LXL04_009612 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_009612

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 129715116-129720700 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3336 bp · LXL04_009612|LXL04_009612|OH1004|cDNA

ATGGATGTGAGCTCTGTTTTCTTTGTAAAACCAAATCAACATCCATTACCGTCCTCCTTCACTTCTTGCATTTCTCCGACCATCTCCTTACGCCCGGAGTTCTTTGGCCCTGAATTTCGTCGTCCTTCTCGCCGGAAAAAATGCTGCAGCCTTGGGCTAGGGTTAGGCTTGGGGGTTCATTTTCATTCTCCGTCGATTAGAACAAAAAGGAGGACTGTCTTCAGAACATCTGCGGCTTTGGATGTGCAAACGATTGTTGT...

CDS

下载 CDS FASTA

3336 bp · LXL04_009612|LXL04_009612|OH1004|CDS

ATGGATGTGAGCTCTGTTTTCTTTGTAAAACCAAATCAACATCCATTACCGTCCTCCTTCACTTCTTGCATTTCTCCGACCATCTCCTTACGCCCGGAGTTCTTTGGCCCTGAATTTCGTCGTCCTTCTCGCCGGAAAAAATGCTGCAGCCTTGGGCTAGGGTTAGGCTTGGGGGTTCATTTTCATTCTCCGTCGATTAGAACAAAAAGGAGGACTGTCTTCAGAACATCTGCGGCTTTGGATGTGCAAACGATTGTTGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1111 aa · LXL04_009612|LXL04_009612|OH1004|PROTEIN

MDVSSVFFVKPNQHPLPSSFTSCISPTISLRPEFFGPEFRRPSRRKKCCSLGLGLGLGVHFHSPSIRTKRRTVFRTSAALDVQTIVVVVSFVAVSALTVYYFNYSNKKHDDGSNKVSKPIEHTDSQQSSSIVNHTLNGQKPSVIVLQREHHDDESKDIVTEVKTIIHDIADEPAEIHSNGKVPQTISALASSGPDTIATESSDVKSSFTKDLIMLESSFKEPHNVMELSSQKSSLSMVIESGDVSCIPPSERTVVCFDEK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_009612`
TK1151 ID	TkA03G451230
OH-1004 ID	LXL04_009612
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	98.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 89.848 / OH-1004 47.705 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_009612

位置 Chr02:129715116-129720700 (-)

描述 Similar to MRL1: Pentatricopeptide repeat-containing protein MRL1, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: Q0WLC6`	RuBisCO 大亚基（LS）的调控因子。	暂无已核实直接文献
`At5g39710`	含五重复肽序列蛋白 At5g39710。	暂无已核实直接文献
`At2g15630`	含五重复肽的蛋白At2g15630，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At3g04760`	含五次肽重复序列的蛋白At3g04760，叶绿体定位。	暂无已核实直接文献
`At5g16640`	含五螺旋肽重复的蛋白 At5g16640，线粒体。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009612 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0010239 chloroplast mRNA processing 生物过程

GO:0048255 mRNA stabilization 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0048027 mRNA 5'-UTR binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G34830

ath:AT5G39710

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.921

排名 1 · LXL04_009612 · OH-1004

线粒体0.058

排名 2 · LXL04_009612 · OH-1004

细胞核0.054

排名 3 · LXL04_009612 · OH-1004

细胞质0.029

排名 4 · LXL04_009612 · OH-1004

细胞膜0.015

排名 5 · LXL04_009612 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_2489-538 aa

PF29070.1MSC6_N492-580 aa

PF17177.11PPR_long494-652 aa

PF13041.13PPR_2529-573 aa

PF01535.27PPR529-557 aa

PF23276.3TPR_24534-657 aa

PF13812.13PPR_3547-608 aa

PF12854.14PPR_1556-581 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_009612	`PF13041.13`	PPR_2	489	538	5e-57	190.5
LXL04_009612	`PF29070.1`	MSC6_N	492	580	2.8e-15	57.0
LXL04_009612	`PF17177.11`	PPR_long	494	652	2.4e-30	106.2
LXL04_009612	`PF13041.13`	PPR_2	529	573	5e-57	190.5
LXL04_009612	`PF01535.27`	PPR	529	557	4.6e-46	152.6
LXL04_009612	`PF23276.3`	TPR_24	534	657	1.3e-25	90.5
LXL04_009612	`PF13812.13`	PPR_3	547	608	2.6e-47	159.5
LXL04_009612	`PF12854.14`	PPR_1	556	581	2.5e-34	117.4
LXL04_009612	`PF13041.13`	PPR_2	563	596	5e-57	190.5
LXL04_009612	`PF01535.27`	PPR	563	592	4.6e-46	152.6
LXL04_009612	`PF12854.14`	PPR_1	590	622	2.5e-34	117.4
LXL04_009612	`PF13041.13`	PPR_2	594	644	5e-57	190.5
LXL04_009612	`PF01535.27`	PPR	597	624	4.6e-46	152.6
LXL04_009612	`PF13041.13`	PPR_2	670	711	5e-57	190.5
LXL04_009612	`PF17177.11`	PPR_long	670	822	2.4e-30	106.2
LXL04_009612	`PF29070.1`	MSC6_N	699	815	2.8e-15	57.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q0WLC6`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein MRL1, chloroplastic	46.221%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FIX3`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g39710	26.171%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9ZQF1`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g15630, mitochondrial	23.077%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SR00`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g04760, chloroplastic	25.647%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FMD3`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g16640, mitochondrial	25.852%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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