LXL04_011577 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_011577

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 167540414-167541454 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1041 bp · LXL04_011577|LXL04_011577|OH1004|cDNA

ATGTACAACTTATACCCGCACAATGTACAACTCATTAAAGAATGGAATAGATTTGCTTATTTTCGTGACTTCTTTATAGCTGCTGTACCTATCGGGATCTGCTACGGCCGTGTAGCCAATAACCTTCCGACGCCATCCGCCGCTGTGAATCTCATCAAAACCAACGGTATCTCAAGCATCCGACTATTCAACCCTGACCCGGAGTCACTAAAGCCGTTTTCCGGCACCGGAATCAACCTCACTGTCGGAGTCCCCAACGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1041 bp · LXL04_011577|LXL04_011577|OH1004|CDS

ATGTACAACTTATACCCGCACAATGTACAACTCATTAAAGAATGGAATAGATTTGCTTATTTTCGTGACTTCTTTATAGCTGCTGTACCTATCGGGATCTGCTACGGCCGTGTAGCCAATAACCTTCCGACGCCATCCGCCGCTGTGAATCTCATCAAAACCAACGGTATCTCAAGCATCCGACTATTCAACCCTGACCCGGAGTCACTAAAGCCGTTTTCCGGCACCGGAATCAACCTCACTGTCGGAGTCCCCAACGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

346 aa · LXL04_011577|LXL04_011577|OH1004|PROTEIN

MYNLYPHNVQLIKEWNRFAYFRDFFIAAVPIGICYGRVANNLPTPSAAVNLIKTNGISSIRLFNPDPESLKPFSGTGINLTVGVPNEELPSIATSTAAAAQDWLQSNIFAHVPADQIRYIVVGNEVFLKDPFYTPHVIPAIANIYEALKSIGLSEKIKISSAQAASILSNSYPPSSSYFDPNILPELNRLLQFLRDTSSPLMVNVYPYLSYINNPQFVSLDSALFRPGSSLNDQDLVYDNLFDQTVDAFIYAMEREGYGE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_011577`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_011577

位置 Chr02:167540414-167541454 (-)

描述 Similar to GGL4: Glucan endo-1,3-beta-glucosidase, acidic isoform GL153

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g16260`	可能参与植物对胞囊线虫病原体的防御。	The interaction of the novel 30C02 cyst nematode effector protein with a plant β-1,3-endoglucanase may suppress host defence to promote parasitism.2012 · DOI: 10.1093/jxb/ers058

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011577 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002215 defense response to nematode 生物过程

GO:0005975 carbohydrate metabolic process 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0099503 secretory vesicle 细胞组分

GO:0042973 glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G16260

nta:107763655

nta:107789548

nta:107825406

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.313

排名 1 · LXL04_011577 · OH-1004

细胞质0.196

排名 2 · LXL04_011577 · OH-1004

溶酶体／液泡0.140

排名 3 · LXL04_011577 · OH-1004

内质网0.117

排名 4 · LXL04_011577 · OH-1004

细胞膜0.069

排名 5 · LXL04_011577 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00332.25Glyco_hydro_1731-345 aa

PF29664.1BtgE-BtgC_glyc-hydro47-164 aa

PF29664.1BtgE-BtgC_glyc-hydro257-331 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_011577	`PF00332.25`	Glyco_hydro_17	31	345	2e-86	291.1
LXL04_011577	`PF29664.1`	BtgE-BtgC_glyc-hydro	47	164	2.3e-15	57.2
LXL04_011577	`PF29664.1`	BtgE-BtgC_glyc-hydro	257	331	2.3e-15	57.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8VZJ2`	拟南芥	Probable glucan endo-1,3-beta-glucosidase At4g16260	41.776%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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