LXL04_012236 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_012236

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 8918294-8920672 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2379 bp · LXL04_012236|LXL04_012236|OH1004|cDNA

ATGACGACATTATCCGCCGTCATCTCCGTCGTCGGTCTTATATTCTCTGTCTTATATAGTGTCCATGCTCTTGGTGGCTCCGCCACCACTGTTTCTATAAGCTATGGTTCCACCGTCACTGTCTGCGGCATCGTCGCTGGTCAACCGAGTCAACGGATCCAATGCTGGCGCAATGGGCAAGTATTCGATGTATTCTCCAACATCTCCTTTGAGTCCATCGCCGGTGGTCATGATGTGTTCTGCGGCGTCAGGTCCGGCGG...

CDS

下载 CDS FASTA

2379 bp · LXL04_012236|LXL04_012236|OH1004|CDS

ATGACGACATTATCCGCCGTCATCTCCGTCGTCGGTCTTATATTCTCTGTCTTATATAGTGTCCATGCTCTTGGTGGCTCCGCCACCACTGTTTCTATAAGCTATGGTTCCACCGTCACTGTCTGCGGCATCGTCGCTGGTCAACCGAGTCAACGGATCCAATGCTGGCGCAATGGGCAAGTATTCGATGTATTCTCCAACATCTCCTTTGAGTCCATCGCCGGTGGTCATGATGTGTTCTGCGGCGTCAGGTCCGGCGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

792 aa · LXL04_012236|LXL04_012236|OH1004|PROTEIN

MTTLSAVISVVGLIFSVLYSVHALGGSATTVSISYGSTVTVCGIVAGQPSQRIQCWRNGQVFDVFSNISFESIAGGHDVFCGVRSGGSSLVCWNPSLTPKRLYYNETVLLSQLSIGDSQICSITNSTGWNVDCWRDRNGISTQNRQLRSISSGLGFTCGVARDNAYGITCFGTNSELANAIQGEFTNFRMLNVAVGGNHACGVNSTGFVICRGNNDYGQINVPNHSPFEFSALALGSNHTCALRNINGSVVCWGGGGGIM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_012236`
TK1151 ID	TkA02G579420
OH-1004 ID	LXL04_012236
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	95.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 67.298 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_012236

位置 Chr03:8918294-8920672 (+)

描述 Similar to CCR3: Putative serine/threonine-protein kinase-like protein CCR3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g55950`	丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶。	暂无已核实直接文献
`At5g47850`	丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶样蛋白 CCR4。	暂无已核实直接文献
`At3g59420`	响应 CLE40 信号，控制分生组织中的形成细胞分裂，包括中柱鞘的根尖和侧根起始区。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0637800`	受体蛋白激酶。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012236 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009786 regulation of asymmetric cell division 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0010311 lateral root formation 生物过程

GO:0032877 positive regulation of DNA endoreduplication 生物过程

GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

GO:0048439 flower morphogenesis 生物过程

GO:0048829 root cap development 生物过程

GO:0080136 priming of cellular response to stress 生物过程

GO:0090392 sepal giant cell differentiation 生物过程

GO:0090627 plant epidermal cell differentiation 生物过程

GO:0099402 plant organ development 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G55950

ath:AT3G59420

ath:AT5G47850

dosa:Os03g0637800

zma:542346

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.797

排名 1 · LXL04_012236 · OH-1004

内质网0.092

排名 2 · LXL04_012236 · OH-1004

细胞质0.086

排名 3 · LXL04_012236 · OH-1004

细胞核0.057

排名 4 · LXL04_012236 · OH-1004

溶酶体／液泡0.046

排名 5 · LXL04_012236 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25390.2WD40_RLD183-295 aa

PF13540.13RCC1_2193-219 aa

PF13540.13RCC1_2232-255 aa

PF00069.32Pkinase482-765 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr484-768 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_012236	`PF25390.2`	WD40_RLD	183	295	2e-08	34.7
LXL04_012236	`PF13540.13`	RCC1_2	193	219	3.4e-12	46.5
LXL04_012236	`PF13540.13`	RCC1_2	232	255	3.4e-12	46.5
LXL04_012236	`PF00069.32`	Pkinase	482	765	2.1e-42	146.1
LXL04_012236	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	484	768	1.4e-41	143.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LY50`	拟南芥	Putative serine/threonine-protein kinase-like protein CCR3	59.805%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FIJ6`	拟南芥	Serine/threonine-protein kinase-like protein CCR4	36.387%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LX29`	拟南芥	Serine/threonine-protein kinase-like protein ACR4	30.733%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q75J39`	水稻	Serine/threonine-protein kinase-like protein CR4	33.250%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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