LXL04_011403 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_011403

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 163843206-163845065 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

642 bp · LXL04_011403|LXL04_011403|OH1004|cDNA

ATGGCTGTTCTTGCTCTTCCTTTGCTTATTATCTTCGCCATAGCTGGCTATTCAAGTGCGGCTTATTGTGTATGCAACTCTGGATTAAGTGACGCAGTACTTCAGAAGAACATAGATTACGCTTGTGGAGCTGGAGCTGACTGCGGTCAGATCGCTCCAAATGGTGCCTGTTTTAGCCCTAATTCAGTCAAAGATCATTGCAATTTCGCCGTTAATAGTTATTTCCAGAAAAAGGGCCAAACGGCGGAAGCCTGTGGTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

642 bp · LXL04_011403|LXL04_011403|OH1004|CDS

ATGGCTGTTCTTGCTCTTCCTTTGCTTATTATCTTCGCCATAGCTGGCTATTCAAGTGCGGCTTATTGTGTATGCAACTCTGGATTAAGTGACGCAGTACTTCAGAAGAACATAGATTACGCTTGTGGAGCTGGAGCTGACTGCGGTCAGATCGCTCCAAATGGTGCCTGTTTTAGCCCTAATTCAGTCAAAGATCATTGCAATTTCGCCGTTAATAGTTATTTCCAGAAAAAGGGCCAAACGGCGGAAGCCTGTGGTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

213 aa · LXL04_011403|LXL04_011403|OH1004|PROTEIN

MAVLALPLLIIFAIAGYSSAAYCVCNSGLSDAVLQKNIDYACGAGADCGQIAPNGACFSPNSVKDHCNFAVNSYFQKKGQTAEACGFSGTATVTASAPSGATSSCFSGSSSSSTPTNPTIAPPGSGTGTGTGTGTGTGMGSGTGTGSGMGNGTGTSTGTGVGSGINTNPAFGGMAPSGSIGTDNSAAVTIHQTTTGFALSTSFILSLVWSTLF

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_011403`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_011403

位置 Chr02:163843206-163845065 (-)

描述 Similar to PDCB3: PLASMODESMATA CALLOSE-BINDING PROTEIN 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g18650`	胞间连丝胼胝质结合蛋白3。	暂无已核实直接文献
`At1g69295`	胞间连丝胼胝质结合蛋白4。	暂无已核实直接文献
`At5g08000`	可结合(1→3)-β-D-葡聚糖（昆布多糖，laminarin）。	An Arabidopsis GPI-anchor plasmodesmal neck protein with callose binding activity and potential to regulate cell-to-cell trafficking.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.060145
`At5g61130`	可结合(1→3)-β-D-葡聚糖（昆布多糖，laminarin）。	An Arabidopsis GPI-anchor plasmodesmal neck protein with callose binding activity and potential to regulate cell-to-cell trafficking.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.060145
`At1g26450`	含碳水化合物结合X8结构域的蛋白质。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011403 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0052543 callose deposition in cell wall 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0098552 side of membrane 细胞组分

GO:0001872 (1->3)-beta-D-glucan binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G18650

ath:AT1G26450

ath:AT1G69295

ath:AT5G08000

ath:AT5G61130

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.800

排名 1 · LXL04_011403 · OH-1004

内质网0.091

排名 2 · LXL04_011403 · OH-1004

细胞质0.073

排名 3 · LXL04_011403 · OH-1004

细胞外0.064

排名 4 · LXL04_011403 · OH-1004

细胞核0.054

排名 5 · LXL04_011403 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07983.19X822-92 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_011403	`PF07983.19`	X8	22	92	5.2e-21	75.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FZ86`	拟南芥	PLASMODESMATA CALLOSE-BINDING PROTEIN 3	60.784%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q93V72`	拟南芥	PLASMODESMATA CALLOSE-BINDING PROTEIN 4	54.717%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SD84`	拟南芥	PLASMODESMATA CALLOSE-BINDING PROTEIN 2	45.912%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FNQ2`	拟南芥	PLASMODESMATA CALLOSE-BINDING PROTEIN 1	60.714%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FZD0`	拟南芥	Carbohydrate-binding X8 domain-containing protein	52.688%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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