LXL04_012070 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_012070

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 5858435-5859739 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1054 bp · LXL04_012070|LXL04_012070|OH1004|cDNA

ATACAACACAAAGCAATACGACGTCTATTCAATCTTCTAAACAACACAGCACAACACAACCACCATGGTTAAAGCAATTAGAATTCATGAGCACGGCGGCCCTGAGGTCTTGAAATGGGAAGAAGTTGAAGTCCCAGATCCAAAAGAGGGAGAAATAAGATTGAAGCAAAAGGCAATTGGTCTAAATTACTTGGATGTATATAATCGTCAAAACTTGAGGAATCTAGCTCCACCGTTGCCATATACTCCAGGAATGGAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

990 bp · LXL04_012070|LXL04_012070|OH1004|CDS

ATGGTTAAAGCAATTAGAATTCATGAGCACGGCGGCCCTGAGGTCTTGAAATGGGAAGAAGTTGAAGTCCCAGATCCAAAAGAGGGAGAAATAAGATTGAAGCAAAAGGCAATTGGTCTAAATTACTTGGATGTATATAATCGTCAAAACTTGAGGAATCTAGCTCCACCGTTGCCATATACTCCAGGAATGGAAGGAGCCGGAGTTGTAACAGCGGTGGGTCCCGGAGTAACCAGCTGCAAAGTCGGAGACGTTGTGGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

329 aa · LXL04_012070|LXL04_012070|OH1004|PROTEIN

MVKAIRIHEHGGPEVLKWEEVEVPDPKEGEIRLKQKAIGLNYLDVYNRQNLRNLAPPLPYTPGMEGAGVVTAVGPGVTSCKVGDVVAYASLQVGAYAQERILPADLAVPVPSSIDPVVAAAVIFKGLTTHVLINKGFKVERGHTILVHAAAGGVGSLLCQWASAKGATVIGTVSTQEKAVQAKEDGCHHVILYKDENFVDRVMEITSGKGVDVVYDSVGKDTLNGSLECLNYSGCLVNFGIASGVPEPVRYDQLVPKSLR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_012070`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_012070`
位置	Chr03:5858435-5859739 (+)
描述	Similar to caa43: 2-haloacrylate reductase
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_012070` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0042206 halogenated hydrocarbon catabolic process 生物过程 GO:1990748 cellular detoxification 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0003960 quinone reductase (NADPH) activity 分子功能 GO:0008270 zinc ion binding 分子功能 GO:0016628 oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors, NAD or NADP as acceptor 分子功能 GO:0035925 mRNA 3'-UTR AU-rich region binding 分子功能 GO:0042803 protein homodimerization activity 分子功能 GO:0070402 NADPH binding 分子功能 GO:0102523 2-chloroacrylate reductase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	ag:BAD91551 ecj:JW4011 eco:b4051 ecoc:C3026_21890 pae:PA0023 spo:2538826 stm:STM4245 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.515

排名 1 · LXL04_012070 · OH-1004

线粒体0.218

排名 2 · LXL04_012070 · OH-1004

过氧化物酶体0.173

排名 3 · LXL04_012070 · OH-1004

细胞核0.151

排名 4 · LXL04_012070 · OH-1004

细胞膜0.082

排名 5 · LXL04_012070 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08240.18ADH_N28-111 aa

PF00107.33ADH_zinc_N153-278 aa

PF13602.13ADH_zinc_N_2186-324 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_012070	`PF08240.18`	ADH_N	28	111	5.4e-13	49.8
LXL04_012070	`PF00107.33`	ADH_zinc_N	153	278	3.8e-27	95.5
LXL04_012070	`PF13602.13`	ADH_zinc_N_2	186	324	2e-20	74.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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