LXL04_010406 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_010406

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 146174492-146177488 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1938 bp · LXL04_010406|LXL04_010406|OH1004|cDNA

ATGGCAGATGGCCACTTATTCAACAACATATCTCTTGGAGGTCGTGGGGGCACAAATCCAGGCCAGCTTAAAGTTCATACAGGCGGCATATTATGGAAGAAACAAGGAGGTGGTAAGGCTATCGAAGTTGACAAGTCTGACATCTCGGGTCTTACCTGGATGAAAGTTCCCCGAACTAATCAGCTTGCTGTTAGAATCAAGGACGGTTTAAAGTACAAGTTCACTGGTTTTCGTGACCAGGATGTTATTAGCCTGACCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1938 bp · LXL04_010406|LXL04_010406|OH1004|CDS

ATGGCAGATGGCCACTTATTCAACAACATATCTCTTGGAGGTCGTGGGGGCACAAATCCAGGCCAGCTTAAAGTTCATACAGGCGGCATATTATGGAAGAAACAAGGAGGTGGTAAGGCTATCGAAGTTGACAAGTCTGACATCTCGGGTCTTACCTGGATGAAAGTTCCCCGAACTAATCAGCTTGCTGTTAGAATCAAGGACGGTTTAAAGTACAAGTTCACTGGTTTTCGTGACCAGGATGTTATTAGCCTGACCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

645 aa · LXL04_010406|LXL04_010406|OH1004|PROTEIN

MADGHLFNNISLGGRGGTNPGQLKVHTGGILWKKQGGGKAIEVDKSDISGLTWMKVPRTNQLAVRIKDGLKYKFTGFRDQDVISLTNFFQNSCGLTTEEKQLSISGKNWGEVDLNGNSLSFLVGGKQAFEVSLADVSQTQLQGKNDVLLEFHVDDTTGANEKDSLMEISFHIPNNNTQFVGDEHRPPAQLFREKIMSMADVGAGGEEAVVTFEGIAILTPRGRYNVELHLSFLRLQGQANDFKIQFSSVVRVFVLPKSNQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_010406`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_010406

位置 Chr02:146174492-146177488 (-)

描述 Similar to SSRP1: FACT complex subunit SSRP1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g28730`	FACT复合物的组成部分，一种一般的染色质因子，作用于重组核小体。	The chromatin remodelling complex FACT associates with actively transcribed regions of the Arabidopsis genome.2004 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2004.02242.x

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0184900`	FACT复合物的组成部分，一种一般的染色质因子，作用于重组核小体。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010406 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000741 karyogamy 生物过程

GO:0006260 DNA replication 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0010197 polar nucleus fusion 生物过程

GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程

GO:0048731 system development 生物过程

GO:0000791 euchromatin 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0035101 FACT complex 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G28730

dosa:Os01g0184900

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.945

排名 1 · LXL04_010406 · OH-1004

细胞质0.160

排名 2 · LXL04_010406 · OH-1004

细胞膜0.021

排名 3 · LXL04_010406 · OH-1004

线粒体0.015

排名 4 · LXL04_010406 · OH-1004

内质网0.013

排名 5 · LXL04_010406 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17292.9POB3_N7-98 aa

PF03531.22SSrecog102-194 aa

PF21103.4PH1_SSRP1-like207-335 aa

PF08512.19Rttp106-like_middle349-440 aa

PF09011.17HMG_box_2562-632 aa

PF00505.26HMG_box565-633 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_010406	`PF17292.9`	POB3_N	7	98	9.3e-26	90.9
LXL04_010406	`PF03531.22`	SSrecog	102	194	1.2e-27	96.4
LXL04_010406	`PF21103.4`	PH1_SSRP1-like	207	335	1.3e-48	164.9
LXL04_010406	`PF08512.19`	Rttp106-like_middle	349	440	1.6e-24	86.8
LXL04_010406	`PF09011.17`	HMG_box_2	562	632	1.6e-14	55.1
LXL04_010406	`PF00505.26`	HMG_box	565	633	4.9e-21	75.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q05153`	拟南芥	FACT complex subunit SSRP1	73.960%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LGR0`	水稻	FACT complex subunit SSRP1-A	69.066%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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