LXL04_010227 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_010227

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 142539205-142542300 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1359 bp · LXL04_010227|LXL04_010227|OH1004|cDNA

ATGCCTCAAGTGAGGATTATAGCTAAGAACTTCATGGACATGGTGTCCTCCTTACCTGCGATGAAGCTTGACAAGCTATACGAGAATGCATTCATTTGTGAAGCTATTCTCAGGTCTTTGCCACCATTGGCAAAAAAGTATGTTCTTCAATTGCTGTACATAGATGTGCCTGTGACAGCCAGTTCAATGCAAGAGTGGGTTCTTGCTGATGGTGCTTCAAAGCATAGAGTTGCCATTGATAGACTCATTCAATTGAGAGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1359 bp · LXL04_010227|LXL04_010227|OH1004|CDS

ATGCCTCAAGTGAGGATTATAGCTAAGAACTTCATGGACATGGTGTCCTCCTTACCTGCGATGAAGCTTGACAAGCTATACGAGAATGCATTCATTTGTGAAGCTATTCTCAGGTCTTTGCCACCATTGGCAAAAAAGTATGTTCTTCAATTGCTGTACATAGATGTGCCTGTGACAGCCAGTTCAATGCAAGAGTGGGTTCTTGCTGATGGTGCTTCAAAGCATAGAGTTGCCATTGATAGACTCATTCAATTGAGAGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

452 aa · LXL04_010227|LXL04_010227|OH1004|PROTEIN

MPQVRIIAKNFMDMVSSLPAMKLDKLYENAFICEAILRSLPPLAKKYVLQLLYIDVPVTASSMQEWVLADGASKHRVAIDRLIQLRVFTETVDRKKEATYRLNPMFQMNLRTHIVHGGVLPREPMAANITVRLPSLEELDSYAAQQWECFLLHLINSAEVEVTTKSISPSMMKVFQRGLLSQKDNDGSRLTESGFQFLLMDTNAQLWYIIREYISNSEDRGVDSADLISFLLELSFHVTGEAYNMNTLDEIQRITVKDLA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_010227`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_010227

位置 Chr02:142539205-142542300 (-)

描述 Similar to TFB2: General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g17020`	一般转录和DNA修复因子IIH（TFIIH）核心复合体的组分，参与损伤DNA的一般和转录偶联核苷酸切除修复（NER），并在与CAK形成复合物时参与RNA聚合酶II的RNA转录。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010227 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006289 nucleotide-excision repair 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006366 transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006367 transcription initiation at RNA polymerase II promoter 生物过程

GO:0000112 nucleotide-excision repair factor 3 complex 细胞组分

GO:0000438 core TFIIH complex portion of holo TFIIH complex 细胞组分

GO:0000439 transcription factor TFIIH core complex 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005669 transcription factor TFIID complex 细胞组分

GO:0005675 transcription factor TFIIH holo complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G17020

hsa:2968

mmu:14885

ptr:462549

spo:2539790

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.649

排名 1 · LXL04_010227 · OH-1004

细胞核0.322

排名 2 · LXL04_010227 · OH-1004

溶酶体／液泡0.078

排名 3 · LXL04_010227 · OH-1004

高尔基体0.074

排名 4 · LXL04_010227 · OH-1004

细胞膜0.061

排名 5 · LXL04_010227 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03849.20Tfb214-367 aa

PF18307.7Tfb2_C382-448 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_010227	`PF03849.20`	Tfb2	14	367	3.6e-112	375.6
LXL04_010227	`PF18307.7`	Tfb2_C	382	448	1.1e-21	77.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q680U9`	拟南芥	General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB2	75.831%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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