LXL04_009722 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_009722

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 132181900-132185059 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2154 bp · LXL04_009722|LXL04_009722|OH1004|cDNA

ATGCCTTCCATGGCTACCGGAGATAGGCAGAAGTTCAACCCCAACAACAATCGTCCTCAATTCGGCCCTAAACTCCTTAACAACGATCAGAAATCCGACGTTTTTGCCAGGAGACAGAAGATTGAGCAACAGAGAAGATCTTTGCCTATTGCCTCAGTTGAGAAAAGACTTGTAGAGGAAGTCCGGAAAAACGATACTTTGATAATTGTTGGTGAAACTGGAAGCGGGAAGACAACTCAATTGCCTCAGTATTTGTTCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2154 bp · LXL04_009722|LXL04_009722|OH1004|CDS

ATGCCTTCCATGGCTACCGGAGATAGGCAGAAGTTCAACCCCAACAACAATCGTCCTCAATTCGGCCCTAAACTCCTTAACAACGATCAGAAATCCGACGTTTTTGCCAGGAGACAGAAGATTGAGCAACAGAGAAGATCTTTGCCTATTGCCTCAGTTGAGAAAAGACTTGTAGAGGAAGTCCGGAAAAACGATACTTTGATAATTGTTGGTGAAACTGGAAGCGGGAAGACAACTCAATTGCCTCAGTATTTGTTCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

717 aa · LXL04_009722|LXL04_009722|OH1004|PROTEIN

MPSMATGDRQKFNPNNNRPQFGPKLLNNDQKSDVFARRQKIEQQRRSLPIASVEKRLVEEVRKNDTLIIVGETGSGKTTQLPQYLFNGGFCNNGGTIGITQPRRVAAVTVAKRVAEECNVELGQKVGYSIRFEDMTSISTRIKYMTDGLLLREALLDPYLSRYSVIVVDEAHERTVQTDVLLGLLKDVQKKRSQKTFHQSNNQANNLAAVKNENNGEMKPHLVKKLNPLKLIIMSASLDAKGFSEYFNGAKAVHVQGRQF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_009722`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_009722

位置 Chr02:132181900-132185059 (+)

描述 Similar to RID1: Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DEAH10

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g26370`	参与前 mRNA 剪接。	Arabidopsis root initiation defective1, a DEAH-box RNA helicase involved in pre-mRNA splicing, is essential for plant development.2013 · DOI: 10.1105/tpc.113.111922

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009722 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0006396 RNA processing 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0006413 translational initiation 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0032481 positive regulation of type I interferon production 生物过程

GO:0043410 positive regulation of MAPK cascade 生物过程

GO:0043484 regulation of RNA splicing 生物过程

GO:0045943 positive regulation of transcription by RNA polymerase I 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005681 spliceosomal complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G26370

hsa:1659

hsa:56919

mmu:216877

mmu:217207

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.517

排名 1 · LXL04_009722 · OH-1004

细胞核0.380

排名 2 · LXL04_009722 · OH-1004

线粒体0.141

排名 3 · LXL04_009722 · OH-1004

过氧化物酶体0.049

排名 4 · LXL04_009722 · OH-1004

细胞膜0.040

排名 5 · LXL04_009722 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00270.36DEAD55-188 aa

PF00271.38Helicase_C287-413 aa

PF04408.30WHD_HA2474-503 aa

PF21010.3HA2_C505-563 aa

PF07717.23OB_NTP_bind635-711 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_009722	`PF00270.36`	DEAD	55	188	4.2e-07	30.6
LXL04_009722	`PF00271.38`	Helicase_C	287	413	2.1e-11	44.8
LXL04_009722	`PF04408.30`	WHD_HA2	474	503	5.1e-07	30.3
LXL04_009722	`PF21010.3`	HA2_C	505	563	4.9e-11	43.7
LXL04_009722	`PF07717.23`	OB_NTP_bind	635	711	4.3e-19	69.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4IE66`	拟南芥	Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DEAH10	65.884%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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