LXL04_010228 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_010228

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 142547575-142551346 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2730 bp · LXL04_010228|LXL04_010228|OH1004|cDNA

ATGGAGCTCTGCAATTTATTCTTTATCACCACTCCCATAAAACCCTCATTTCCAAATCTCAAGACCCGTTTAGTTAAATGCTCGGCGGATACGCCGACTCGCCGAATCAAACTCGCGGAGTCACTCCAGGATGAGACGTTCAGAATTCTCGAATGGCCGTCGGTGTGTAACCAGGTCTCCGCCTTCACTTCCACTACCATGGGAACTTCGGCCGCCCGAGAAGGTCTGGTTCCTATAGGACGGAGCCCTGATGAGAGCCG...

CDS

下载 CDS FASTA

2730 bp · LXL04_010228|LXL04_010228|OH1004|CDS

ATGGAGCTCTGCAATTTATTCTTTATCACCACTCCCATAAAACCCTCATTTCCAAATCTCAAGACCCGTTTAGTTAAATGCTCGGCGGATACGCCGACTCGCCGAATCAAACTCGCGGAGTCACTCCAGGATGAGACGTTCAGAATTCTCGAATGGCCGTCGGTGTGTAACCAGGTCTCCGCCTTCACTTCCACTACCATGGGAACTTCGGCCGCCCGAGAAGGTCTGGTTCCTATAGGACGGAGCCCTGATGAGAGCCG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

909 aa · LXL04_010228|LXL04_010228|OH1004|PROTEIN

MELCNLFFITTPIKPSFPNLKTRLVKCSADTPTRRIKLAESLQDETFRILEWPSVCNQVSAFTSTTMGTSAAREGLVPIGRSPDESRRLLNQTSAAVALPSPPDFSGIEDVSDIIKSSVARQLLSIGEICAVKRTLRSARVLFEQLKKISLQSERYYPLLEILQNCNFLTDLEQKIEYCIDSKFSVILDRASEDLELIRSERKSNMEDLDSLLKNVSTKIFRAGGIDKPLVTKRRSRMCVGVKASHKSLLPNGVVLDASS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_010228`
TK1151 ID	TkA03G512880
OH-1004 ID	LXL04_010228
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.771 / OH-1004 96.040 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_010228`
位置	Chr02:142547575-142551346 (+)
描述	Similar to mutS2: Endonuclease MutS2 (Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_010228` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006298 mismatch repair 生物过程 GO:0045910 negative regulation of DNA recombination 生物过程 GO:0072344 rescue of stalled cytosolic ribosome 生物过程 GO:0003690 double-stranded DNA binding 分子功能 GO:0004519 endonuclease activity 分子功能 GO:0005524 ATP binding 分子功能 GO:0016887 ATP hydrolysis activity 分子功能 GO:0019843 rRNA binding 分子功能 GO:0030983 mismatched DNA binding 分子功能 GO:0043023 ribosomal large subunit binding 分子功能 GO:0140664 ATP-dependent DNA damage sensor activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	bcl:ABC2675 cbi:CLJ_B3388 cno:NT01CX_1773 hor:Hore_05680 syn:sll1772 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.931

排名 1 · LXL04_010228 · OH-1004

线粒体0.093

排名 2 · LXL04_010228 · OH-1004

细胞质0.055

排名 3 · LXL04_010228 · OH-1004

过氧化物酶体0.041

排名 4 · LXL04_010228 · OH-1004

细胞核0.027

排名 5 · LXL04_010228 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00488.28MutS_V397-581 aa

PF20297.5MSSS713-753 aa

PF01713.28Smr804-868 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_010228	`PF00488.28`	MutS_V	397	581	3.3e-33	116.0
LXL04_010228	`PF20297.5`	MSSS	713	753	2.4e-08	34.2
LXL04_010228	`PF01713.28`	Smr	804	868	1e-09	39.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

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