LXL04_012261 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_012261

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 9294423-9296699 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1017 bp · LXL04_012261|LXL04_012261|OH1004|cDNA

atgTCCGACGCTTTAATAAATGGACTTGCCGGCGCCGGTGGTGGAATCATCGCTCAGCTCCTCACTTATCCTCTCCAAACTGTAAACACGCGTCAACAAACCGATAGAGATccgaagaaagagaagaaaaagGCGGGGACGGTTGAACAGATGTATCAGGTTGTTCAACAAGAAGGATGGGGCCGACTATACGGCGGCTTAACGCCCTCGCTGGTTGGCACGGCATGTTCACAGGGTGTTTACTATTATTTCTATCAAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1017 bp · LXL04_012261|LXL04_012261|OH1004|CDS

ATGTCCGACGCTTTAATAAATGGACTTGCCGGCGCCGGTGGTGGAATCATCGCTCAGCTCCTCACTTATCCTCTCCAAACTGTAAACACGCGTCAACAAACCGATAGAGATCCGAAGAAAGAGAAGAAAAAGGCGGGGACGGTTGAACAGATGTATCAGGTTGTTCAACAAGAAGGATGGGGCCGACTATACGGCGGCTTAACGCCCTCGCTGGTTGGCACGGCATGTTCACAGGGTGTTTACTATTATTTCTATCAAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

338 aa · LXL04_012261|LXL04_012261|OH1004|PROTEIN

MSDALINGLAGAGGGIIAQLLTYPLQTVNTRQQTDRDPKKEKKKAGTVEQMYQVVQQEGWGRLYGGLTPSLVGTACSQGVYYYFYQIFRSRAEATALRRKKEGSGDGSVGMLSSLMVAAMSGCVNVLLTNPIWVVVTRMQTHTKKPPSNKVEPIAITGGIETPPPYATSHAVQEVFDEAGVWGFWKGVFPTLVMVSNPSIQFMLYETLLKKLKKRRALNNNNKGITALEASSYRLIVFLLGALAKLGATVVTYPLLVVKA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_012261`
TK1151 ID	TkA02G577860
OH-1004 ID	LXL04_012261
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	97.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_012261

位置 Chr03:9294423-9296699 (-)

描述 Similar to PXN: Peroxisomal nicotinamide adenine dinucleotide carrier

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g39970`	可能介导 NAD⁺ 向过氧化物酶体的输入。	A peroxisomal carrier delivers NAD⁺ and contributes to optimal fatty acid degradation during storage oil mobilization.2012 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04775.x A defect of peroxisomal membrane protein 38 causes enlargement of peroxisomes.2011 · DOI: 10.1093/pcp/pcr147 The peroxisomal NAD+ carrier of Arabidopsis thaliana transports coenzyme A and its derivatives.2012 · DOI: 10.1007/s10863-012-9445-0
`At5g66380`	介导叶酸导入叶绿体。	Folate metabolism in plants: an Arabidopsis homolog of the mammalian mitochondrial folate transporter mediates folate import into chloroplasts.2005 · DOI: 10.1074/jbc.m506045200

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012261 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001561 fatty acid alpha-oxidation 生物过程

GO:0006635 fatty acid beta-oxidation 生物过程

GO:0015866 ADP transport 生物过程

GO:0015867 ATP transport 生物过程

GO:0015908 fatty acid transport 生物过程

GO:0035349 coenzyme A transmembrane transport 生物过程

GO:0035350 FAD transmembrane transport 生物过程

GO:0043132 NAD transport 生物过程

GO:0044375 regulation of peroxisome size 生物过程

GO:0055085 transmembrane transport 生物过程

GO:0080121 AMP transport 生物过程

GO:1901679 nucleotide transmembrane transport 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G39970

ath:AT5G66380

ddi:DDB_G0272346

hsa:10478

mmu:20524

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

过氧化物酶体0.629

排名 1 · LXL04_012261 · OH-1004

线粒体0.204

排名 2 · LXL04_012261 · OH-1004

内质网0.083

排名 3 · LXL04_012261 · OH-1004

细胞膜0.062

排名 4 · LXL04_012261 · OH-1004

细胞质0.044

排名 5 · LXL04_012261 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00153.33Mito_carr6-90 aa

PF00153.33Mito_carr110-214 aa

PF00153.33Mito_carr238-321 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_012261	`PF00153.33`	Mito_carr	6	90	9e-57	189.5
LXL04_012261	`PF00153.33`	Mito_carr	110	214	9e-57	189.5
LXL04_012261	`PF00153.33`	Mito_carr	238	321	9e-57	189.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O04200`	拟南芥	Peroxisomal nicotinamide adenine dinucleotide carrier	71.471%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q7XA87`	拟南芥	Folate transporter 1, chloroplastic	30.312%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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