LXL04_011821 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_011821

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 874823-876398 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1194 bp · LXL04_011821|LXL04_011821|OH1004|cDNA

ATGGCAGTACATGGGAAGCTGTTAAATGTACAAGTTCCTTCACCAACCAACTATGGTGGTCAGAATGGGTCAGCATCACCTAATGTTGGTAAGGCCATGGATGCATTCTCTCAGGCAGAATCACTTGTCTCTTCTTCAAAGAAACTTGAGAATGAAGTGGTATTGCTAGGACAGAATATAAAAGATCATGAAGAAAACATTGAATATCTAAAGACTCGTATAAGCAGCTTGGATGACCAGATTACAGATATTCAAGTAAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1194 bp · LXL04_011821|LXL04_011821|OH1004|CDS

ATGGCAGTACATGGGAAGCTGTTAAATGTACAAGTTCCTTCACCAACCAACTATGGTGGTCAGAATGGGTCAGCATCACCTAATGTTGGTAAGGCCATGGATGCATTCTCTCAGGCAGAATCACTTGTCTCTTCTTCAAAGAAACTTGAGAATGAAGTGGTATTGCTAGGACAGAATATAAAAGATCATGAAGAAAACATTGAATATCTAAAGACTCGTATAAGCAGCTTGGATGACCAGATTACAGATATTCAAGTAAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

397 aa · LXL04_011821|LXL04_011821|OH1004|PROTEIN

MAVHGKLLNVQVPSPTNYGGQNGSASPNVGKAMDAFSQAESLVSSSKKLENEVVLLGQNIKDHEENIEYLKTRISSLDDQITDIQVTLGKSQSSNSSTHTTLTEDKDLSQHIIQQHQKSAGAIVSKLKSHEDPTCIKDVLGVVATLGKLYDDNLSRIVSEYLGLDTMLALVCMTYDGVKALETYFGLYGIERRLEVICLENMRPYVGEVMGDDPQRRLALVKPKLPNGKSPLGFLGFAVNMIHIDIPHLLPSTSNGYGLR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_011821`
TK1151 ID	TkA02G610360
OH-1004 ID	LXL04_011821
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.267 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_011821

位置 Chr03:874823-876398 (+)

描述 Similar to DMS3: Protein DEFECTIVE IN MERISTEM SILENCING 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g49250`	RNA 引导的 DNA 甲基化机制的组成部分，可能通过促进涉及次级 siRNA 的 RNAi 介导的表观遗传修饰和 DNA 甲基化的扩散，从而导致基因沉默。	A structural-maintenance-of-chromosomes hinge domain-containing protein is required for RNA-directed DNA methylation.2008 · DOI: 10.1038/ng.119 RNA polymerase V transcription guides ARGONAUTE4 to chromatin.2009 · DOI: 10.1038/ng.365 IDN1 and IDN2 are required for de novo DNA methylation in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1038/nsmb.1690 RNA polymerase V-dependent small RNAs in Arabidopsis originate from small, intergenic loci including most SINE repeats.2012 · DOI: 10.4161/epi.20290
`At5g24280`	通过体细胞同源重组促进 DNA 双链断裂 (DSB) 修复。	GMI1, a structural-maintenance-of-chromosomes-hinge domain-containing protein, is involved in somatic homologous recombination in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04604.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011821 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0031047 regulatory ncRNA-mediated gene silencing 生物过程

GO:0080188 gene silencing by siRNA-directed DNA methylation 生物过程

GO:0000419 RNA polymerase V complex 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0042803 protein homodimerization activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G49250

ath:AT5G24280

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.743

排名 1 · LXL04_011821 · OH-1004

细胞质0.324

排名 2 · LXL04_011821 · OH-1004

线粒体0.031

排名 3 · LXL04_011821 · OH-1004

细胞膜0.029

排名 4 · LXL04_011821 · OH-1004

内质网0.020

排名 5 · LXL04_011821 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

没有找到该查询的结果。

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94A79`	拟南芥	Protein DEFECTIVE IN MERISTEM SILENCING 3	45.844%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`F4KFS5`	拟南芥	Structural maintenance of chromosomes flexible hinge domain-containing protein GMI1	36.782%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情