LXL04_010510 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_010510

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 148058980-148062233 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1770 bp · LXL04_010510|LXL04_010510|OH1004|cDNA

ATGGTGTTGGAATTCCAACATCCACCCACATCACCCTCCACCTCACCAACaacaccaaaaaaaaatttgggggTGTGGGTGGGAGAAAGAGAGAAACGGAGAGAAAagagaagagaaagagagaaacagggagaaagaagagaagaaaagatgAGCAACGGGGCGTTGCTCGCCGTTGGAATTGCGACGCGGGACGACGCCAAAGAAGAAACGCGGGACGCGGGCGTGGTGTTTCGGAGGGAGGACGCCGTTGTTGGATG...

CDS

下载 CDS FASTA

1770 bp · LXL04_010510|LXL04_010510|OH1004|CDS

ATGGTGTTGGAATTCCAACATCCACCCACATCACCCTCCACCTCACCAACAACACCAAAAAAAAATTTGGGGGTGTGGGTGGGAGAAAGAGAGAAACGGAGAGAAAAGAGAAGAGAAAGAGAGAAACAGGGAGAAAGAAGAGAAGAAAAGATGAGCAACGGGGCGTTGCTCGCCGTTGGAATTGCGACGCGGGACGACGCCAAAGAAGAAACGCGGGACGCGGGCGTGGTGTTTCGGAGGGAGGACGCCGTTGTTGGATG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

589 aa · LXL04_010510|LXL04_010510|OH1004|PROTEIN

MVLEFQHPPTSPSTSPTTPKKNLGVWVGEREKRREKRREREKQGERREEKMSNGALLAVGIATRDDAKEETRDAGVVFRREDAVVGCHLGRVVENGYPHRSKTANVQSPDQVPESKPDPGDGEQGLGQQDQEQAVPSFKEFELTELRAATNGFSSELIVSESGEKAPNVVYRGKLRSNKVVAIKRFSKLSWPDPQQFVAEASGVGKVRHNRLVNLIGCCAEGDERLLVAEYMPNDTLSKHLFHWDKQPLPWEMRVRVAYH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_010510`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_010510

位置 Chr02:148058980-148062233 (-)

描述 Similar to BSK2: Serine/threonine-protein kinase BSK2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g46570`	可能的丝氨酸/苏氨酸激酶，作为受体激酶 BRI1 下游油菜素甾醇信号传导的正调节因子。	BSKs mediate signal transduction from the receptor kinase BRI1 in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1126/science.1156973
`At4g35230`	丝氨酸/苏氨酸激酶，作为受体激酶 BRI1 下游油菜素甾醇信号传导的正调节因子。	BSKs mediate signal transduction from the receptor kinase BRI1 in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1126/science.1156973 BR-SIGNALING KINASE1 physically associates with FLAGELLIN SENSING2 and regulates plant innate immunity in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1105/tpc.112.107904
`At5g59010`	可能的丝氨酸/苏氨酸激酶，作为受体激酶 BRI1 下游油菜素甾醇信号传导的正调节因子。	A mutation in Arabidopsis BSK5 encoding a brassinosteroid-signaling kinase protein affects responses to salinity and abscisic acid.2012 · DOI: 10.1016/j.bbrc.2012.08.118
`At3g54030`	可能的丝氨酸/苏氨酸激酶，作为受体激酶 BRI1 下游油菜素甾醇 (BR) 信号传导的正调节因子。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0684200`	可能的丝氨酸/苏氨酸激酶，作为 BRI1 下游油菜素甾醇信号传导的正调节因子。	OsBRI1 Activates BR Signaling by Preventing Binding between the TPR and Kinase Domains of OsBSK3 via Phosphorylation.2016 · DOI: 10.1104/pp.15.01668

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010510 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:1900459 positive regulation of brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G54030

ath:AT4G35230

ath:AT5G46570

ath:AT5G59010

dosa:Os04g0684200

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.493

排名 1 · LXL04_010510 · OH-1004

细胞质0.306

排名 2 · LXL04_010510 · OH-1004

细胞核0.276

排名 3 · LXL04_010510 · OH-1004

内质网0.054

排名 4 · LXL04_010510 · OH-1004

质体0.042

排名 5 · LXL04_010510 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr169-404 aa

PF00069.32Pkinase169-401 aa

PF25575.1TPR_BSK1_C440-557 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_010510	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	169	404	7.9e-27	94.9
LXL04_010510	`PF00069.32`	Pkinase	169	401	1.6e-25	90.8
LXL04_010510	`PF25575.1`	TPR_BSK1_C	440	557	6.2e-53	178.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LS26`	拟南芥	Serine/threonine-protein kinase BSK2	78.937%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q944A7`	拟南芥	Serine/threonine-protein kinase BSK1	64.551%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FIL1`	拟南芥	Serine/threonine-protein kinase BSK5	59.470%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9M324`	拟南芥	Serine/threonine-protein kinase BSK6	61.589%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`B9FDE0`	水稻	Probable serine/threonine-protein kinase BSK3	61.470%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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