LXL04_012217 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_012217

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 8525578-8526057 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

480 bp · LXL04_012217|LXL04_012217|OH1004|cDNA

ATGACAACTCAAGACTCTCAGTCCTTTCACTGGCGTTACGACGAGCTCGACGATAAAAACTTTCAAATCCGAGGCCGTACTCTCTTCTTCATCATCGTACTCTTCTCCGTCATCTTCTTGATAACACTACTCTTCCTCTACGCTCGCTGGATCTGCCGGTCGTCCTCCTCTTCCGCGGCTGTTTCTGACACCACCACCTTGTCCCCGCACGTGCAGCCCTGTTCACGGCCTCAAGGCCTAGATTCGATCGTGATCGATAG...

CDS

下载 CDS FASTA

480 bp · LXL04_012217|LXL04_012217|OH1004|CDS

ATGACAACTCAAGACTCTCAGTCCTTTCACTGGCGTTACGACGAGCTCGACGATAAAAACTTTCAAATCCGAGGCCGTACTCTCTTCTTCATCATCGTACTCTTCTCCGTCATCTTCTTGATAACACTACTCTTCCTCTACGCTCGCTGGATCTGCCGGTCGTCCTCCTCTTCCGCGGCTGTTTCTGACACCACCACCTTGTCCCCGCACGTGCAGCCCTGTTCACGGCCTCAAGGCCTAGATTCGATCGTGATCGATAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

159 aa · LXL04_012217|LXL04_012217|OH1004|PROTEIN

MTTQDSQSFHWRYDELDDKNFQIRGRTLFFIIVLFSVIFLITLLFLYARWICRSSSSSAAVSDTTTLSPHVQPCSRPQGLDSIVIDSLPITLHHRPSTASETAGESECCICIGEFDEGEKVKVLPNCCHTYHCECVDKWLTTHSSCPICRASLLVDSPV

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_012217`
TK1151 ID	TkA02G580850
OH-1004 ID	LXL04_012217
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	93.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_012217

位置 Chr03:8525578-8526057 (+)

描述 Similar to ATL66: RING-H2 finger protein ATL66

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g11110`	RING-H2 指蛋白 ATL66。	暂无已核实直接文献
`At1g23980`	RING-H2指蛋白ATL47。	暂无已核实直接文献
`At3g16720`	可能参与植物防御信号通路的早期阶段。	暂无已核实直接文献
`At2g35000`	E3 泛素蛋白连接酶，能够与泛素结合酶 E2 UBC8 在体外催化多泛素化反应。	暂无已核实直接文献
`At3g10910`	RING-H2 指蛋白 ATL72。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012217 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0010200 response to chitin 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0048481 plant ovule development 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G23980

ath:AT2G35000

ath:AT3G10910

ath:AT3G11110

ath:AT3G16720

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.269

排名 1 · LXL04_012217 · OH-1004

内质网0.267

排名 2 · LXL04_012217 · OH-1004

细胞膜0.262

排名 3 · LXL04_012217 · OH-1004

细胞质0.220

排名 4 · LXL04_012217 · OH-1004

细胞核0.185

排名 5 · LXL04_012217 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13639.13zf-RING_2107-150 aa

PF17123.12zf-RING_11107-136 aa

PF12678.14zf-rbx1107-150 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_012217	`PF13639.13`	zf-RING_2	107	150	1.8e-13	51.2
LXL04_012217	`PF17123.12`	zf-RING_11	107	136	7.3e-08	32.7
LXL04_012217	`PF12678.14`	zf-rbx1	107	150	8.7e-07	29.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SRM0`	拟南芥	RING-H2 finger protein ATL66	46.795%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8GW38`	拟南芥	RING-H2 finger protein ATL47	34.752%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8L9T5`	拟南芥	RING-H2 finger protein ATL2	32.370%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O64763`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase ATL9	30.827%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SG96`	拟南芥	RING-H2 finger protein ATL72	36.111%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情