LXL04_010078 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_010078

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 139425435-139429699 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1692 bp · LXL04_010078|LXL04_010078|OH1004|cDNA

ATGTTGCTTTTCTTTTCCTATAAAAACCATAACACATTAACACCTTTAAAAACACATATTATCTCCTCACTCCTCAGTCACACCCTCTCTTTTTCCTTACTTCCATACTTCCAAGTTCCAACTTTAAGTACAATTTACATGGGGTACGCCCTTTTTTTGTTGTTTCTTTTGGTGATTGGCGGATTTCTGTCAACCTTTGCGGCATCACACGAATTCATTAACATATTAAGAGCCAATTCCAGTTTGCCTTCATTTCCAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1692 bp · LXL04_010078|LXL04_010078|OH1004|CDS

ATGTTGCTTTTCTTTTCCTATAAAAACCATAACACATTAACACCTTTAAAAACACATATTATCTCCTCACTCCTCAGTCACACCCTCTCTTTTTCCTTACTTCCATACTTCCAAGTTCCAACTTTAAGTACAATTTACATGGGGTACGCCCTTTTTTTGTTGTTTCTTTTGGTGATTGGCGGATTTCTGTCAACCTTTGCGGCATCACACGAATTCATTAACATATTAAGAGCCAATTCCAGTTTGCCTTCATTTCCAAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

563 aa · LXL04_010078|LXL04_010078|OH1004|PROTEIN

MLLFFSYKNHNTLTPLKTHIISSLLSHTLSFSLLPYFQVPTLSTIYMGYALFLLFLLVIGGFLSTFAASHEFINILRANSSLPSFPRNFLFGTASSSYQFEGAYLTHGKGLSNWDTFSHKPGYIVDGSNGDIAVDHYHMYLEDVELMEYMGVNTFRFSISWARILPKGVFGDVNMAGIRHYDRLINALLRKGIEPFVSLTHYDIPQELEHRYGGWLSPQIQKDYAYYANICFKYFGDRVKYWVTFNEPNVVAIRGYRSGI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_010078`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_010078

位置 Chr02:139425435-139429699 (-)

描述 Similar to BGLU47: Beta-glucosidase 47

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g21760`	β-葡萄糖苷酶 47。	暂无已核实直接文献
`At1g61820`	水解对硝基苯基β-D-葡萄糖苷、对硝基苯基β-D-半乳糖苷和天然葡萄糖苷，如柳苷、对香豆醇葡萄糖苷、苯基β-D-葡萄糖苷、木脂素苷、丁香苷和熊果苷。	Arabidopsis thaliana beta-Glucosidases BGLU45 and BGLU46 hydrolyse monolignol glucosides.2006 · DOI: 10.1016/j.phytochem.2006.05.022
`At1g61810`	水解对硝基苯基β-D-葡萄糖苷和天然葡萄糖苷，如丁香苷、木脂素苷和对香豆醇葡萄糖苷。	Arabidopsis thaliana beta-Glucosidases BGLU45 and BGLU46 hydrolyse monolignol glucosides.2006 · DOI: 10.1016/j.phytochem.2006.05.022

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0513900`	水解苷类和单木质醇糖苷。	暂无已核实直接文献
`Os04g0513100`	可能为非活性β-葡萄糖苷酶14。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010078 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005975 carbohydrate metabolic process 生物过程

GO:0009809 lignin biosynthetic process 生物过程

GO:0016137 glycoside metabolic process 生物过程

GO:0033491 coniferin metabolic process 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0004565 beta-galactosidase activity 分子功能

GO:0008422 beta-glucosidase activity 分子功能

GO:0033907 beta-D-fucosidase activity 分子功能

GO:0047782 coniferin beta-glucosidase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G61810

ath:AT1G61820

ath:AT4G21760

dosa:Os04g0513100

dosa:Os04g0513900

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.374

排名 1 · LXL04_010078 · OH-1004

内质网0.247

排名 2 · LXL04_010078 · OH-1004

质体0.090

排名 3 · LXL04_010078 · OH-1004

细胞质0.085

排名 4 · LXL04_010078 · OH-1004

细胞膜0.080

排名 5 · LXL04_010078 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00232.25Glyco_hydro_184-554 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_010078	`PF00232.25`	Glyco_hydro_1	84	554	7.2e-156	520.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SVS1`	拟南芥	Beta-glucosidase 47	58.494%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O80690`	拟南芥	Beta-glucosidase 46	58.577%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O80689`	拟南芥	Beta-glucosidase 45	58.577%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q7XSK0`	水稻	Beta-glucosidase 18	58.017%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q7XPY7`	水稻	Probable inactive beta-glucosidase 14	56.383%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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