LXL04_010187 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_010187

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 141621015-141621956 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

942 bp · LXL04_010187|LXL04_010187|OH1004|cDNA

ATGGAGGAAGACCAGGCTCTCAAGAAACAAAAATATTATTGGGGAAATACCCCAGATGAAGAAGAATACCACAAACTCCATAGCATCAAGTCCACTACCTCTTTCTTTAAATCTCCAAGAGGCTTATCTTTATTCACCAGATCATGGCTTCCCTTCACCCCACCTCGTGGAATCATCTGTATGGTCCACGGATACGGCAACGACATCAGCTGGACCTTCCAGGCCACTGCGATCTTCCTCGCCGCCAACGGGTATGCCTG...

CDS

下载 CDS FASTA

942 bp · LXL04_010187|LXL04_010187|OH1004|CDS

ATGGAGGAAGACCAGGCTCTCAAGAAACAAAAATATTATTGGGGAAATACCCCAGATGAAGAAGAATACCACAAACTCCATAGCATCAAGTCCACTACCTCTTTCTTTAAATCTCCAAGAGGCTTATCTTTATTCACCAGATCATGGCTTCCCTTCACCCCACCTCGTGGAATCATCTGTATGGTCCACGGATACGGCAACGACATCAGCTGGACCTTCCAGGCCACTGCGATCTTCCTCGCCGCCAACGGGTATGCCTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

313 aa · LXL04_010187|LXL04_010187|OH1004|PROTEIN

MEEDQALKKQKYYWGNTPDEEEYHKLHSIKSTTSFFKSPRGLSLFTRSWLPFTPPRGIICMVHGYGNDISWTFQATAIFLAANGYACFALDMEGHGRSEGLKAFVPNVDDVVADYLAFFTPIVADYPNLPKFLFGESMGGAICLLIECTRPKFFDGAILIAPMCKISDKVRPRWPIPEVLMFVSKFAPSLAIVPTADLVDKSVKVPEKRIIAGMNPMRYTGKPRLGTVVELLRVTDYLSSQLSNVDIPFIVLHGNADVVT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_010187`
TK1151 ID	TkA03G509430
OH-1004 ID	LXL04_010187
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 78.017 / OH-1004 57.827 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_010187

位置 Chr02:141621015-141621956 (-)

描述 Similar to CSE: Caffeoylshikimate esterase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g52760`	酯酶参与木质素的生物合成。	Acyl-CoA-binding protein 2 binds lysophospholipase 2 and lysoPC to promote tolerance to cadmium-induced oxidative stress in transgenic Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2010.04209.x A bifunctional enzyme that has both monoacylglycerol acyltransferase and acyl hydrolase activities.2012 · DOI: 10.1104/pp.112.202135

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010187 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006629 lipid metabolic process 生物过程

GO:0006633 fatty acid biosynthetic process 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0009809 lignin biosynthetic process 生物过程

GO:0009966 regulation of signal transduction 生物过程

GO:0010043 response to zinc ion 生物过程

GO:0016042 lipid catabolic process 生物过程

GO:0019369 arachidonate metabolic process 生物过程

GO:0019433 triglyceride catabolic process 生物过程

GO:0042542 response to hydrogen peroxide 生物过程

GO:0045471 response to ethanol 生物过程

GO:0045907 positive regulation of vasoconstriction 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G52760

hsa:11343

mmu:23945

msg:MSMEI_0213

msm:MSMEG_0220

rno:29254

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.321

排名 1 · LXL04_010187 · OH-1004

内质网0.310

排名 2 · LXL04_010187 · OH-1004

线粒体0.122

排名 3 · LXL04_010187 · OH-1004

细胞膜0.121

排名 4 · LXL04_010187 · OH-1004

细胞核0.118

排名 5 · LXL04_010187 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12146.16Hydrolase_454-291 aa

PF00561.27Abhydrolase_158-166 aa

PF12697.14Abhydrolase_661-291 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_010187	`PF12146.16`	Hydrolase_4	54	291	2.8e-61	207.6
LXL04_010187	`PF00561.27`	Abhydrolase_1	58	166	2.2e-13	51.2
LXL04_010187	`PF12697.14`	Abhydrolase_6	61	291	5.4e-12	47.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C942`	拟南芥	Caffeoylshikimate esterase	43.092%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情