LXL04_011303 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_011303

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 162263929-162269759 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

816 bp · LXL04_011303|LXL04_011303|OH1004|cDNA

ATGGTACTCCCTTATAAAACCCACCTACGATGTGCTACACCTAGAGCGATAGAAATAGAGATAAGGGTTATATTCAGATTCAGAGAAATTCTCCGTCGGAAGTTGCGTAGAAATTCGCCGATGGGGCGGAGGAAGCTCGAAATAAAGCGGATCGAAGACAAGAGTAGCAGACTGGTGACGTTTTCGAAGCGGAGAACGGGTTTGATTAAGAAAGCACGACAGCTTTCCGTGCTCTGCGACGTCGACGTCGCCGTCATTGT...

CDS

下载 CDS FASTA

816 bp · LXL04_011303|LXL04_011303|OH1004|CDS

ATGGTACTCCCTTATAAAACCCACCTACGATGTGCTACACCTAGAGCGATAGAAATAGAGATAAGGGTTATATTCAGATTCAGAGAAATTCTCCGTCGGAAGTTGCGTAGAAATTCGCCGATGGGGCGGAGGAAGCTCGAAATAAAGCGGATCGAAGACAAGAGTAGCAGACTGGTGACGTTTTCGAAGCGGAGAACGGGTTTGATTAAGAAAGCACGACAGCTTTCCGTGCTCTGCGACGTCGACGTCGCCGTCATTGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

271 aa · LXL04_011303|LXL04_011303|OH1004|PROTEIN

MVLPYKTHLRCATPRAIEIEIRVIFRFREILRRKLRRNSPMGRRKLEIKRIEDKSSRLVTFSKRRTGLIKKARQLSVLCDVDVAVIVFSARGKLYEFCSGGTANRVEHILARYEAEGNTTINENGQDLVSLNFLLINTLLGLHSVHTIYTICTTGSPIGTCKELLHTVDRLVEENNSEELSVTDMTQLEEELDAALMLTRSRKTQLMMEYISTLQQQQERNLIKEQEEIVQETASAEKVFGAGDDEGGGRNDLAINQMDS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_011303`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_011303

位置 Chr02:162263929-162269759 (-)

描述 Similar to AGL31: Agamous-like MADS-box protein AGL31

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g65050`	可能的转录因子，通过短期低温防止春化。	暂无已核实直接文献
`At5g10140`	推定转录因子，通过与'FRIGIDA'、自主及春化开花途径相互作用，似乎在晚花表型开花时间的调控中起核心作用。	暂无已核实直接文献
`At1g77080`	可能的转录因子，参与在长日照和短日照下负向调控开花时间，可能通过光周期和春化途径。	暂无已核实直接文献
`At5g65060`	可能的转录因子，参与花期的负调控，可能通过光周期和春化途径；在某些品种中更有效。	暂无已核实直接文献
`At2g45650`	可能的转录因子。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011303 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0009266 response to temperature stimulus 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0009909 regulation of flower development 生物过程

GO:0009910 negative regulation of flower development 生物过程

GO:0009911 positive regulation of flower development 生物过程

GO:0010048 vernalization response 生物过程

GO:0010221 negative regulation of vernalization response 生物过程

GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G77080

ath:AT2G45650

ath:AT5G10140

ath:AT5G65050

ath:AT5G65060

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.898

排名 1 · LXL04_011303 · OH-1004

细胞质0.159

排名 2 · LXL04_011303 · OH-1004

细胞膜0.038

排名 3 · LXL04_011303 · OH-1004

内质网0.027

排名 4 · LXL04_011303 · OH-1004

质体0.016

排名 5 · LXL04_011303 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00319.24SRF-TF50-97 aa

PF01486.23K-box176-231 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_011303	`PF00319.24`	SRF-TF	50	97	6.9e-25	87.0
LXL04_011303	`PF01486.23`	K-box	176	231	2.3e-07	31.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FPN7`	拟南芥	Agamous-like MADS-box protein AGL31	37.662%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9S7Q7`	拟南芥	MADS-box protein FLOWERING LOCUS C	43.275%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9AT76`	拟南芥	Agamous-like MADS-box protein AGL27	39.130%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LSR7`	拟南芥	Agamous-like MADS-box protein AGL70	41.176%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`P29386`	拟南芥	Agamous-like MADS-box protein AGL6	37.021%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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