LXL04_009833 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_009833

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 134538733-134539319 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

405 bp · LXL04_009833|LXL04_009833|OH1004|cDNA

ATGTCCACTAGCATTGTTAAAAATATACCATCTTTCACAAAAGAGAAGTACTTTCATATTTTCtttcttaacaaagaaaagaCACGAACCTTTCATATCAAAATGGCTATTCGTATGCCCCGGATTATTCAGGCCAGAAAAGTTCTTGGCCGATCATCATCAAACGGAAGCCACTCATCAACATCCATAGACATTATCCCTAAAGGACATTTTGCAGTTTATGTTGGCGAGCAAGAGAAACGACGATTTGTTGTTCCCGT...

CDS

下载 CDS FASTA

405 bp · LXL04_009833|LXL04_009833|OH1004|CDS

ATGTCCACTAGCATTGTTAAAAATATACCATCTTTCACAAAAGAGAAGTACTTTCATATTTTCTTTCTTAACAAAGAAAAGACACGAACCTTTCATATCAAAATGGCTATTCGTATGCCCCGGATTATTCAGGCCAGAAAAGTTCTTGGCCGATCATCATCAAACGGAAGCCACTCATCAACATCCATAGACATTATCCCTAAAGGACATTTTGCAGTTTATGTTGGCGAGCAAGAGAAACGACGATTTGTTGTTCCCGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

134 aa · LXL04_009833|LXL04_009833|OH1004|PROTEIN

MSTSIVKNIPSFTKEKYFHIFFLNKEKTRTFHIKMAIRMPRIIQARKVLGRSSSNGSHSSTSIDIIPKGHFAVYVGEQEKRRFVVPVSLLNQPSFQDLLHQSEEEFGYDHPMGGLTIPCREDVFIDIASRLFSV

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_009833`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_009833

位置 Chr02:134538733-134539319 (-)

描述 Similar to SAUR24: Auxin-responsive protein SAUR24

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g18080`	通过调节生长素运输，作为细胞扩张的正效应因子。	暂无已核实直接文献
`At5g18020`	通过调节生长素运输，作为细胞扩张的正效应因子。	暂无已核实直接文献
`At5g18050`	通过调节生长素运输，作为细胞扩张的正效应因子。	暂无已核实直接文献
`At5g18060`	通过调节生长素运输，作为细胞扩张的正效应因子。	暂无已核实直接文献
`At5g18010`	介导生长素信号与质膜H⁺-ATP酶（AHA1、AHA2）之间的联系；通过抑制PP2C-D类磷酸酶，促进H⁺-ATP酶C端自抑制结构域的磷酸化及酶的活化，从而使质外体酸化，促进溶质和水吸收以及细胞扩张。	The SAUR19 subfamily of SMALL AUXIN UP RNA genes promote cell expansion.2012 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2012.04946.x SAUR Inhibition of PP2C-D Phosphatases Activates Plasma Membrane H+-ATPases to Promote Cell Expansion in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1105/tpc.114.126037 Constitutive Expression of Arabidopsis SMALL AUXIN UP RNA19 (SAUR19) in Tomato Confers Auxin-Independent Hypocotyl Elongation.2017 · DOI: 10.1104/pp.16.01514

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009833 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009741 response to brassinosteroid 生物过程

GO:0030307 positive regulation of cell growth 生物过程

GO:2000012 regulation of auxin polar transport 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G18010

ath:AT5G18020

ath:AT5G18050

ath:AT5G18060

ath:AT5G18080

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.514

排名 1 · LXL04_009833 · OH-1004

细胞核0.373

排名 2 · LXL04_009833 · OH-1004

细胞膜0.200

排名 3 · LXL04_009833 · OH-1004

内质网0.077

排名 4 · LXL04_009833 · OH-1004

质体0.046

排名 5 · LXL04_009833 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02519.21Auxin_inducible37-128 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_009833	`PF02519.21`	Auxin_inducible	37	128	1.9e-23	83.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FK62`	拟南芥	Auxin-responsive protein SAUR24	61.111%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FJG0`	拟南芥	Auxin-responsive protein SAUR20	57.778%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FJF7`	拟南芥	Auxin-responsive protein SAUR22	56.667%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FJF6`	拟南芥	Auxin-responsive protein SAUR23	57.778%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FJG1`	拟南芥	Auxin-responsive protein SAUR19	57.778%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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