LXL04_010495 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_010495

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 147730439-147731758 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1320 bp · LXL04_010495|LXL04_010495|OH1004|cDNA

ATGAAGTTATCTTCGTCTCATATGGATAACATCCCATCAACACCTGGGAAATTCAAGATGGAAAAATCCCCATATGTTCATAGATTCAGACACTATTCATCTCTAGCAAAACTCACATTCTGGAGCTCTGTTTTCCTCGCATTAatcatcctcttcttcttcaaatCACCATCCACATCTCCACCAAACTCAACGCCACCAGATCTCTCTCGCAGATCTTTAAAAACCACTTTCTGGGGTGGACCCGCGTGGGAAAAACG...

CDS

下载 CDS FASTA

1320 bp · LXL04_010495|LXL04_010495|OH1004|CDS

ATGAAGTTATCTTCGTCTCATATGGATAACATCCCATCAACACCTGGGAAATTCAAGATGGAAAAATCCCCATATGTTCATAGATTCAGACACTATTCATCTCTAGCAAAACTCACATTCTGGAGCTCTGTTTTCCTCGCATTAATCATCCTCTTCTTCTTCAAATCACCATCCACATCTCCACCAAACTCAACGCCACCAGATCTCTCTCGCAGATCTTTAAAAACCACTTTCTGGGGTGGACCCGCGTGGGAAAAACG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

439 aa · LXL04_010495|LXL04_010495|OH1004|PROTEIN

MKLSSSHMDNIPSTPGKFKMEKSPYVHRFRHYSSLAKLTFWSSVFLALIILFFFKSPSTSPPNSTPPDLSRRSLKTTFWGGPAWEKRVRSSARIRSQNGLSVLVTGAAGFVGTHVSAALKRRGDGVLGLDNFNNYYDPSLKRARQALLERSGIYIVEGDINDAALLNKLFEVVPFTHVMHLAAQAGVRYAMENPSSYVHSNIAGLVNVLEVCKNANPQPAIVWASSSSVYGLNTKVPFSEKDRTDQPASLYAATKKAGEE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_010495`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_010495

位置 Chr02:147730439-147731758 (+)

描述 Similar to GAE3: UDP-glucuronate 4-epimerase 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g00110`	参与形成带负电荷的单糖，该单糖构成果胶细胞壁组分的骨架。	暂无已核实直接文献
`At1g02000`	参与形成带负电荷的单糖，该单糖构成果胶细胞壁组分的骨架。	暂无已核实直接文献
`At2g45310`	参与形成带负电荷的单糖，该单糖构成果胶细胞壁组分的骨架。	暂无已核实直接文献
`At4g12250`	参与形成带负电荷的单糖，该单糖构成果胶细胞壁组分的骨架。	暂无已核实直接文献
`At3g23820`	参与带负电荷的单糖的合成，该单糖形成果胶细胞壁成分的主链。	Identification and characterization of a UDP-D-glucuronate 4-epimerase in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1016/j.febslet.2004.06.005

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010495 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0033481 galacturonate biosynthetic process 生物过程

GO:0050829 defense response to Gram-negative bacterium 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0000138 Golgi trans cisterna 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005797 Golgi medial cisterna 细胞组分

GO:0005802 trans-Golgi network 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0032580 Golgi cisterna membrane 细胞组分

GO:0016854 racemase and epimerase activity 分子功能

GO:0050378 UDP-glucuronate 4-epimerase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G02000

ath:AT2G45310

ath:AT3G23820

ath:AT4G00110

ath:AT4G12250

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.669

排名 1 · LXL04_010495 · OH-1004

内质网0.126

排名 2 · LXL04_010495 · OH-1004

细胞质0.081

排名 3 · LXL04_010495 · OH-1004

溶酶体／液泡0.065

排名 4 · LXL04_010495 · OH-1004

细胞外0.063

排名 5 · LXL04_010495 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01370.28Epimerase102-339 aa

PF04321.24RmlD_sub_bind102-266 aa

PF02719.22Polysacc_synt_2102-307 aa

PF16363.12GDP_Man_Dehyd103-422 aa

PF01073.263Beta_HSD103-383 aa

PF07993.19NAD_binding_4105-281 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_010495	`PF01370.28`	Epimerase	102	339	2.2e-52	178.6
LXL04_010495	`PF04321.24`	RmlD_sub_bind	102	266	3.7e-14	53.2
LXL04_010495	`PF02719.22`	Polysacc_synt_2	102	307	2e-10	41.1
LXL04_010495	`PF16363.12`	GDP_Man_Dehyd	103	422	3e-46	159.1
LXL04_010495	`PF01073.26`	3Beta_HSD	103	383	8.1e-14	52.0
LXL04_010495	`PF07993.19`	NAD_binding_4	105	281	1.4e-06	28.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O81312`	拟南芥	UDP-glucuronate 4-epimerase 3	85.615%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LPC1`	拟南芥	UDP-glucuronate 4-epimerase 2	84.758%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O22141`	拟南芥	UDP-glucuronate 4-epimerase 4	81.062%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9STI6`	拟南芥	UDP-glucuronate 4-epimerase 5	74.771%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LIS3`	拟南芥	UDP-glucuronate 4-epimerase 6	77.557%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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