LXL04_010005 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_010005

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 137733628-137737981 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2025 bp · LXL04_010005|LXL04_010005|OH1004|cDNA

ATGGCTATGGGAGGTGGTTCAGTAGGAGGAGTGATTGTGCCGTCGGTGAAGTCGGAACCGCCTGAACCTTCAACGGAGGGACTCGCATCTTCGTCTCCACCACTTCCGGTGGCTCAGGAACCTCAGTTGCAGCTTCCGGCGCCAGATTCCGCTGTGGCCGTGGTGGAGATGGAGGCAAGGGGAAATGATCGTGAGGTGTTGGATGCGGCAGCGCTGGATAAAGATGTGTTGTGTCCGATATGCATGCAGATCATTAAGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2025 bp · LXL04_010005|LXL04_010005|OH1004|CDS

ATGGCTATGGGAGGTGGTTCAGTAGGAGGAGTGATTGTGCCGTCGGTGAAGTCGGAACCGCCTGAACCTTCAACGGAGGGACTCGCATCTTCGTCTCCACCACTTCCGGTGGCTCAGGAACCTCAGTTGCAGCTTCCGGCGCCAGATTCCGCTGTGGCCGTGGTGGAGATGGAGGCAAGGGGAAATGATCGTGAGGTGTTGGATGCGGCAGCGCTGGATAAAGATGTGTTGTGTCCGATATGCATGCAGATCATTAAGGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

674 aa · LXL04_010005|LXL04_010005|OH1004|PROTEIN

MAMGGGSVGGVIVPSVKSEPPEPSTEGLASSSPPLPVAQEPQLQLPAPDSAVAVVEMEARGNDREVLDAAALDKDVLCPICMQIIKDAFLTSCGHNFCYMCIATHLQNKSDCPCCSQYLTTNQIFPNFLLNKLLMKTSACQIAKGASPVEQVRLAFQQGCDVSIKDLDSLIGVLTDKKKIMEQEEAESNLQIMHEFLYCLRRQKLEELNEIQKDLGYIKEDINAVERHRIELHRARERCSVKLRILTDDSTVKTSWPSLM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_010005`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_010005

位置 Chr02:137733628-137737981 (-)

描述 Similar to COP1: E3 ubiquitin-protein ligase COP1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g32950`	E3 泛素蛋白连接酶，作为光形态发生的阻遏物和黑暗中黄化的激活剂。	Two interacting bZIP proteins are direct targets of COP1-mediated control of light-dependent gene expression in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1101/gad.969702 Short Hypocotyl in White Light1 Interacts with Elongated Hypocotyl5 (HY5) and Constitutive Photomorphogenic1 (COP1) and Promotes COP1-Mediated Degradation of HY5 during Arabidopsis Seedling Development.2015 · DOI: 10.1104/pp.15.01184 PHYTOCHROME INTERACTING FACTOR8 Inhibits Phytochrome A-Mediated Far-Red Light Responses in Arabidopsis.2020 · DOI: 10.1105/tpc.19.00515 Role of a COP1 interactive protein in mediating light-regulated gene expression in arabidopsis.1998 · DOI: 10.1105/tpc.10.7.1083
`At3g15354`	光形态发生的阻遏物。	The SPA1-like proteins SPA3 and SPA4 repress photomorphogenesis in the light.2003 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01813.x Functional and expression analysis of Arabidopsis SPA genes during seedling photomorphogenesis and adult growth.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02812.x Arabidopsis SPA proteins regulate photoperiodic flowering and interact with the floral inducer CONSTANS to regulate its stability.2006 · DOI: 10.1242/dev.02481

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010005 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0009585 red, far-red light phototransduction 生物过程

GO:0009640 photomorphogenesis 生物过程

GO:0009641 shade avoidance 生物过程

GO:0009647 skotomorphogenesis 生物过程

GO:0009649 entrainment of circadian clock 生物过程

GO:0009963 positive regulation of flavonoid biosynthetic process 生物过程

GO:0010119 regulation of stomatal movement 生物过程

GO:0010212 response to ionizing radiation 生物过程

GO:0010224 response to UV-B 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G32950

ath:AT3G15354

hsa:64326

mmu:26374

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.706

排名 1 · LXL04_010005 · OH-1004

细胞质0.310

排名 2 · LXL04_010005 · OH-1004

细胞膜0.041

排名 3 · LXL04_010005 · OH-1004

线粒体0.036

排名 4 · LXL04_010005 · OH-1004

溶酶体／液泡0.032

排名 5 · LXL04_010005 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13920.13zf-C3HC4_375-119 aa

PF13923.13zf-C3HC4_278-115 aa

PF00097.32zf-C3HC478-115 aa

PF13639.13zf-RING_278-115 aa

PF24817.2WD40_WDHD1_1st366-466 aa

PF23389.2Beta-prop_WDR19_1st370-492 aa

PF23756.2Beta-prop_HPS5372-455 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR5373-619 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_010005	`PF13920.13`	zf-C3HC4_3	75	119	7.2e-07	29.6
LXL04_010005	`PF13923.13`	zf-C3HC4_2	78	115	2.7e-10	40.6
LXL04_010005	`PF00097.32`	zf-C3HC4	78	115	3.3e-08	34.0
LXL04_010005	`PF13639.13`	zf-RING_2	78	115	4.7e-06	27.5
LXL04_010005	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	366	466	9.4e-19	68.4
LXL04_010005	`PF23389.2`	Beta-prop_WDR19_1st	370	492	8e-09	35.7
LXL04_010005	`PF23756.2`	Beta-prop_HPS5	372	455	5.9e-08	33.0
LXL04_010005	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	373	619	2.7e-33	116.2
LXL04_010005	`PF23775.2`	Beta-prop_RIG_2nd	373	456	6.6e-13	49.4
LXL04_010005	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	374	502	9.8e-28	97.8
LXL04_010005	`PF24796.2`	WDR55	375	608	4.4e-16	59.5
LXL04_010005	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	386	502	3.6e-14	53.3
LXL04_010005	`PF24805.2`	EIF3I	391	513	1.3e-10	41.6
LXL04_010005	`PF29037.1`	DSE1_N	411	515	1.1e-11	45.1
LXL04_010005	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	415	535	6e-24	85.5
LXL04_010005	`PF25171.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	415	493	1.4e-12	48.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P43254`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase COP1	68.554%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LJR3`	拟南芥	Protein SPA1-RELATED 3	36.691%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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