RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_012312
当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 10231697-10235272 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3501 bp · LXL04_012312|LXL04_012312|OH1004|cDNA

ATGAAAAGGAATTTGTGGATGGCTTCCATGTCACGATTTGCATGCCACGTTCTCATGTATGTTAACATTCAATCATTGAGTATAAATTTAATAGCCAGCATGCAATTATCCTTGAACTCCTCAAAGCTTAGTTCGAAAATGAAGTCTCTTATTGATATTGCTTTTCTCTTTTCCTGTCTTATCATATCACTGATTATAACCATCACATGTGCTTCCAATAGGGGTAATGAGACTGATTACCAGGCGTTGATGCAGTTCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

3501 bp · LXL04_012312|LXL04_012312|OH1004|CDS

ATGAAAAGGAATTTGTGGATGGCTTCCATGTCACGATTTGCATGCCACGTTCTCATGTATGTTAACATTCAATCATTGAGTATAAATTTAATAGCCAGCATGCAATTATCCTTGAACTCCTCAAAGCTTAGTTCGAAAATGAAGTCTCTTATTGATATTGCTTTTCTCTTTTCCTGTCTTATCATATCACTGATTATAACCATCACATGTGCTTCCAATAGGGGTAATGAGACTGATTACCAGGCGTTGATGCAGTTCAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1166 aa · LXL04_012312|LXL04_012312|OH1004|PROTEIN

MKRNLWMASMSRFACHVLMYVNIQSLSINLIASMQLSLNSSKLSSKMKSLIDIAFLFSCLIISLIITITCASNRGNETDYQALMQFKSLITNEGLSSWNSSFHHCYWSGVSCGKRQKRVTYLVLESHGLEGSLSPHVGNLSFLRFFSLADNNFQGSIPHELGRLSRLRLLSLAFNNFTGVIPSNLSGCSNLEELHLSYNNLVGSIPKEISFLSKLGFFYLTRNKLTGGIPPFLGNITSMKVFSAAENPLGGSISHTLGRW...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_012312
TK1151 IDTkAUNG068620
OH-1004 IDLXL04_012312
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)99.300
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 97.170
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_012312
位置Chr03:10231697-10235272 (-)
描述Similar to XA21: Receptor kinase-like protein Xa21
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g47570 可能的LRR受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At3g47570。 暂无已核实直接文献
At5g20480 构成了模式识别受体（PPR），决定对延伸因子Tu（EF-Tu）的特异性感知，EF-Tu 是一种强效的病原相关分子模式（PAMPs）防御反应诱导物；在诱导后磷酸化BIK1，以调控免疫反应，例如防御激素的表达（如茉莉酸（JA）和水杨酸（SA））。 暂无已核实直接文献
At3g47110 推测的类受体蛋白激酶 At3g47110。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os11g0569733 受体激酶，可检测稻瘟病菌 X.oryzae pv. oryzae 的蛋白 Ax21 以促进先天免疫。
Cleavage and nuclear localization of the rice XA21 immune receptor.2012 · DOI: 10.1038/ncomms1932
UniProt: Q1MX30 受体激酶，可检测稻瘟病菌 X.oryzae pv. oryzae 的蛋白 Ax21 以促进先天免疫。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012312 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006952 defense response 生物过程
GO:0031349 positive regulation of defense response 生物过程
GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程
GO:1900426 positive regulation of defense response to bacterium 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0032541 cortical endoplasmic reticulum 细胞组分
GO:1990578 perinuclear endoplasmic reticulum membrane 细胞组分
GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能
GO:0005524 ATP binding 分子功能
GO:0106310 protein serine kinase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
osa:107276510
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.876
排名 1 · LXL04_012312 · OH-1004
内质网0.085
排名 2 · LXL04_012312 · OH-1004
细胞质0.058
排名 3 · LXL04_012312 · OH-1004
细胞核0.038
排名 4 · LXL04_012312 · OH-1004
溶酶体／液泡0.025
排名 5 · LXL04_012312 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08263.18LRRNT_277-112 aa
PF23598.2LRR_14133-263 aa
PF13855.13LRR_8166-225 aa
PF12799.14LRR_4166-206 aa
PF13855.13LRR_8262-321 aa
PF23598.2LRR_14273-383 aa
PF23598.2LRR_14377-518 aa
PF13855.13LRR_8430-488 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_012312PF08263.18LRRNT_2771121.7e-0938.5
LXL04_012312PF23598.2LRR_141332634e-37128.5
LXL04_012312PF13855.13LRR_81662253.7e-40136.2
LXL04_012312PF12799.14LRR_41662061.3e-33115.0
LXL04_012312PF13855.13LRR_82623213.7e-40136.2
LXL04_012312PF23598.2LRR_142733834e-37128.5
LXL04_012312PF23598.2LRR_143775184e-37128.5
LXL04_012312PF13855.13LRR_84304883.7e-40136.2
LXL04_012312PF23598.2LRR_144996514e-37128.5
LXL04_012312PF13855.13LRR_86106663.7e-40136.2
LXL04_012312PF13855.13LRR_86597123.7e-40136.2
LXL04_012312PF23598.2LRR_146607554e-37128.5
LXL04_012312PF00069.32Pkinase86610829.1e-40137.4
LXL04_012312PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr86710792.5e-39135.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
C0LGP4拟南芥Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g4757041.302%Swiss-Prot中等数据库同源证据
C0LGT6拟南芥LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase EFR40.291%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9SD62拟南芥Putative receptor-like protein kinase At3g4711040.725%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q2R2D5水稻Receptor kinase-like protein Xa2144.361%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q1MX30水稻Receptor kinase-like protein Xa2144.301%Swiss-Prot中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看