LXL04_011844 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_011844

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 1374664-1382757 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4554 bp · LXL04_011844|LXL04_011844|OH1004|cDNA

ATGAAGTTCTCCGGAATTGTCGGCAATCACCGCCATCTCTACCGTCTCCAGAAGTCTTTAATTGCTGCTGGTAGCAGGAAACTTCAAAATGATTTAGGGATTAAGCGTAACTTGTCAGGATTGATCTCGGAAGAAGAGTCAGAACTTAAAGAATTTAATAATTATCTGGATAATCTGAAGAACCATGAAAAATCTGGTGTTCCAAAGGGCGCTGGAACCGACTCAGATGATGGTTTTGATCTTGGAAGAATGAAACGACT...

CDS

下载 CDS FASTA

4554 bp · LXL04_011844|LXL04_011844|OH1004|CDS

ATGAAGTTCTCCGGAATTGTCGGCAATCACCGCCATCTCTACCGTCTCCAGAAGTCTTTAATTGCTGCTGGTAGCAGGAAACTTCAAAATGATTTAGGGATTAAGCGTAACTTGTCAGGATTGATCTCGGAAGAAGAGTCAGAACTTAAAGAATTTAATAATTATCTGGATAATCTGAAGAACCATGAAAAATCTGGTGTTCCAAAGGGCGCTGGAACCGACTCAGATGATGGTTTTGATCTTGGAAGAATGAAACGACT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1517 aa · LXL04_011844|LXL04_011844|OH1004|PROTEIN

MKFSGIVGNHRHLYRLQKSLIAAGSRKLQNDLGIKRNLSGLISEEESELKEFNNYLDNLKNHEKSGVPKGAGTDSDDGFDLGRMKRLMQLLGNPHSTFKAVHIAGTKGKGSTAAFLSNILRAEGYSVGCYTSPHIKTIRERITLGRFGDPVSAKTVNSLFQRIKLVLDEAVQLEKGHLSHFEVLTAVAFNLFAEENVDIAVVEAGLGGARDATNIISSSNLAASIITTIGEEHLAALGGSLETITIAKSGIIKHGRPVVL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_011844`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_011844

位置 Chr03:1374664-1382757 (-)

描述 Similar to DHFS: Dihydrofolate synthetase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g41480`	将叶酸转化为聚谷氨酸衍生物，包括四氢叶酸。	Tetrahydrofolate biosynthesis in plants: molecular and functional characterization of dihydrofolate synthetase and three isoforms of folylpolyglutamate synthetase in Arabidopsis thaliana.2001 · DOI: 10.1073/pnas.261585098 The GLOBULAR ARREST1 gene, which is involved in the biosynthesis of folates, is essential for embryogenesis in Arabidopsis thaliana.2003 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01621.x
`At4g02960`	转座子RE2来源的逆转录病毒相关Pol多蛋白。	暂无已核实直接文献
`UniProt: Q94HW2`	来自转座子 RE1 的逆转录病毒相关 Pol 多蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011844 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0006730 one-carbon metabolic process 生物过程

GO:0009396 folic acid-containing compound biosynthetic process 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0015074 DNA integration 生物过程

GO:0046654 tetrahydrofolate biosynthetic process 生物过程

GO:0071897 DNA biosynthetic process 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005759 mitochondrial matrix 细胞组分

GO:0042575 DNA polymerase complex 细胞组分

GO:0003676 nucleic acid binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G41480

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.331

排名 1 · LXL04_011844 · OH-1004

线粒体0.292

排名 2 · LXL04_011844 · OH-1004

细胞核0.178

排名 3 · LXL04_011844 · OH-1004

过氧化物酶体0.126

排名 4 · LXL04_011844 · OH-1004

质体0.103

排名 5 · LXL04_011844 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08245.19Mur_ligase_M103-348 aa

PF27239.2FOL3_C392-445 aa

PF14223.15Retrotran_gag_2557-691 aa

PF00665.33rve776-857 aa

PF25597.2SH3_retrovirus930-994 aa

PF07727.20RVT_21134-1291 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_011844	`PF08245.19`	Mur_ligase_M	103	348	1.3e-09	39.0
LXL04_011844	`PF27239.2`	FOL3_C	392	445	6.3e-07	30.3
LXL04_011844	`PF14223.15`	Retrotran_gag_2	557	691	2.4e-22	80.2
LXL04_011844	`PF00665.33`	rve	776	857	1.1e-09	39.2
LXL04_011844	`PF25597.2`	SH3_retrovirus	930	994	3.2e-15	56.4
LXL04_011844	`PF07727.20`	RVT_2	1134	1291	1e-50	173.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4JYE9`	拟南芥	Dihydrofolate synthetase	66.071%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9ZT94`	拟南芥	Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon RE2	32.220%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q94HW2`	拟南芥	Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon RE1	31.873%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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