LXL04_010840 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_010840

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 154350306-154352417 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1437 bp · LXL04_010840|LXL04_010840|OH1004|cDNA

ATGGCAGATAGCAGGGAAATTGACGACCAGGTGGATTTCGAAGACGACAACTATGAAGAAATGGACGATGATGTCGAAGAGCAAGAAGAAGGACCTGAAGGAGGTGACGATGAGAATGGCGAAGAACAGGAAGATATTAGTGGATATGATGGAAAGGGGCAGGAATCCGAAGAAGATAGAAATCAAAACATTTCCGGACATATAGACGACGATGAAGAAAAATCCCCTGTCTCTAGAGAAGACAATAAAAAACACGCCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1437 bp · LXL04_010840|LXL04_010840|OH1004|CDS

ATGGCAGATAGCAGGGAAATTGACGACCAGGTGGATTTCGAAGACGACAACTATGAAGAAATGGACGATGATGTCGAAGAGCAAGAAGAAGGACCTGAAGGAGGTGACGATGAGAATGGCGAAGAACAGGAAGATATTAGTGGATATGATGGAAAGGGGCAGGAATCCGAAGAAGATAGAAATCAAAACATTTCCGGACATATAGACGACGATGAAGAAAAATCCCCTGTCTCTAGAGAAGACAATAAAAAACACGCCGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

478 aa · LXL04_010840|LXL04_010840|OH1004|PROTEIN

MADSREIDDQVDFEDDNYEEMDDDVEEQEEGPEGGDDENGEEQEDISGYDGKGQESEEDRNQNISGHIDDDEEKSPVSREDNKKHAELLALPPHGSEIFIGGLPKDVVEEDLSDLCEPFGEVVEVRLVKNRDTNEIKGFAFVAFKTKDVAQKAIEELHNKEFKGRTIRCSLSETKYRLFIGNVPKSWTDDDFRKIIEDTGPGSEVIELIKDPQNLPRNRGFAFVEYYNNACADYSRQKLSSPNFKLDGNTPTVTWADPKI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_010840`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_010840

位置 Chr02:154350306-154352417 (-)

描述 Similar to LIF2: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein Q

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g00830`	转录激活因子，在靶基因启动子上的GAGA样基序和5'-(C/G)ACGTG(G/T)C(A/G)-3'共识基序上结合DNA。	Control of flowering and cell fate by LIF2, an RNA binding partner of the polycomb complex component LHP1.2011 · DOI: 10.1371/journal.pone.0016592 The hnRNP-Q protein LIF2 participates in the plant immune response.2014 · DOI: 10.1371/journal.pone.0099343 The Arabidopsis hnRNP-Q Protein LIF2 and the PRC1 Subunit LHP1 Function in Concert to Regulate the Transcription of Stress-Responsive Genes.2016 · DOI: 10.1105/tpc.16.00244

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010840 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006396 RNA processing 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0007623 circadian rhythm 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0009909 regulation of flower development 生物过程

GO:0010439 regulation of glucosinolate biosynthetic process 生物过程

GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程

GO:0016554 cytidine to uridine editing 生物过程

GO:0016556 mRNA modification 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G00830

hsa:10492

mmu:56403

pon:100174508

rno:363113

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.828

排名 1 · LXL04_010840 · OH-1004

细胞质0.291

排名 2 · LXL04_010840 · OH-1004

细胞膜0.042

排名 3 · LXL04_010840 · OH-1004

内质网0.025

排名 4 · LXL04_010840 · OH-1004

线粒体0.017

排名 5 · LXL04_010840 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16367.12RRM_797-161 aa

PF00076.29RRM_198-168 aa

PF16842.12RRM_occluded101-170 aa

PF29326.1RRM_MUD2_C136-177 aa

PF00076.29RRM_1178-241 aa

PF00076.29RRM_1273-341 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_010840	`PF16367.12`	RRM_7	97	161	5.9e-07	30.1
LXL04_010840	`PF00076.29`	RRM_1	98	168	2.2e-49	165.9
LXL04_010840	`PF16842.12`	RRM_occluded	101	170	1.4e-09	38.4
LXL04_010840	`PF29326.1`	RRM_MUD2_C	136	177	7.6e-06	26.7
LXL04_010840	`PF00076.29`	RRM_1	178	241	2.2e-49	165.9
LXL04_010840	`PF00076.29`	RRM_1	273	341	2.2e-49	165.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ASP6`	拟南芥	Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein Q	62.550%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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