSPSPPLLRRARRNVGERSPFNPVIVLRGPTSTPEEPGSGTEESGTGGGFELYYDDGAGSGLRPLPASMSEFLLGSGFDRLLDQLAQIEGNGLGRIDNNPPASKAAIEAMPNIEIQENHVSIESYCAVCKEPFDLGSEAKEMPCQHLYHSDCILPWLALRNSCPVCRHELPTETTDSGDHQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_012377`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_012377

位置 Chr03:11357754-11358971 (-)

描述 Similar to RHC2A: Probable E3 ubiquitin-protein ligase RHC2A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g39720`	可能的 E3 泛素蛋白连接酶，在体外可能具有 E3 泛素连接酶活性。	暂无已核实直接文献
`At3g46620`	参与正向调控脱落酸依赖干旱胁迫响应的E3泛素蛋白连接酶。	Suppression of Arabidopsis RING-DUF1117 E3 ubiquitin ligases, AtRDUF1 and AtRDUF2, reduces tolerance to ABA-mediated drought stress.2012 · DOI: 10.1016/j.bbrc.2012.02.131 The E3 ligase AtRDUF1 positively regulates salt stress responses in Arabidopsis thaliana.2013 · DOI: 10.1371/journal.pone.0071078
`At5g59550`	参与正向调控脱落酸依赖干旱胁迫响应的E3泛素蛋白连接酶。	Suppression of Arabidopsis RING-DUF1117 E3 ubiquitin ligases, AtRDUF1 and AtRDUF2, reduces tolerance to ABA-mediated drought stress.2012 · DOI: 10.1016/j.bbrc.2012.02.131
`At3g19950`	E3 泛素蛋白连接酶以硫酯的形式接受来自 E2 泛素结合酶的泛素，然后将泛素直接转移至目标底物。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012377 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0051865 protein autoubiquitination 生物过程

GO:0090378 seed trichome elongation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G39720

ath:AT3G19950

ath:AT3G46620

ath:AT5G59550

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.446

排名 1 · LXL04_012377 · OH-1004

细胞核0.364

排名 2 · LXL04_012377 · OH-1004

细胞膜0.222

排名 3 · LXL04_012377 · OH-1004

溶酶体／液泡0.097

排名 4 · LXL04_012377 · OH-1004

内质网0.094

排名 5 · LXL04_012377 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14369.12Zn_ribbon_199-44 aa

PF12678.14zf-rbx1200-246 aa

PF13923.13zf-C3HC4_2204-245 aa

PF13639.13zf-RING_2205-246 aa

PF00097.32zf-C3HC4205-245 aa

PF17123.12zf-RING_11205-232 aa

PF06547.18DUF1117275-387 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_012377	`PF14369.12`	Zn_ribbon_19	9	44	1.6e-14	54.5
LXL04_012377	`PF12678.14`	zf-rbx1	200	246	7.4e-08	33.2
LXL04_012377	`PF13923.13`	zf-C3HC4_2	204	245	3.4e-08	33.9
LXL04_012377	`PF13639.13`	zf-RING_2	205	246	1e-11	45.6
LXL04_012377	`PF00097.32`	zf-C3HC4	205	245	5.5e-06	26.9
LXL04_012377	`PF17123.12`	zf-RING_11	205	232	6.2e-06	26.5
LXL04_012377	`PF06547.18`	DUF1117	275	387	2.1e-40	138.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O22283`	拟南芥	Probable E3 ubiquitin-protein ligase RHC2A	51.198%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SNB6`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase RDUF1	48.083%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q940T5`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase RDUF2	49.541%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8LPN7`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase RING1-like	31.660%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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