LXL04_009720 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_009720

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 132141141-132143284 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1650 bp · LXL04_009720|LXL04_009720|OH1004|cDNA

ATGGGCAATACATGTCACGGATCTTTTGCAGTAAGAATCAATCAAATCTCCGATAATCCCCAACCCCGATCAAATTCCAAACAAAACCCTTCTTTCCCTAAATCCAACAATCCATCAAATCCTTCTTCAAAAACCTCCCAAAAAGATTCCGATTCTAAACACCGATTTCAAGAAACCGCCATGAGCCGCCACAACACCAACCAGCCATTTTACGTCATTGGTCATAAAACCGCCAACATTCGCGATCTTTACACATTAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1650 bp · LXL04_009720|LXL04_009720|OH1004|CDS

ATGGGCAATACATGTCACGGATCTTTTGCAGTAAGAATCAATCAAATCTCCGATAATCCCCAACCCCGATCAAATTCCAAACAAAACCCTTCTTTCCCTAAATCCAACAATCCATCAAATCCTTCTTCAAAAACCTCCCAAAAAGATTCCGATTCTAAACACCGATTTCAAGAAACCGCCATGAGCCGCCACAACACCAACCAGCCATTTTACGTCATTGGTCATAAAACCGCCAACATTCGCGATCTTTACACATTAGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

549 aa · LXL04_009720|LXL04_009720|OH1004|PROTEIN

MGNTCHGSFAVRINQISDNPQPRSNSKQNPSFPKSNNPSNPSSKTSQKDSDSKHRFQETAMSRHNTNQPFYVIGHKTANIRDLYTLGQKLGQGQFGTTYLCTENSTNTNYACKSISKRKLISKEDVEDVRREIQIMHHLAGHKNIVTIKGAYEDTLYVHIVMELCNGGELFDRIIQRGQYSECKAAELTKIIVGVVEACHSLSVMHRDLKPENFLLVNRDDDFSLKAIDFGLSVFFKPGQVFKDVVGSPYYVAPEVLKKN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_009720`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_009720

位置 Chr02:132141141-132143284 (+)

描述 Similar to CPK4: Calcium-dependent protein kinase 4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g17290`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用。	CDPKs CPK6 and CPK3 function in ABA regulation of guard cell S-type anion- and Ca(2+)-permeable channels and stomatal closure.2006 · DOI: 10.1371/journal.pbio.0040327 Calcium-dependent protein kinases responsible for the phosphorylation of a bZIP transcription factor FD crucial for the florigen complex formation.2015 · DOI: 10.1038/srep08341
`At4g35310`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At4g38230`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009720 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010119 regulation of stomatal movement 生物过程

GO:0035556 intracellular signal transduction 生物过程

GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程

GO:1902456 regulation of stomatal opening 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G17290

ath:AT4G35310

ath:AT4G38230

sot:102594309

sot:102604043

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.496

排名 1 · LXL04_009720 · OH-1004

细胞膜0.396

排名 2 · LXL04_009720 · OH-1004

细胞核0.241

排名 3 · LXL04_009720 · OH-1004

高尔基体0.090

排名 4 · LXL04_009720 · OH-1004

溶酶体／液泡0.060

排名 5 · LXL04_009720 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase84-342 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr85-336 aa

PF12763.14EH382-453 aa

PF00036.39EF-hand_1390-416 aa

PF13499.13EF-hand_7390-450 aa

PF13405.13EF-hand_6390-418 aa

PF13202.13EF-hand_5390-412 aa

PF13833.13EF-hand_8405-449 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_009720	`PF00069.32`	Pkinase	84	342	4.9e-77	259.6
LXL04_009720	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	85	336	2.6e-25	89.9
LXL04_009720	`PF12763.14`	EH	382	453	1.5e-08	35.2
LXL04_009720	`PF00036.39`	EF-hand_1	390	416	6.5e-33	110.5
LXL04_009720	`PF13499.13`	EF-hand_7	390	450	3.4e-29	101.7
LXL04_009720	`PF13405.13`	EF-hand_6	390	418	8.6e-26	87.9
LXL04_009720	`PF13202.13`	EF-hand_5	390	412	4e-24	83.6
LXL04_009720	`PF13833.13`	EF-hand_8	405	449	2e-17	63.4
LXL04_009720	`PF00036.39`	EF-hand_1	425	452	6.5e-33	110.5
LXL04_009720	`PF13499.13`	EF-hand_7	459	521	3.4e-29	101.7
LXL04_009720	`PF13405.13`	EF-hand_6	462	486	8.6e-26	87.9
LXL04_009720	`PF13202.13`	EF-hand_5	462	484	4e-24	83.6
LXL04_009720	`PF00036.39`	EF-hand_1	463	486	6.5e-33	110.5
LXL04_009720	`PF00036.39`	EF-hand_1	496	522	6.5e-33	110.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q38872`	拟南芥	Calcium-dependent protein kinase 6	79.266%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q38871`	拟南芥	Calcium-dependent protein kinase 5	76.619%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SZM3`	拟南芥	Calcium-dependent protein kinase 26	83.610%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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