LXL04_012056 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_012056

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 5617762-5622159 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3516 bp · LXL04_012056|LXL04_012056|OH1004|cDNA

ATGGGAACGTTTAGACACCAACTATCTGATCATTATGCTTCTCTAATTCAAAGAACCCTAGTTAACAAAGACCCATATGCTGGGAAAGGGATTCATGGTCGTATAATCAAGTCGGGTGTTCATGTCGGTGTGTTCCTCATGAACAACCTGATGAATATGTACGCAAAAACAGGGTTTCTCGCCGATGCCAGTCAGTtattcgatgaaatgcctgttAAGAACGCATCTTCGTGGAACACGCTTATCTCTGCTTACGCAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

3516 bp · LXL04_012056|LXL04_012056|OH1004|CDS

ATGGGAACGTTTAGACACCAACTATCTGATCATTATGCTTCTCTAATTCAAAGAACCCTAGTTAACAAAGACCCATATGCTGGGAAAGGGATTCATGGTCGTATAATCAAGTCGGGTGTTCATGTCGGTGTGTTCCTCATGAACAACCTGATGAATATGTACGCAAAAACAGGGTTTCTCGCCGATGCCAGTCAGTTATTCGATGAAATGCCTGTTAAGAACGCATCTTCGTGGAACACGCTTATCTCTGCTTACGCAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1171 aa · LXL04_012056|LXL04_012056|OH1004|PROTEIN

MGTFRHQLSDHYASLIQRTLVNKDPYAGKGIHGRIIKSGVHVGVFLMNNLMNMYAKTGFLADASQLFDEMPVKNASSWNTLISAYAKQGRVDHARHLFEEMPEPDSVSWTAMMVGYNQIGRFENAIRMLTDMLSSKVIPTQYTFTIALASCAAINTLDIGKKVHSLIIRVGLSNYTSVSNSLLNMYAKSGDLLTAESIFTKMKSKTTSSWNTMISMHMQCRRFDLALSQFEKMTDRDIVTWNSMISGYNQHGFDSESLLM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_012056`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_012056

位置 Chr03:5617762-5622159 (-)

描述 Similar to PCMP-H41: Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g22070

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g22070`	含五肽重复序列的蛋白 At2g22070。	暂无已核实直接文献
`At1g25360`	含有五肽重复的蛋白 At1g25360。	暂无已核实直接文献
`At1g68930`	推测含有五肽重复序列的蛋白 At1g68930。	暂无已核实直接文献
`At4g02750`	含五肽重复序列的蛋白 At4g02750。	暂无已核实直接文献
`At5g16860`	含五基重复蛋白 At5g16860。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012056 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009451 RNA modification 生物过程

GO:0010214 seed coat development 生物过程

GO:0140547 acquisition of seed longevity 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G25360

ath:AT1G68930

ath:AT2G22070

ath:AT4G02750

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.713

排名 1 · LXL04_012056 · OH-1004

质体0.242

排名 2 · LXL04_012056 · OH-1004

细胞质0.047

排名 3 · LXL04_012056 · OH-1004

细胞核0.036

排名 4 · LXL04_012056 · OH-1004

过氧化物酶体0.015

排名 5 · LXL04_012056 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_274-102 aa

PF12854.14PPR_174-101 aa

PF01535.27PPR77-102 aa

PF13041.13PPR_2104-152 aa

PF01535.27PPR209-237 aa

PF13041.13PPR_2236-286 aa

PF01535.27PPR239-268 aa

PF13041.13PPR_2372-412 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_012056	`PF13041.13`	PPR_2	74	102	6.5e-74	244.6
LXL04_012056	`PF12854.14`	PPR_1	74	101	4.6e-41	139.0
LXL04_012056	`PF01535.27`	PPR	77	102	9.2e-72	233.1
LXL04_012056	`PF13041.13`	PPR_2	104	152	6.5e-74	244.6
LXL04_012056	`PF01535.27`	PPR	209	237	9.2e-72	233.1
LXL04_012056	`PF13041.13`	PPR_2	236	286	6.5e-74	244.6
LXL04_012056	`PF01535.27`	PPR	239	268	9.2e-72	233.1
LXL04_012056	`PF13041.13`	PPR_2	372	412	6.5e-74	244.6
LXL04_012056	`PF01535.27`	PPR	375	404	9.2e-72	233.1
LXL04_012056	`PF29070.1`	MSC6_N	379	467	2.2e-16	60.7
LXL04_012056	`PF13041.13`	PPR_2	475	522	6.5e-74	244.6
LXL04_012056	`PF01535.27`	PPR	477	507	9.2e-72	233.1
LXL04_012056	`PF20431.5`	E_motif	592	654	1.2e-19	71.0
LXL04_012056	`PF14432.13`	DYW_deaminase	690	771	4.3e-31	107.3
LXL04_012056	`PF08240.18`	ADH_N	870	952	2.6e-14	54.0
LXL04_012056	`PF00107.33`	ADH_zinc_N	994	1122	7.8e-25	88.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SHZ8`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g22070	59.067%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FRI5`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g25360	36.340%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9CAA8`	拟南芥	Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g68930	37.008%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SY02`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g02750	36.277%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LFL5`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g16860	36.074%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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