LXL04_011801 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_011801

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 646578-651405 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2067 bp · LXL04_011801|LXL04_011801|OH1004|cDNA

ATGGTGGCGATAGGGACGATACCAGAGACGATAAAGGCGAAAAGTGATAGAGATCATTGGGTAAGAGTAAGGGATTGGAAGGCCGGTCGTGAGATGCTACATATAGGGGAAAGAGGTGAGAACGGCGACTCCTCCGCTGCCGACGCCTCCGCTGCCGACGTCTCCGCTATCGTCGCACCACAGCAGCTAGCTTGCACCACCGCTATCGTCGCACCACAGCAGCAATCGTCGCACACTCGCACCACTGATCGAACAGTGGG...

CDS

下载 CDS FASTA

2067 bp · LXL04_011801|LXL04_011801|OH1004|CDS

ATGGTGGCGATAGGGACGATACCAGAGACGATAAAGGCGAAAAGTGATAGAGATCATTGGGTAAGAGTAAGGGATTGGAAGGCCGGTCGTGAGATGCTACATATAGGGGAAAGAGGTGAGAACGGCGACTCCTCCGCTGCCGACGCCTCCGCTGCCGACGTCTCCGCTATCGTCGCACCACAGCAGCTAGCTTGCACCACCGCTATCGTCGCACCACAGCAGCAATCGTCGCACACTCGCACCACTGATCGAACAGTGGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

688 aa · LXL04_011801|LXL04_011801|OH1004|PROTEIN

MVAIGTIPETIKAKSDRDHWVRVRDWKAGREMLHIGERGENGDSSAADASAADVSAIVAPQQLACTTAIVAPQQQSSHTRTTDRTVGLAELTLLTIHRVRMESANIRDVLTSFSPSLDFLAISSGDGRIKIWDTIKGHVQTDFANIVSTDETDFFAKPEGGHLSVDYTCMKWLSLEKKKKRKLRSSLLVLGTGGGDVLALDVSAGQLKWRVSDCHPGGVTALSFPTNGSGIMFTAGVDGMMCELDSLTGNLLGKFKASTK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_011801`
TK1151 ID	TkA02G614690
OH-1004 ID	LXL04_011801
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 99.564 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_011801`
位置	Chr03:646578-651405 (+)
描述	Similar to Wdr43: WD repeat-containing protein 43
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_011801` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000462 maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程 GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006508 proteolysis 生物过程 GO:0007017 microtubule-based process 生物过程 GO:0030490 maturation of SSU-rRNA 生物过程 GO:0034243 regulation of transcription elongation by RNA polymerase II 生物过程 GO:0042274 ribosomal small subunit biogenesis 生物过程 GO:0045943 positive regulation of transcription by RNA polymerase I 生物过程 GO:0048871 multicellular organismal-level homeostasis 生物过程 GO:0060271 cilium assembly 生物过程 GO:2000036 regulation of stem cell population maintenance 生物过程 GO:2000234 positive regulation of rRNA processing 生物过程
KEGG 基因交叉引用	ana:all2124 hsa:23160 mmu:72515 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.837

排名 1 · LXL04_011801 · OH-1004

细胞质0.161

排名 2 · LXL04_011801 · OH-1004

细胞膜0.052

排名 3 · LXL04_011801 · OH-1004

内质网0.038

排名 4 · LXL04_011801 · OH-1004

高尔基体0.028

排名 5 · LXL04_011801 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24807.2WD40_CDC20-Fz184-333 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC3185-283 aa

PF13570.14Beta-prop_ACSF4185-402 aa

PF24796.2WDR55186-337 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st193-330 aa

PF23414.2Beta-prop_EML_2201-335 aa

PF24814.2WD40_Prp19211-333 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR5214-384 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_011801	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	184	333	1.1e-13	51.9
LXL04_011801	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	185	283	5.1e-16	59.2
LXL04_011801	`PF13570.14`	Beta-prop_ACSF4	185	402	1.6e-06	28.4
LXL04_011801	`PF24796.2`	WDR55	186	337	5.2e-08	33.0
LXL04_011801	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	193	330	1.1e-14	55.2
LXL04_011801	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	201	335	1.1e-14	55.2
LXL04_011801	`PF24814.2`	WD40_Prp19	211	333	1.5e-17	64.3
LXL04_011801	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	214	384	2.3e-18	67.2
LXL04_011801	`PF24805.2`	EIF3I	218	318	8e-07	29.2
LXL04_011801	`PF23393.3`	Beta-prop_WDR90_POC16_2nd	241	317	5.9e-08	33.0
LXL04_011801	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	248	330	4.4e-14	53.3
LXL04_011801	`PF25171.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	248	333	3.7e-11	43.7
LXL04_011801	`PF24780.2`	WD40_MABP1-WDR62_1st	255	330	4e-07	30.3
LXL04_011801	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	258	338	1e-12	48.5
LXL04_011801	`PF24782.3`	WD40_MABP1-WDR62_2nd	258	331	5.7e-07	29.5
LXL04_011801	`PF23342.2`	WDR90_beta-prop_4th	263	330	1e-06	28.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

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