LXL04_011966 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_011966

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 3760684-3762396 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1713 bp · LXL04_011966|LXL04_011966|OH1004|cDNA

ATGGAGAAATTGGTATTCGTTAAAGAGCTCCACGCTCGGCTGATTAAAACCCATCTCGACACTGACCCATCAGCGATACTTCCTGTAATCCGGTCGTATTCTCTTCGGCCAAACAATCTGCACAGAACCCTTTTTGTATTTGACCAAATTGAACGACCCACCTTATTTATTTGGAACATTGTGATCCGATGCTTCTCGCAGAGCGATCGTCCTGTTTTTGCACTCCatttgtttgatgaaatgcgCGACCAAGGCTTGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1713 bp · LXL04_011966|LXL04_011966|OH1004|CDS

ATGGAGAAATTGGTATTCGTTAAAGAGCTCCACGCTCGGCTGATTAAAACCCATCTCGACACTGACCCATCAGCGATACTTCCTGTAATCCGGTCGTATTCTCTTCGGCCAAACAATCTGCACAGAACCCTTTTTGTATTTGACCAAATTGAACGACCCACCTTATTTATTTGGAACATTGTGATCCGATGCTTCTCGCAGAGCGATCGTCCTGTTTTTGCACTCCATTTGTTTGATGAAATGCGCGACCAAGGCTTGAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

570 aa · LXL04_011966|LXL04_011966|OH1004|PROTEIN

MEKLVFVKELHARLIKTHLDTDPSAILPVIRSYSLRPNNLHRTLFVFDQIERPTLFIWNIVIRCFSQSDRPVFALHLFDEMRDQGLIGNNLTSIFVLKACGRVQDASFGGKIHTHSIKMGFGSYLYVSNSLIHMYASCGQLGCAKRVFDEMPERDLVSWNSIICGYSQLNRYKEVLHLFNLLQEADLVPDSVTMVKVILACINIGDKSIGLSMANYIKENNIEIDVYLGNTLIDMHGRHGSMDLAREVFDQMEERNMVSW...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_011966`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_011966

位置 Chr03:3760684-3762396 (-)

描述 Similar to PCMP-E28: Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g22410, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g22410`	含五肽重复序列蛋白At2g22410，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At2g29760`	参与叶绿体中的RNA编辑事件。	A study of new Arabidopsis chloroplast RNA editing mutants reveals general features of editing factors and their target sites.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.071472
`At3g15930`	推定的含五聚肽重复的蛋白 At3g15930。	暂无已核实直接文献
`At2g13600`	含五螺旋肽重复的蛋白 At2g13600。	暂无已核实直接文献
`At4g14820`	含五重复肽的蛋白 At4g14820。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011966 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009451 RNA modification 生物过程

GO:0010182 sugar mediated signaling pathway 生物过程

GO:0016556 mRNA modification 生物过程

GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程

GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G13600

ath:AT2G22410

ath:AT2G29760

ath:AT3G15930

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.608

排名 1 · LXL04_011966 · OH-1004

质体0.212

排名 2 · LXL04_011966 · OH-1004

细胞核0.052

排名 3 · LXL04_011966 · OH-1004

细胞质0.035

排名 4 · LXL04_011966 · OH-1004

过氧化物酶体0.006

排名 5 · LXL04_011966 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_253-101 aa

PF01535.27PPR57-86 aa

PF01535.27PPR129-155 aa

PF13041.13PPR_2155-201 aa

PF01535.27PPR157-185 aa

PF12854.14PPR_1223-253 aa

PF13041.13PPR_2226-257 aa

PF01535.27PPR230-256 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_011966	`PF13041.13`	PPR_2	53	101	6.8e-70	231.7
LXL04_011966	`PF01535.27`	PPR	57	86	4.3e-71	231.0
LXL04_011966	`PF01535.27`	PPR	129	155	4.3e-71	231.0
LXL04_011966	`PF13041.13`	PPR_2	155	201	6.8e-70	231.7
LXL04_011966	`PF01535.27`	PPR	157	185	4.3e-71	231.0
LXL04_011966	`PF12854.14`	PPR_1	223	253	3.5e-48	161.7
LXL04_011966	`PF13041.13`	PPR_2	226	257	6.8e-70	231.7
LXL04_011966	`PF01535.27`	PPR	230	256	4.3e-71	231.0
LXL04_011966	`PF12854.14`	PPR_1	255	283	3.5e-48	161.7
LXL04_011966	`PF13041.13`	PPR_2	256	288	6.8e-70	231.7
LXL04_011966	`PF01535.27`	PPR	258	287	4.3e-71	231.0
LXL04_011966	`PF17177.11`	PPR_long	265	386	2.2e-13	50.8
LXL04_011966	`PF13041.13`	PPR_2	286	335	6.8e-70	231.7
LXL04_011966	`PF01535.27`	PPR	289	315	4.3e-71	231.0
LXL04_011966	`PF29070.1`	MSC6_N	292	382	6.5e-16	59.1
LXL04_011966	`PF23276.3`	TPR_24	323	388	4.7e-22	79.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SJZ3`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g22410, mitochondrial	39.469%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O82380`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g29760, chloroplastic	37.255%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LSB8`	拟南芥	Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g15930	37.500%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SIT7`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g13600	36.895%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O23337`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g14820	35.201%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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