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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_011604
当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 168044832-168046443 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1260 bp · LXL04_011604|LXL04_011604|OH1004|cDNA

ATGGGAGGCACCGATCAAGTTCGCGGCACCAGACGTTCGCCGGCAGCAACCAACGGCGGCGTTGTAATCACCAGAAACCTAGACTCAGATGCCGTCATCAATCTAGACCATGGGGATCCGACGATGTACGAGTCTTTTTGGAGAAAAATGGGGGACAAGTGTACGGTTGTGTTTAAAGGGCATGAATCTTTAAGTTACTTTTCAAACGTCAAGAACCCTTGTTGGTTTCTTGAACCGAAACTTGAAGACTCGATCAAGAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1260 bp · LXL04_011604|LXL04_011604|OH1004|CDS

ATGGGAGGCACCGATCAAGTTCGCGGCACCAGACGTTCGCCGGCAGCAACCAACGGCGGCGTTGTAATCACCAGAAACCTAGACTCAGATGCCGTCATCAATCTAGACCATGGGGATCCGACGATGTACGAGTCTTTTTGGAGAAAAATGGGGGACAAGTGTACGGTTGTGTTTAAAGGGCATGAATCTTTAAGTTACTTTTCAAACGTCAAGAACCCTTGTTGGTTTCTTGAACCGAAACTTGAAGACTCGATCAAGAG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

419 aa · LXL04_011604|LXL04_011604|OH1004|PROTEIN

MGGTDQVRGTRRSPAATNGGVVITRNLDSDAVINLDHGDPTMYESFWRKMGDKCTVVFKGHESLSYFSNVKNPCWFLEPKLEDSIKSLHGAVGNAVTDGYSIVVGTGSSQLLQAVLYAVSRDQTTQMNVVSPAPYYSSYPEIIDLVKSGLYKWAGDAYVFDKDEPYIELVTSPNNPNGVIRGAVVNRDDGILIHDLAYYWPQYTPITSSLSFDIMLFTASKCTGHAGSRIGWALVKDKEVAKRMTKYIEVNTIGVSKESQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_011604
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_011604
位置Chr02:168044832-168046443 (+)
描述Similar to TAA1: L-tryptophan--pyruvate aminotransferase 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g70560 L-色氨酸转氨酶参与生长素 生物合成。
Rapid synthesis of auxin via a new tryptophan-dependent pathway is required for shade avoidance in plants.2008 · DOI: 10.1016/j.cell.2008.01.049
TAA1-mediated auxin biosynthesis is essential for hormone crosstalk and plant development.2008 · DOI: 10.1016/j.cell.2008.01.047
At4g24670 参与生长素的产生。 暂无已核实直接文献
At1g23320 可能参与生长素的产生。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os05g0169300 可能的色氨酸氨基转移酶，可能参与调节发育中稻米籽粒的生长素生成。
A large increase in IAA during development of rice grains correlates with the expression of tryptophan aminotransferase OsTAR1 and a grain-specific YUCCA.2012 · DOI: 10.1111/j.1399-3054.2012.01649.x
Os01g0169800 可能的色氨酸氨基转移酶，参与生长素（IAA）生物合成。
The YUCCA-Auxin-WOX11 Module Controls Crown Root Development in Rice.2018 · DOI: 10.3389/fpls.2018.00523
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011604 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006520 amino acid metabolic process 生物过程
GO:0009641 shade avoidance 生物过程
GO:0009684 indoleacetic acid biosynthetic process 生物过程
GO:0009723 response to ethylene 生物过程
GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程
GO:0009851 auxin biosynthetic process 生物过程
GO:0009908 flower development 生物过程
GO:0009926 auxin polar transport 生物过程
GO:0009958 positive gravitropism 生物过程
GO:0010078 maintenance of root meristem identity 生物过程
GO:0010087 phloem or xylem histogenesis 生物过程
GO:0010588 cotyledon vascular tissue pattern formation 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G23320
ath:AT1G70560
ath:AT4G24670
dosa:Os01g0169800
dosa:Os05g0169300
osa:4337930
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.485
排名 1 · LXL04_011604 · OH-1004
细胞核0.300
排名 2 · LXL04_011604 · OH-1004
内质网0.101
排名 3 · LXL04_011604 · OH-1004
细胞膜0.078
排名 4 · LXL04_011604 · OH-1004
溶酶体／液泡0.057
排名 5 · LXL04_011604 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04864.20Alliinase_C33-390 aa
PF00155.28Aminotran_1_278-387 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_011604PF04864.20Alliinase_C333902.9e-143477.9
LXL04_011604PF00155.28Aminotran_1_2783871.7e-1144.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9S7N2拟南芥L-tryptophan--pyruvate aminotransferase 157.641%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q94A02拟南芥Tryptophan aminotransferase-related protein 256.486%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9LR29拟南芥Tryptophan aminotransferase-related protein 153.533%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q0DKE8水稻Tryptophan aminotransferase-related protein 154.472%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q5VQG8水稻Tryptophan aminotransferase-related protein 251.515%Swiss-Prot强数据库同源证据

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