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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_011997
当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 4435083-4436507 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1425 bp · LXL04_011997|LXL04_011997|OH1004|cDNA

ATGGATCAAATTTCCAACTCTCTTCTCCACAAATCCATTCCGCAAAATCTATCAACTTCTTTCAAGATCATGTTATTGATCCTCCTTAGTTTACTCGCGTCTCTTTTTCTAATTAAAAACCAAGAAGCTAACTTTTTAGCGCTTTTTGGTATTCTAATTTTCGTTATTTCTAAAACTTATCTTTTATCATCGTCTCCATCGATCTACCTTGTTGATTACTCTTGCTTAAAGCCACCAAATTTCTGGAGAGTACCCTTTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1425 bp · LXL04_011997|LXL04_011997|OH1004|CDS

ATGGATCAAATTTCCAACTCTCTTCTCCACAAATCCATTCCGCAAAATCTATCAACTTCTTTCAAGATCATGTTATTGATCCTCCTTAGTTTACTCGCGTCTCTTTTTCTAATTAAAAACCAAGAAGCTAACTTTTTAGCGCTTTTTGGTATTCTAATTTTCGTTATTTCTAAAACTTATCTTTTATCATCGTCTCCATCGATCTACCTTGTTGATTACTCTTGCTTAAAGCCACCAAATTTCTGGAGAGTACCCTTTTC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

474 aa · LXL04_011997|LXL04_011997|OH1004|PROTEIN

MDQISNSLLHKSIPQNLSTSFKIMLLILLSLLASLFLIKNQEANFLALFGILIFVISKTYLLSSSPSIYLVDYSCLKPPNFWRVPFSSFLEHSRIVHSLDQESVDFMSKVLASSGQSQNTCIPPPLHYIPPRSSNDDAINEAQMVLLPVFEDLLSKTQLSPLDIDIIIVNCSGFCPNPSLSSIIVNRYSMREDIKSFNISGMGCSASALAVDMAHNLLKVHKNSNAVILSTEILSNGWYAGKERSMMILNCLFRSGSAAV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_011997
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_011997
位置Chr03:4435083-4436507 (-)
描述Similar to KCS5: 3-ketoacyl-CoA synthase 5
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g25450 主要介导含26至30个碳原子的超长链脂肪酸（VLCFA）的合成。
Specific and differential inhibition of very-long-chain fatty acid elongases from Arabidopsis thaliana by different herbicides.2004 · DOI: 10.1073/pnas.0404600101
At1g68530 有助于角质层蜡和木栓质的生物合成。
CUT1, an Arabidopsis gene required for cuticular wax biosynthesis and pollen fertility, encodes a very-long-chain fatty acid condensing enzyme.1999 · DOI: 10.1105/tpc.11.5.825
Alterations in CER6, a gene identical to CUT1, differentially affect long-chain lipid content on the surface of pollen and stems.2000 · DOI: 10.1105/tpc.12.10.2001
At1g19440 3-酮酰辅酶A合成酶 4。 暂无已核实直接文献
At2g16280 参与C22至C24脂肪酸的延长；这些脂肪酸是角质层蜡、脂肪族木栓质及包括鞘脂和磷脂在内的膜脂的生物合成前体。
Arabidopsis 3-ketoacyl-coenzyme a synthase9 is involved in the synthesis of tetracosanoic acids as precursors of cuticular waxes, suberins, sphingolipids, and phospholipids.2013 · DOI: 10.1104/pp.112.210450
At4g34510 对 C22 以下的饱和酰基 CoAs 具有活性。
Substrate specificity of Arabidopsis 3-ketoacyl-CoA synthases.2006 · DOI: 10.1016/j.bbrc.2006.05.162

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011997 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000038 very long-chain fatty acid metabolic process 生物过程
GO:0006633 fatty acid biosynthetic process 生物过程
GO:0009409 response to cold 生物过程
GO:0009416 response to light stimulus 生物过程
GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程
GO:0010025 wax biosynthetic process 生物过程
GO:0030497 fatty acid elongation 生物过程
GO:0048868 pollen tube development 生物过程
GO:0160062 cutin-based cuticle development 生物过程
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G19440
ath:AT1G25450
ath:AT1G68530
ath:AT2G16280
ath:AT4G34510
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.798
排名 1 · LXL04_011997 · OH-1004
细胞核0.058
排名 2 · LXL04_011997 · OH-1004
细胞质0.049
排名 3 · LXL04_011997 · OH-1004
线粒体0.045
排名 4 · LXL04_011997 · OH-1004
细胞膜0.041
排名 5 · LXL04_011997 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08392.19FAE1_CUT1_RppA66-349 aa
PF08541.17ACP_syn_III_C365-446 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_011997PF08392.19FAE1_CUT1_RppA663491.5e-105353.4
LXL04_011997PF08541.17ACP_syn_III_C3654461.3e-0835.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9C6L5拟南芥3-ketoacyl-CoA synthase 548.926%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9XF43拟南芥3-ketoacyl-CoA synthase 647.494%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9LN49拟南芥3-ketoacyl-CoA synthase 444.048%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9SIX1拟南芥3-ketoacyl-CoA synthase 941.425%Swiss-Prot中等数据库同源证据
O65677拟南芥3-ketoacyl-CoA synthase 1741.978%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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