LXL04_011415 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_011415

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 163963943-163967122 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1278 bp · LXL04_011415|LXL04_011415|OH1004|cDNA

ATGCAGACAAGGAAAGTAGAAATCAAACCTGTCAAAGGGGTACCGGAACTGGTCGCCGGTCGTCGGTCGTCGAAGAAAGGAAGCGAGATAGAAACGTGGTCGGTCGTCGCCTGcccaaaacccggacggaatgggaaaaactCGGACGGAATGAGACCGGATGGAAAAATCAGAACCCGGATagaatgggaaaaacccggacgaaatTGTTTAAACCCGGATGAGCTTCTAAAACCTCGAAATGGGCCTGACCAAAACCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1278 bp · LXL04_011415|LXL04_011415|OH1004|CDS

ATGCAGACAAGGAAAGTAGAAATCAAACCTGTCAAAGGGGTACCGGAACTGGTCGCCGGTCGTCGGTCGTCGAAGAAAGGAAGCGAGATAGAAACGTGGTCGGTCGTCGCCTGCCCAAAACCCGGACGGAATGGGAAAAACTCGGACGGAATGAGACCGGATGGAAAAATCAGAACCCGGATAGAATGGGAAAAACCCGGACGAAATTGTTTAAACCCGGATGAGCTTCTAAAACCTCGAAATGGGCCTGACCAAAACCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

425 aa · LXL04_011415|LXL04_011415|OH1004|PROTEIN

MQTRKVEIKPVKGVPELVAGRRSSKKGSEIETWSVVACPKPGRNGKNSDGMRPDGKIRTRIEWEKPGRNCLNPDELLKPRNGPDQNPDRNFYPVKMVCLRVHAAVSLVILLHFLFNVAVDCKTLKRDVKALNEIKASLGWRVVYAWVGDDPCGDGDLPAWSGVTCSTQGDYRVVTELEVYAVSIIGPFPTAVTNLLDLTRLDLHNNKLTGPIPPQIGRLKRLKVLNLRWNKLQDVIPPEIGELKKLTHLYLSFNSFKGEI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_011415`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_011415

位置 Chr02:163963943-163967122 (+)

描述 Similar to RLP35: Receptor-like protein 35

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g11080`	类受体蛋白 35。	暂无已核实直接文献
`At4g20140`	与GSO2共同参与胚胎和子叶表皮表面发育所需的受体样丝氨酸／苏氨酸激酶。	GASSHO1 and GASSHO2 encoding a putative leucine-rich repeat transmembrane-type receptor kinase are essential for the normal development of the epidermal surface in Arabidopsis embryos.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03395.x The receptor-like kinases GSO1 and GSO2 together regulate root growth in Arabidopsis through control of cell division and cell fate specification.2014 · DOI: 10.1002/dvdy.24066 A peptide hormone required for Casparian strip diffusion barrier formation in Arabidopsis roots.2017 · DOI: 10.1126/science.aai9057
`At1g35710`	可能的富含亮氨酸重复的受体样蛋白激酶 At1g35710。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0917500`	类受体激酶，在限制进入雄性和雌性孢子发生的细胞数量方面发挥重要作用。	The MSP1 gene is necessary to restrict the number of cells entering into male and female sporogenesis and to initiate anther wall formation in rice.2003 · DOI: 10.1105/tpc.012401
`Os04g0576900`	在器官发育的早期阶段通过调节细胞分裂速率发挥功能。	XIAO is involved in the control of organ size by contributing to the regulation of signaling and homeostasis of brassinosteroids and cell cycling in rice.2012 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04877.x

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011415 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G11080

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.387

排名 1 · LXL04_011415 · OH-1004

细胞外0.168

排名 2 · LXL04_011415 · OH-1004

细胞质0.140

排名 3 · LXL04_011415 · OH-1004

内质网0.129

排名 4 · LXL04_011415 · OH-1004

细胞核0.105

排名 5 · LXL04_011415 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13855.13LRR_8189-232 aa

PF23598.2LRR_14192-300 aa

PF13855.13LRR_8198-255 aa

PF12799.14LRR_4198-234 aa

PF12799.14LRR_4244-284 aa

PF13855.13LRR_8265-304 aa

PF12799.14LRR_4270-311 aa

PF13855.13LRR_8320-379 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_011415	`PF13855.13`	LRR_8	189	232	4.6e-32	110.3
LXL04_011415	`PF23598.2`	LRR_14	192	300	1.4e-16	60.9
LXL04_011415	`PF13855.13`	LRR_8	198	255	4.6e-32	110.3
LXL04_011415	`PF12799.14`	LRR_4	198	234	5.3e-30	103.5
LXL04_011415	`PF12799.14`	LRR_4	244	284	5.3e-30	103.5
LXL04_011415	`PF13855.13`	LRR_8	265	304	4.6e-32	110.3
LXL04_011415	`PF12799.14`	LRR_4	270	311	5.3e-30	103.5
LXL04_011415	`PF13855.13`	LRR_8	320	379	4.6e-32	110.3
LXL04_011415	`PF12799.14`	LRR_4	321	354	5.3e-30	103.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SRL7`	拟南芥	Receptor-like protein 35	36.042%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`C0LGQ5`	拟南芥	LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase GSO1	34.853%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LP24`	拟南芥	Probable leucine-rich repeat receptor-like protein kinase At1g35710	35.088%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8RZV7`	水稻	Leucine-rich repeat receptor protein kinase MSP1	32.673%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`G9LZD7`	水稻	Probable inactive leucine-rich repeat receptor kinase XIAO	38.961%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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