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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_010122
当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 140633989-140638290 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2616 bp · LXL04_010122|LXL04_010122|OH1004|cDNA

ATGATGGAATGTAAACGAAATGACGGGAAAAGGTGGCGGTGTCGTCGGCCAGTCATGGATGGTAAACAGTACTGTGAAGCTCACTTTCTTCAGTACTCTCATCGCCTGAAAAGAGAGCCCGTTCCCGATGCTCTTAAACTTGATAGGTCAAGACGCAAGACAATTAGCCCTAAACTGGCCCAAAAATCTCCACTTCAACTGGGCGAAGAACACGAGGCACCCCTAACAAGGGGCAGGAAGAGAAACGTCACTACTAGTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

2616 bp · LXL04_010122|LXL04_010122|OH1004|CDS

ATGATGGAATGTAAACGAAATGACGGGAAAAGGTGGCGGTGTCGTCGGCCAGTCATGGATGGTAAACAGTACTGTGAAGCTCACTTTCTTCAGTACTCTCATCGCCTGAAAAGAGAGCCCGTTCCCGATGCTCTTAAACTTGATAGGTCAAGACGCAAGACAATTAGCCCTAAACTGGCCCAAAAATCTCCACTTCAACTGGGCGAAGAACACGAGGCACCCCTAACAAGGGGCAGGAAGAGAAACGTCACTACTAGTTT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

871 aa · LXL04_010122|LXL04_010122|OH1004|PROTEIN

MMECKRNDGKRWRCRRPVMDGKQYCEAHFLQYSHRLKREPVPDALKLDRSRRKTISPKLAQKSPLQLGEEHEAPLTRGRKRNVTTSLPRKRGRPVVMKEDIVEISDQLEGGSKLTFHDGNLHLYKIKDEHEKSVVKDLMFGQMVIPQLSPMPPQSTTLEKEASPKVKAGVSSATKVSKRTIRSENIESDPIATVPAEIKKECPVCLGTCECQVCLKEKPKEVKTKELVICVGDGELLICKREDEVAVLNVKKEGVVYNRE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_010122
TK1151 IDTkA03G500790
OH-1004 IDLXL04_010122
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.200
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_010122
位置Chr02:140633989-140638290 (+)
描述Similar to JMJ25: Lysine-specific demethylase JMJ25
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g21430 可能作为组蛋白 H3 赖氨酸去甲基化酶发挥作用，并参与基因表达的调控（通过相似性）。
The Arabidopsis histone demethylase JMJ28 regulates CONSTANS by interacting with FBH transcription factors.2021 · DOI: 10.1093/plcell/koab014
At1g11950 可能作为组蛋白H3赖氨酸去甲基化酶，参与基因表达调控。 暂无已核实直接文献
At1g62310 可能作为组蛋白H3赖氨酸去甲基化酶，参与基因表达调控。 暂无已核实直接文献
At4g00990 组蛋白去甲基酶，可去甲基化组蛋白H3的'Lys-9'(H3K9me)，对H3K9me1和H3K9me2具有特异性活性。
JMJ27, an Arabidopsis H3K9 histone demethylase, modulates defense against Pseudomonas syringae and flowering time.2017 · DOI: 10.1111/tpj.13623
JMJ27-mediated histone H3K9 demethylation positively regulates drought-stress responses in Arabidopsis.2021 · DOI: 10.1111/nph.17593
At1g09060 可能结合组蛋白 H3，但因无法结合 Fe²⁺ 而丧失去甲基化酶活性。
JMJ24 binds to RDR2 and is required for the basal level transcription of silenced loci in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1111/tpj.12924
JMJ24 targets CHROMOMETHYLASE3 for proteasomal degradation in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1101/gad.274647.115
A JUMONJI Protein with E3 Ligase and Histone H3 Binding Activities Affects Transposon Silencing in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1104/pp.15.01688

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010122 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程
GO:0009414 response to water deprivation 生物过程
GO:0009617 response to bacterium 生物过程
GO:0010628 positive regulation of gene expression 生物过程
GO:0031507 heterochromatin formation 生物过程
GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程
GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程
GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0045815 transcription initiation-coupled chromatin remodeling 生物过程
GO:0070920 regulation of regulatory ncRNA processing 生物过程
GO:0090310 negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G09060
ath:AT1G11950
ath:AT1G62310
ath:AT4G00990
ath:AT4G21430
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.881
排名 1 · LXL04_010122 · OH-1004
细胞质0.170
排名 2 · LXL04_010122 · OH-1004
细胞膜0.033
排名 3 · LXL04_010122 · OH-1004
线粒体0.023
排名 4 · LXL04_010122 · OH-1004
内质网0.015
排名 5 · LXL04_010122 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08879.16WRC3-38 aa
PF02373.29JmjC719-818 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_010122PF08879.16WRC3381.7e-1350.7
LXL04_010122PF02373.29JmjC7198181.2e-0836.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8H1S7拟南芥Lysine-specific demethylase JMJ2829.816%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
C0SUU8拟南芥Lysine-specific demethylase JMJ2628.393%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
C0SV12拟南芥Lysine-specific demethylase JMJ2929.614%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q8VYB9拟南芥Lysine-specific demethylase JMJ2725.557%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
F4HZD1拟南芥E3 ubiquitin-protein ligase JMJ2426.471%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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