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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_009622
当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 129868238-129868888 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

651 bp · LXL04_009622|LXL04_009622|OH1004|cDNA

ATGGCTGATGACGGCGTCAGGAAAACGGGAACGGTGAAGTGGTTTAACGATACCAAGGGTTTCGGCTTCATCTCCCCTGAAGACGGCAGCGAAGATCTGTTTGTTCACCAATCGTCGATTCGGACTGAAGGATTCCGAAGCCTCGGGGATGGCGAAACTGTTGAGTACGTTGTCGAGAACGGATCCGACGGACGAACCAAAGCTGCTGACGTAACTGGTCCTGAAGAGGGTCCTGTACAGGGAAGCAGTCGTGGAGGAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

651 bp · LXL04_009622|LXL04_009622|OH1004|CDS

ATGGCTGATGACGGCGTCAGGAAAACGGGAACGGTGAAGTGGTTTAACGATACCAAGGGTTTCGGCTTCATCTCCCCTGAAGACGGCAGCGAAGATCTGTTTGTTCACCAATCGTCGATTCGGACTGAAGGATTCCGAAGCCTCGGGGATGGCGAAACTGTTGAGTACGTTGTCGAGAACGGATCCGACGGACGAACCAAAGCTGCTGACGTAACTGGTCCTGAAGAGGGTCCTGTACAGGGAAGCAGTCGTGGAGGAGG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

216 aa · LXL04_009622|LXL04_009622|OH1004|PROTEIN

MADDGVRKTGTVKWFNDTKGFGFISPEDGSEDLFVHQSSIRTEGFRSLGDGETVEYVVENGSDGRTKAADVTGPEEGPVQGSSRGGGGGGGGRGGGGDRYGGGGGGYNGGGRGGRGGGGYGGGGGYGGGGGYGGGGSYGGGGGGGNACFKCGESGHMARDCSQSGGGGGGGYGGGGRGGGGYGGGGRGGGGGGGGGCYNCGEDGHFARECPNANNR

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_009622
TK1151 IDTkA03G451810
OH-1004 IDLXL04_009622
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 98.101 / OH-1004 71.759
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_009622
位置Chr02:129868238-129868888 (-)
描述Similar to CSP4: Cold shock domain-containing protein 4
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g21060 分子伴护蛋白，可与RNA以及单链DNA和双链DNA（ssDNA和dsDNA）结合并解旋（通过相似性推测）。
Arabidopsis cold shock domain proteins: relationships to floral and silique development.2009 · DOI: 10.1093/jxb/ern351
Overexpression of AtCSP4 affects late stages of embryo development in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1093/jxb/erq400
At4g36020 分子伴侣，能结合RNA、单链（ssDNA）和双链（dsDNA）DNA，并解旋核酸双链。
Cold shock domain proteins and glycine-rich RNA-binding proteins from Arabidopsis thaliana can promote the cold adaptation process in Escherichia coli.2007 · DOI: 10.1093/nar/gkl1076
Cold shock domain proteins affect seed germination and growth of Arabidopsis thaliana under abiotic stress conditions.2009 · DOI: 10.1093/pcp/pcp037
At2g17870 分子伴侣，能结合RNA、单链（ssDNA）和双链（dsDNA）DNA，并解旋核酸双链。
Cold shock domain protein 3 regulates freezing tolerance in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1074/jbc.m109.025791
At4g38680 分子伴侣，可与 RNA、单链 和双链 DNA 结合，并解开核酸双链体。
Cold shock domain proteins and glycine-rich RNA-binding proteins from Arabidopsis thaliana can promote the cold adaptation process in Escherichia coli.2007 · DOI: 10.1093/nar/gkl1076
Arabidopsis COLD SHOCK DOMAIN PROTEIN2 is a RNA chaperone that is regulated by cold and developmental signals.2007 · DOI: 10.1016/j.bbrc.2007.10.059
Cold shock domain proteins affect seed germination and growth of Arabidopsis thaliana under abiotic stress conditions.2009 · DOI: 10.1093/pcp/pcp037
Arabidopsis cold shock domain proteins: relationships to floral and silique development.2009 · DOI: 10.1093/jxb/ern351

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009622 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009269 response to desiccation 生物过程
GO:0009409 response to cold 生物过程
GO:0009414 response to water deprivation 生物过程
GO:0009631 cold acclimation 生物过程
GO:0009651 response to salt stress 生物过程
GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程
GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程
GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程
GO:0010154 fruit development 生物过程
GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程
GO:0043457 regulation of cellular respiration 生物过程
GO:0048316 seed development 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G17870
ath:AT2G21060
ath:AT4G36020
ath:AT4G38680
nsy:104218376
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.651
排名 1 · LXL04_009622 · OH-1004
细胞核0.613
排名 2 · LXL04_009622 · OH-1004
细胞外0.186
排名 3 · LXL04_009622 · OH-1004
内质网0.065
排名 4 · LXL04_009622 · OH-1004
细胞膜0.061
排名 5 · LXL04_009622 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00313.29CSD9-73 aa
PF00098.29zf-CCHC147-163 aa
PF00098.29zf-CCHC196-212 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_009622PF00313.29CSD9734e-2691.4
LXL04_009622PF00098.29zf-CCHC1471633.9e-1659.0
LXL04_009622PF00098.29zf-CCHC1962123.9e-1659.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q38896拟南芥Cold shock domain-containing protein 458.333%Swiss-Prot强数据库同源证据
O65639拟南芥Cold shock protein 141.704%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q94C69拟南芥Cold shock domain-containing protein 344.550%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q41188拟南芥Cold shock protein 257.346%Swiss-Prot强数据库同源证据

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