LXL04_010891 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_010891

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 154946257-154948810 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1443 bp · LXL04_010891|LXL04_010891|OH1004|cDNA

ATGGAGGTTGAGGTAGCAGAAGAATCAATGGAGTTGAATAACAACGTCATGTGTCAATTAGCGGACCCAGAAGGAACGCCACTCGGTGCTTCCATATATCTTCCCCAAAGCGTTGGCCCCAAGGAGCTTCAACAGATGGTTAACAAGTTGCTCAACAATgAGGAAAGGCTACCATACGCCTTTTATATATCCGATCAAGAGCTTGTTATACAACTAGGAGATTATTTGCAGAAGAACAAAGTTTCTGTGGAGAAGGTAGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1443 bp · LXL04_010891|LXL04_010891|OH1004|CDS

ATGGAGGTTGAGGTAGCAGAAGAATCAATGGAGTTGAATAACAACGTCATGTGTCAATTAGCGGACCCAGAAGGAACGCCACTCGGTGCTTCCATATATCTTCCCCAAAGCGTTGGCCCCAAGGAGCTTCAACAGATGGTTAACAAGTTGCTCAACAATGAGGAAAGGCTACCATACGCCTTTTATATATCCGATCAAGAGCTTGTTATACAACTAGGAGATTATTTGCAGAAGAACAAAGTTTCTGTGGAGAAGGTAGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

480 aa · LXL04_010891|LXL04_010891|OH1004|PROTEIN

MEVEVAEESMELNNNVMCQLADPEGTPLGASIYLPQSVGPKELQQMVNKLLNNEERLPYAFYISDQELVIQLGDYLQKNKVSVEKVVTIVYQPQAVFRIRPVSRCSSTIAGHTEAVLSVVFSPDGQQLASGSGDTTVRLWDLNTQTPLFTCTGHKNWVLCVAWSPDGKHLVSGSKSGEIQIWDPRTGKASGNLLTGHKKWITGISWEPVHLSSPCRRFVTASKDGDARIWDATLRKTVIILSGHTLAVTCVKWGGDGVIY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_010891`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_010891

位置 Chr02:154946257-154948810 (+)

描述 Similar to NLE1: Notchless protein homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g52820`	雌配子体发育所需。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010891 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000027 ribosomal large subunit assembly 生物过程

GO:0007219 Notch signaling pathway 生物过程

GO:0008593 regulation of Notch signaling pathway 生物过程

GO:0009553 embryo sac development 生物过程

GO:0042273 ribosomal large subunit biogenesis 生物过程

GO:0045930 negative regulation of mitotic cell cycle 生物过程

GO:0061484 hematopoietic stem cell homeostasis 生物过程

GO:0090263 positive regulation of canonical Wnt signaling pathway 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0080008 Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G52820

hsa:54475

mmu:217011

pon:100171489

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.522

排名 1 · LXL04_010891 · OH-1004

细胞核0.427

排名 2 · LXL04_010891 · OH-1004

细胞膜0.082

排名 3 · LXL04_010891 · OH-1004

内质网0.052

排名 4 · LXL04_010891 · OH-1004

线粒体0.051

排名 5 · LXL04_010891 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08154.19NLE16-76 aa

PF25460.2Beta-prop_Aladin97-186 aa

PF25172.2Beta-prop_WDR3_2nd103-144 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR5104-232 aa

PF00400.39WD40104-141 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC3104-158 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz104-169 aa

PF24814.2WD40_Prp19104-145 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_010891	`PF08154.19`	NLE	16	76	1.3e-13	51.9
LXL04_010891	`PF25460.2`	Beta-prop_Aladin	97	186	4.9e-23	82.5
LXL04_010891	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	103	144	1.4e-40	140.1
LXL04_010891	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	104	232	2.5e-76	257.5
LXL04_010891	`PF00400.39`	WD40	104	141	8.7e-76	247.9
LXL04_010891	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	104	158	3.3e-75	253.3
LXL04_010891	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	104	169	7.8e-63	213.2
LXL04_010891	`PF24814.2`	WD40_Prp19	104	145	2.8e-52	178.2
LXL04_010891	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	104	204	1.1e-41	143.4
LXL04_010891	`PF24782.3`	WD40_MABP1-WDR62_2nd	104	142	7.6e-24	85.0
LXL04_010891	`PF23756.2`	Beta-prop_HPS5	104	191	1.2e-06	28.7
LXL04_010891	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	105	208	1.6e-75	254.7
LXL04_010891	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	105	205	4.6e-67	226.0
LXL04_010891	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	105	150	4.8e-44	151.4
LXL04_010891	`PF25391.2`	WD40_Gbeta	106	272	3.2e-40	138.9
LXL04_010891	`PF25171.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	106	206	3.6e-18	66.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FLX9`	拟南芥	Notchless protein homolog	80.942%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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