LXL04_010222 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_010222

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 142401859-142405455 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2213 bp · LXL04_010222|LXL04_010222|OH1004|cDNA

ATGGGGTCGTTTCAAGCATACGAAAGTTACGATTACATGTTCAAAGTTGTTATGATTGGGGATTCAGGTGTCGGTAAAACCAATCTTTTGTCCCGATTCTCCAAGAACGAATTTCGCCTGGAATACAGAGCCACAATCGGAGTTGAATTCGGCAACCGTAGCATCAACGTTGATGGTAAGATCATCATGGCCCAAATTTGGGATACCGCCGGTAATCAAAGGTATCCAGCTATACCTTCCCCATACTATCGTGGAGCAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

2193 bp · LXL04_010222|LXL04_010222|OH1004|CDS

ATGGGGTCGTTTCAAGCATACGAAAGTTACGATTACATGTTCAAAGTTGTTATGATTGGGGATTCAGGTGTCGGTAAAACCAATCTTTTGTCCCGATTCTCCAAGAACGAATTTCGCCTGGAATACAGAGCCACAATCGGAGTTGAATTCGGCAACCGTAGCATCAACGTTGATGGTAAGATCATCATGGCCCAAATTTGGGATACCGCCGGTAATCAAAGGTATCCAGCTATACCTTCCCCATACTATCGTGGAGCAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

730 aa · LXL04_010222|LXL04_010222|OH1004|PROTEIN

MGSFQAYESYDYMFKVVMIGDSGVGKTNLLSRFSKNEFRLEYRATIGVEFGNRSINVDGKIIMAQIWDTAGNQRYPAIPSPYYRGAAGALIVYDITRPETFKNVEKWLKELRDVTDNDIVVMLVGNKTDQNNLRSIRTKDAKAFAHRKNINLFMETSALNMSNVMNAFTKVVTQIKHMMCKKMADVKKVNDQMAMVEPKGQTITGGGGEDITRIPRETDCVMESRRYSQNSDPITETTPKSTRYSQDNNGSITDPPRLSS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_010222`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_010222

位置 Chr02:142401859-142405455 (+)

描述 Similar to CBSX5: CBS domain-containing protein CBSX5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g27460`	含 CBS 结构域的蛋白质 CBSX5。	暂无已核实直接文献
`At5g60860`	细胞内囊泡运输和蛋白质运输。	暂无已核实直接文献
`At3g15060`	细胞内囊泡运输和蛋白质运输。	暂无已核实直接文献
`At4g18430`	细胞内囊泡运输和蛋白质运输。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010222 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0042546 cell wall biogenesis 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0003924 GTPase activity 分子功能

GO:0005525 GTP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G15060

ath:AT4G18430

ath:AT4G27460

ath:AT5G60860

nta:107770722

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.416

排名 1 · LXL04_010222 · OH-1004

细胞核0.343

排名 2 · LXL04_010222 · OH-1004

细胞膜0.154

排名 3 · LXL04_010222 · OH-1004

溶酶体／液泡0.082

排名 4 · LXL04_010222 · OH-1004

高尔基体0.069

排名 5 · LXL04_010222 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00025.28Arf7-173 aa

PF00071.29Ras15-176 aa

PF08477.20Roc15-129 aa

PF14223.15Retrotran_gag_2309-351 aa

PF00571.34CBS674-711 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_010222	`PF00025.28`	Arf	7	173	4.9e-09	36.6
LXL04_010222	`PF00071.29`	Ras	15	176	9.8e-56	188.5
LXL04_010222	`PF08477.20`	Roc	15	129	2e-31	109.4
LXL04_010222	`PF14223.15`	Retrotran_gag_2	309	351	7.1e-06	26.6
LXL04_010222	`PF00571.34`	CBS	674	711	5.3e-09	37.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q84WQ5`	拟南芥	CBS domain-containing protein CBSX5	46.292%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FJH0`	拟南芥	Ras-related protein RABA1f	58.636%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LK99`	拟南芥	Ras-related protein RABA1g	57.273%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`O49513`	拟南芥	Ras-related protein RABA1e	57.273%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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