LXL04_009964 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_009964

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 136866346-136868407 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

861 bp · LXL04_009964|LXL04_009964|OH1004|cDNA

ATGGGGAACATAAATGGTAGAGAAGACGGTGGTGGTGCCGGTGGCGATGGTGGTAGCACCTCATCTATCGGCAACGACGTTACGGCTCCGGACGCGAACTATATTACTCGTAGTGGCGATGATGGTGAGTTCATGGGTCACTCTCCTCCTCCAAGCCCTAGGGTTTCTGGCTCTCCGTTGATGTTCACTCCCCAGGTACCTGTGGCTCCATTACAAAGACCGGATGAGATGCAGCCAAACAATTCATGGATGCACACCTC...

CDS

下载 CDS FASTA

861 bp · LXL04_009964|LXL04_009964|OH1004|CDS

ATGGGGAACATAAATGGTAGAGAAGACGGTGGTGGTGCCGGTGGCGATGGTGGTAGCACCTCATCTATCGGCAACGACGTTACGGCTCCGGACGCGAACTATATTACTCGTAGTGGCGATGATGGTGAGTTCATGGGTCACTCTCCTCCTCCAAGCCCTAGGGTTTCTGGCTCTCCGTTGATGTTCACTCCCCAGGTACCTGTGGCTCCATTACAAAGACCGGATGAGATGCAGCCAAACAATTCATGGATGCACACCTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

286 aa · LXL04_009964|LXL04_009964|OH1004|PROTEIN

MGNINGREDGGGAGGDGGSTSSIGNDVTAPDANYITRSGDDGEFMGHSPPPSPRVSGSPLMFTPQVPVAPLQRPDEMQPNNSWMHTSSSYEDMMSEQGIPTMITWSYDGKDVAVEGSWDNWKTRKALQKSGKDFIILKVLPSGVYQYRFVVDGQWRYSPDVPWTQDESGNTYNILDLQEYVPEDIQSISGFDPPQSPDSSYNNLQLGCEDYAKEPPLVPPHLQMTLLNAPSPHMEIPPPSSRPQHVVINHLYMQKGRGSD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_009964`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_009964

位置 Chr02:136866346-136868407 (+)

描述 Similar to KINB2: SNF1-related protein kinase regulatory subunit beta-2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g16360`	可能的三聚体 SNF1 相关蛋白激酶（SnRK）复合物的调节亚基，可能在调控高等植物基因表达和碳水化合物代谢的信号转导级联中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At5g21170`	可能的三聚体 SNF1 相关蛋白激酶（SnRK）复合物的调节亚基，可能在调控高等植物基因表达和碳水化合物代谢的信号转导级联中发挥作用。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009964 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006633 fatty acid biosynthetic process 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0031669 cellular response to nutrient levels 生物过程

GO:0042128 nitrate assimilation 生物过程

GO:0043562 cellular response to nitrogen levels 生物过程

GO:0045859 regulation of protein kinase activity 生物过程

GO:0120162 positive regulation of cold-induced thermogenesis 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005788 endoplasmic reticulum lumen 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G16360

ath:AT5G21170

hsa:5565

mmu:108097

rno:64562

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.515

排名 1 · LXL04_009964 · OH-1004

细胞膜0.319

排名 2 · LXL04_009964 · OH-1004

细胞核0.272

排名 3 · LXL04_009964 · OH-1004

溶酶体／液泡0.090

排名 4 · LXL04_009964 · OH-1004

高尔基体0.088

排名 5 · LXL04_009964 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16561.12AMPK1_CBM99-179 aa

PF04739.21AMPKBI212-283 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_009964	`PF16561.12`	AMPK1_CBM	99	179	2e-31	108.7
LXL04_009964	`PF04739.21`	AMPKBI	212	283	1e-24	87.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SCY5`	拟南芥	SNF1-related protein kinase regulatory subunit beta-2	62.925%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q84VQ1`	拟南芥	SNF1-related protein kinase regulatory subunit beta-1	50.175%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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