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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_010496
当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 147763862-147765352 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1491 bp · LXL04_010496|LXL04_010496|OH1004|cDNA

ATGTCATACACAATCGCAAGCTTGAGTTCTATCCTGCGAAACAGCATTCCCCGTACGGCATTCGCTCACGCTACACAAACCCATGTACAAATACTCATCCACAATCTCTGTCACGATGTCACGCTCCAAACAGATCTCTTGTTGGCTTATTCCAGAGGGTCCCTACCCAACGCCCGCAAGCTGTTCGACAGAATGCTCCAAAGAAACATGCATTCGTGGAACATCATGATTTCGGCCTACGCTCAGAACTCCATGAACAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1491 bp · LXL04_010496|LXL04_010496|OH1004|CDS

ATGTCATACACAATCGCAAGCTTGAGTTCTATCCTGCGAAACAGCATTCCCCGTACGGCATTCGCTCACGCTACACAAACCCATGTACAAATACTCATCCACAATCTCTGTCACGATGTCACGCTCCAAACAGATCTCTTGTTGGCTTATTCCAGAGGGTCCCTACCCAACGCCCGCAAGCTGTTCGACAGAATGCTCCAAAGAAACATGCATTCGTGGAACATCATGATTTCGGCCTACGCTCAGAACTCCATGAACAC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

496 aa · LXL04_010496|LXL04_010496|OH1004|PROTEIN

MSYTIASLSSILRNSIPRTAFAHATQTHVQILIHNLCHDVTLQTDLLLAYSRGSLPNARKLFDRMLQRNMHSWNIMISAYAQNSMNTNALNVFLKLLNSGNTPDHYSLPPVLKACTGIRDFSLGLVLHGMVIKLGFQNYVIVGSTVLDFYSKCGNLNDAKMVFKELPLRDSVTWNSMISGLSKAGLLLESLNYFKNMIKNSTKMDSMTIPTLLNTCAKLGDITKGKEVHGQVLKNTNLYNDTAIKNSLINLYSKCGCLYD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_010496
TK1151 IDTkA03G531000
OH-1004 IDLXL04_010496
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)98.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_010496
位置Chr02:147763862-147765352 (+)
描述Similar to PCMP-H34: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g26782, mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g57430 参与叶绿体中的RNA编辑事件。
A study of new Arabidopsis chloroplast RNA editing mutants reveals general features of editing factors and their target sites.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.071472
At4g18750 在叶绿体中的单 RNA 编辑事件中发挥重要作用。
Identification of two pentatricopeptide repeat genes required for RNA editing and zinc binding by C-terminal cytidine deaminase-like domains.2013 · DOI: 10.1074/jbc.m113.485755
At3g26782 含五重复肽的蛋白 At3g26782，线粒体。 暂无已核实直接文献
At3g24000 含五螺旋重复的线粒体蛋白 At3g24000。 暂无已核实直接文献
At1g50270 含五聚肽重复序列的蛋白At1g50270。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010496 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G26782
ath:AT3G57430
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.645
排名 1 · LXL04_010496 · OH-1004
质体0.181
排名 2 · LXL04_010496 · OH-1004
细胞核0.044
排名 3 · LXL04_010496 · OH-1004
细胞质0.029
排名 4 · LXL04_010496 · OH-1004
细胞膜0.005
排名 5 · LXL04_010496 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_269-108 aa
PF13041.13PPR_2169-218 aa
PF01535.27PPR172-200 aa
PF13041.13PPR_2271-319 aa
PF13812.13PPR_3271-318 aa
PF01535.27PPR274-304 aa
PF29070.1MSC6_N275-368 aa
PF17177.11PPR_long291-370 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_010496PF13041.13PPR_2691083.7e-38130.1
LXL04_010496PF13041.13PPR_21692183.7e-38130.1
LXL04_010496PF01535.27PPR1722001.7e-47157.1
LXL04_010496PF13041.13PPR_22713193.7e-38130.1
LXL04_010496PF13812.13PPR_32713184.4e-1040.2
LXL04_010496PF01535.27PPR2743041.7e-47157.1
LXL04_010496PF29070.1MSC6_N2753687.3e-1039.2
LXL04_010496PF17177.11PPR_long2913705.2e-0730.0
LXL04_010496PF20431.5E_motif3894503.2e-1660.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q7Y211拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g57430, chloroplastic37.619%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9SN39拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein DOT4, chloroplastic35.071%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9LW32拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g26782, mitochondrial35.470%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9LIQ7拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g24000, mitochondrial33.867%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9SX45拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g5027033.778%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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